按萬曆的旨意，參劾已故首輔張居正。這是一份國家起訴書，萬曆批示了一段話，給張居正做了定論——
“張居正誣衊親藩，侵奪王墳府第；鉗制言官，蔽塞朕聰；私佔廢遼地畝；假以丈量，庶希騷動海內；專權亂政，罔上負恩，謀國不忠。本當斷棺戮屍，念效勞有年，姑免盡法追論。伊屬張居易、張嗣修、張順、張書都著永戍煙瘴地面，永遠充軍。”
同時下令，張居正的罪狀，要在各省張榜公告。
——此時，距張居正病榻瞑目，僅僅兩年多。
聞道長安如弈棋，但這終局……未免太殘酷。
為國任事，結局爾爾！
昨為“肱股良輔”，今為“謀國不忠”，世事翻覆何如兒戲？
他只管把自己的江山拆盡、家底敗光，但是——
問只問：天公為何憎良人？為何？為何！
天不佑大明，夫復何言！
後世史家在論及萬曆對張居正的“寡恩”時，都有不平之氣。對他“寡恩”的根源做了種種分析，大略有任性說，有報復說，有立威說，有心理情結說，有性格缺陷說，有階級本質說，也有實用主義說。
我只能講，萬曆的這種性格乖謬，也許來自朱家皇帝的遺傳，無可理喻。無論用什麼來解釋，都讓人覺得，他不至於非要對一個已故功臣下如此辣手。
上帝欲使人滅亡，必先使其瘋狂。
我以為，唯一可以勉強解釋得通的，就是萬曆要以這種酷烈手段，為皇權張本，裁抑權臣。後世有人曾說，明朝只有兩個人可稱“真宰相”，一為嚴嵩，一為張居正。但當今也有人指出，能操控全域性、決定國策的，唯張居正一人而已。
明初李善長、胡惟庸，不過僅僅專恣自用、廣樹朋黨，就被朱元璋誣以謀反罪族誅。而張居正則是在十年柄政中，完全代行了皇權，成了真正的“無冕皇帝”。他忠心事君，操勞十年，使老大帝國重見雄風。但無論如何，是大大地觸犯了皇權體制——這一杯羹，寡人可與王振、劉瑾這樣的家奴分享，卻不能容得一個有作為的權臣染指。萬曆只不過學了他的老祖宗，以非常手段摧毀權臣根基，讓千秋萬代的大臣不敢再做此念。
如此而已！
當時唯一能夠制止萬曆清算張居正的人，是慈聖太后（李太后）。但是，其間未見她有任何動作。她對張居正的人品、才幹及忠誠，應是十分信任的。萬曆的前十年，是她與小皇帝“孤兒寡母”的權力危險期，她卻毅然將一切國事委之於居正，不能不說是獨具眼光。
但張居正死後，她卻容忍了萬曆進行這場毫無必要的清算。原因何在？有人說是因為聽信了萬曆的話，貪圖張家的一點點錢財。
但我以為，還是“實用主義說”才能合理解釋她的這種沉默。
張居正生前不會對皇帝位置構成威脅，她是堅信不移的。那麼死後，世間是否還有張居正，她沒有把握。因此，借張居正身後名聲的敗亡，儆示將來可能覬覦皇權的大臣，亦無不可。
但是，這種鼠目寸光，這種卑鄙手段，很快就見出其負面效果——簡直是天報應！
一個大國之興，須百年以上的震盪與血浸；
而一個大國之亡，只短短十幾年間就可成為定數。
一位大國的執政者，他儘可以尚氣任性，予取予奪，甚至視民生若無物，但是，他或他的子孫絕逃不過洪水滔天的那一刻！
居正倒臺，萬曆鬆綁——小皇帝久盼的這一天終於到來。
在砸爛昔日權威的狂歡之中，帝國剛剛修復的馬車，又瘋一般向懸崖馳去。
一切都反著來吧。
萬曆和張、申內閣君臣相通，“盡反其政，以媚天下”（ 錢謙益《牧齋初學集》）。
張居正裁汰冗員，以舒財政之困；那麼我就恢復冗職，多多益善。至萬曆二十年，淨增139個職位，不僅將隆、萬之交所削減的職位全部恢復，還有所增加。
張居正改革學政，裁抑生員；那麼我就增加名額，任其干政亂政，魚肉平民。
張居正整頓驛遞，縮減供應；那麼我就放寬限制，讓禁令名存實亡，大家一齊來沾光。
張居正提倡任人唯才，不拘一格；那麼我就重新設定資歷階梯，不問能不能勝任，只管資歷夠不夠。
張居正力推考成法，講究行政效率；那我就廢除考成法，行寬厚之政，做與不做，隨你們便吧。
吏治上的鬆弛，固然是皆大歡喜，又有萬年的太平官