回她的正地方慈寧宮去，不能再以母親名義與小皇帝同住了。
而且大婚也標誌著小皇帝已是成人，太后不能再幹政。
李太后的退出，使張居正成了唯一能管束住萬曆的人。這就使以往並不明顯的君臣權力分割的問題凸顯了出來。
以前是以臣誨君，以君諛臣。李太后退出政壇後，也還一時沒有變。但這個“權柄倒持”的格局，就不免顯得有些怪異了。
據韋慶遠先生研究，以萬曆六年二月皇帝大婚為界限，萬曆性格中貪財好貨、怠惰嬉遊的一面有所爆發，而張居正也對是否能把萬曆史培養成一代聖君逐漸失去了信心。兩人關係的蜜月期，實際已經結束。表面看來仍是一樣，卻已從原來的心甘情願，變成了不得不然。
韋慶遠先生還發現一個大可玩味的歷史細節，在萬曆六年一月底，皇帝大婚前夕，張居正不無憂慮地給已經搬到慈寧宮的李太后上了一道密奏，請求太后立刻搬回乾清宮，“看守”到二月十九日冊封萬曆原配王皇后之後，再搬走。他提出的理由是“皇上獨居乾清宮，朝夕供奉左右，不過宮人內使，萬一起居欠謹，則九仞之功，隳於一簣”云云。什麼“起居欠謹”？這無人管理的10多天，能發生什麼事情。張居正有難言之隱，韋先生也沒明說。其實就是他怕太監唆使萬曆去找“小姐”之類。這樣的事，以前肯定發生過。
聯想到張居正歸葬前向萬曆辭行時說的話：“皇上大婚之後，起居飲食，一定要小心。這是第一要緊事，臣為此日夜放心不下”，萬曆被太監慫恿著胡來的事情，肯定發生過不止一兩次了。
大婚後，萬曆從倫理上解脫了一個最大的枷鎖。
婚後第四天，他便首次下了求財詔書，要戶部和光祿寺各拿十萬兩來給他用。嚐到甜頭後，趁張居正回鄉葬父不在，又要兩部寺新增。
從此一發不可收拾，不光是看中了有錢的戶部和光祿寺，還從馬政和治河專款那裡刮錢。朱東潤先生說，萬曆貴為天子，但畢竟是“小農的外孫”，貪財的毛病似乎有遺傳。一次，還曾發奇想，要鑄銅錢一億文給自己花，被張居正堅決頂住。
這類事情，直到張居正臨死前一個多月還在發生。
張居正頻繁的阻諫，必然使萬曆在行使至高無上的皇權時，有嚴重的受挫感。儘管他最後也往往妥協，但反感之心恐怕早已有之。
萬曆八年十一月發生的一件事，給萬曆與張居正的關係上蒙上了陰影。正史上一般都說，這件事是兩人關係開始惡化的導火索。
事起乾清宮的兩個執事太監孫海、客用，兩人跟萬曆的關係十分親密，好得跟穿了連襠褲子一般。他們無甚能耐，也就是無賴潑皮的那個素質，為討好萬曆，就常引導萬曆玩拳弄棍。幾個人小衣窄袖，在宮中走馬持刀，一副好興致。兩人又屢次進奇巧之物給萬曆玩，深得萬曆寵幸。馮保自詡是個知書達禮的人，願意讓皇上多習文，對兩個傢伙極為反感，經常責罵甚至體罰兩人。
孫海、客用受責不過，便伺機報復。一天晚上，兩人又引誘萬曆喝酒，喝醉了以後帶劍夜遊。
萬曆身邊有兩個小太監是馮保的養子，孫海等就用語言激怒萬曆，唆使萬曆將兩個小太監打成重傷。然後騎馬到馮保的住所外，隔著門大呼馮保之名，一頓亂罵。
馮保被驚醒，大為驚恐，忙囑咐僕從用大石將門頂住。
次日，馮保立刻將此事報告給李太后。
李太后就指望這麼一個出息兒子呢，聞言大怒，脫去盛裝，換上了青布袍，頭上的裝飾也不戴，在宮中散佈說：要召集閣部大臣，告謁太廟，廢掉萬曆，另立萬曆的弟弟潞王為帝。
萬曆知道後，嚇得魂飛魄散，連忙趕去向母親請罪。李太后在盛怒之中也沒有好話，大聲訓斥道：“你以為天下大器就你一個人可以承當？”
太后遂命馮保拿來《漢書》，找出《霍光傳》讓萬曆自己念。當唸到“光即與群臣俱見，白太后，具陳昌邑王不可承宗廟狀”一句，萬曆不寒而慄，淚水奪眶而出。
李太后問道：“看明白了嗎？皇帝的廢立，古即有先例。來人，去召潞王來！”
萬曆知道這回鬧大了，只好跪在地上痛哭流涕，求饒的話說了一籮筐。
太后消氣了後，萬曆趕緊把孫海、客用逐斥出宮，貶為南京孝陵衛“淨軍”。所謂淨軍，是太監裡最低的一個等級，也叫值殿太監，是專門負責清掃衛生與種菜的。
萬曆從此恨透了馮保。這一刁狀，告得太毒，險些鬧掉了老子的皇位