發生了衝突。
這個說法，才有可能是問題的實質。這裡暫且按下不說。
如果萬曆後來沒有受身邊無賴宦官的影響，而是一直求上進。那麼，張居正“致君堯舜上”的理想很可能就得以實現。
那麼，晚明的歷史，將因此而截然不同。
可惜。歷史的走向，往往是越走越糟。這就是中國哲學的“王小二過年，一年不如一年”定律，沒什麼道理可講。期盼百年，場場落空！也許生為明朝人，這本身就是個大不幸。
且說張居正在隆慶末年需要擺平的第二件事，是處理好與李貴妃的關係。
李貴妃起自民間，從小生活在京郊宛平，父親李清是個泥瓦匠，十分熱愛勞動。一直到隆慶二年，李貴妃封了皇妃，老人家才收起了瓦刀灰桶（閨女有話了：你還缺那倆錢兒嗎？）。嘉、隆兩帝的沒出息，讓她深感痛心，所以決心把孩子培養成合格帝王。
萬曆讀書有時侯偷懶，她就喝令罰跪。且下令不許30歲以下的宮女在小皇帝身邊伺候，以免壞小子過早做“壞事”。每次講課完畢，她都要令萬曆把內容複述一遍，“以驗其記否”。每逢上朝，到了五更時她就走進萬曆寢室，喊一聲：“帝起！”然後讓宮女扶起小皇帝，親手打水給小傢伙洗臉，再把他扶上小轎送走。
——身為“九五之尊”的皇帝，被老媽如此的管教與約束，據說是史上罕有。
任命張居正為首輔主持朝政，就是出於她的決斷。張居正的嚴謹內斂，也恰好符合李貴妃心目中的“帝師”標準。
張居正當然知道這裡面的利害。目前皇權的最核心部分，就控制在這個27歲的單身女人手裡。小皇帝，不過是她授權的二級管理者。
中國哲學講究“擒賊先擒王”，張居正在協調與皇權的關係上，就牢牢地擒住了這個王。
出身微寒與孤兒寡母的境遇，使得李貴妃的心理極其敏感，生怕宮內外有人瞧不起她。張居正便適時為她解除了後顧之憂。
在張居正執政之初，恰好遇到兩宮尊號的問題。按照大明祖制，新皇帝出爐後，先帝正室還在的，皇后要被尊為太后。新皇帝的生母如果是妃子，就只能尊為皇太妃，等級上要低了許多。到了弘治朝（孝宗），皇帝生母也可以稱太后了，但只能是“禿頭太后”，“太后”兩字前面不能加徽號。而嫡母太后的前面，則尊加兩個字的徽號，以示等級差別。
張居正摸透了李貴妃意欲出頭的心理，他提議，陳皇后與李貴妃不僅可以同升太后，而且都可加徽號。
這當然是違背祖制的，但他料定李貴妃不可能推辭，便將此事做為結好宮闈的重要步驟，極力促成。
他吩咐禮部：“既同為太后，多二字何妨。”如此，把一個可能會引起軒然大波的舉措，輕鬆帶過。吏部侍郎王希烈立即照辦，於是“兩宮並尊”（《國榷》）。陳皇后稱“仁聖太后”，李貴妃稱“慈聖太后”。後來沈德符論及此事，說張居正這樣做，是“內諂慈聖，以為固權也”（《萬曆野獲編》）。
在今人看來，兩個字也許一錢不值。但在古代禮法等級社會，名號卻是性命攸關。甚至迄今餘韻尚在，否則流行詞彙中何來“正廳級待遇”、“國家一級作家”之類的說法？我們也未必就能笑古人愚執。
兩個字換來了李太后對張居正執政的無條件支援。在當時，挾高拱被強力驅逐的威勢，這個違制的動作竟沒有遇到什麼抵抗。稱得上是明朝時一次成功的“別針換別墅”的案例。
李太后終於正了名，在地位上與陳太后平起平坐，再不必像過去那樣，每日向皇后請安了。其心情之愜意，可以想象。
投桃抱李，她對自己孃家的人也就比較約束，不讓他們給外廷的工作添亂。孃家人或子弟如有請求加官進爵的，她就讓他們把過去用的瓦刀拿來。然後問，這是什麼？答曰：瓦刀。李太后就會訓斥：“當日你們就靠這個過活，今日已經大富大貴了，還嫌不足麼？”對親屬的廉政教育十分到位。
此後，李太后的父親瓦匠李偉跟著雞犬升天，直升“武清伯”。他曾經提出請撥公款給自己造府第、建生塋（活人建墓），張居正都很痛快就給了方便。但是這位前瓦匠貪心不足，串通內庫官員，在承攬京營軍士冬衣製作中偷工減料，衣服糟得不能穿，引起了軍士譁亂。司法部門不好追究，張居正就將此事先巧妙地推到李太后面前，叫人拿了漁網似的破軍衣給太后看。李太后頓感大丟顏面，傳諭內閣依法處置，決不要袒護。
張居正在處理這件事時