捻軍，於7月份避開山東清軍，直向東行，奔向平度和萊陽，然後改向西北方推進，奔赴渤海之濱的招遠與黃縣。
東捻軍全部在海濱集結，清廷全殲這支起義軍的機會到來了。李鴻章和丁寶楨連忙集結部隊，扼守膠萊河全線，以封死東捻軍的退路。
李鴻章精心佈置這場大會戰，動用五萬人防守，四萬人作戰。他得到報告：膠萊河北口水淺，沙子容易崩塌，不能築牆；而北口以西三十里處有濰河入海的通道。他提出從膠萊河以西修築牆壘，連線濰河以東，直到海岸，令淮軍和山東清軍分段駐防，將運河駐防軍調到膠萊河，由其他部隊接管運河駐防。
李鴻章打算調動山東清軍的所有兵力一萬六千人分別駐屯。巡撫丁寶楨不同意，大大違背李鴻章的意思，只派出七千兵力。
李鴻章徵調五千名直隸軍、五千名浙江軍和一萬二千名湖北軍，替換運河防禦。 電子書 分享網站
1867年，同治六年（6）
這時，捻軍已深入海灣，襲擊福山和寧海。
清廷大員們都認為成功指日可待。只有曾國藩並不樂觀，寫信給李鴻章，主張按照劉長佑和劉銘傳的辦法倒守運河。
陝西和甘肅兩省的清廷官員急切盼望的左宗棠湘軍，於7月15日度過了河南靈寶的函谷關。一位謀士對左宗棠說，函穀神是李左車，必須祭祀才能過關。
左宗棠笑道：“李左車怎麼擋得住我呢？”
黃昏，部隊剛出山谷，忽然雷雹交作，山溪暴漲，車子騾馬翻下山崖，軍士們漂入大河，損失輜重幾萬件，一百多人死亡。
左宗棠於7月19日抵達潼關，幫辦軍務劉典和新任甘肅提督高連升一起到達西安東南側的藍田。
左宗棠把三十五歲的平江人朱德樹調到陝西，統率騎兵，奏薦他升為副將。
楊嶽斌的部將梅開泰所部會同鄧全忠的部隊攻克了米拉溝。
米拉溝屬西寧管轄，是西路河運的要道。和平時期，回民常在此地聚集，也有一些逃犯來到這裡。起義軍興起後，這裡的綠林軍頻繁襲擊西寧和涼州，阻遏蘭州的糧運。
湘軍攻克米拉溝以後，起義軍和綠林軍都來請降。於是，河州、洮州、狄道與西寧的回民堡壘大多數不再反對清廷，而南八營李得昌各部十六萬人要求擇地安插。
清廷對回民抱著不信任的態度，命令穆圖善嚴加防備。穆圖善張榜安民，命令投降的起義軍交出軍械。他派範銘率部趕赴洮州，派張瑞珍率部趕赴蕭何城，派王得勝率部趕赴靜寧，辦理安撫事宜。從此，穆圖善對於招撫頗為上心。
左宗棠見甘肅形勢緩和，而捻軍和回民起義軍都在陝西境內，便沒有前往甘肅。
左宗棠在陝西，依靠外省提供軍餉。他看到浙江提供的軍餉“源源而來”，高興不已。他多次代表全軍感謝楊昌濬的“嘉惠”，說楊昌濬和浙江的百姓，是陝甘兩省的依靠。他還說，“何敢以尋常感激之語，施之至交”。他對楊昌濬做出的貢獻，評價極高。
楊昌濬“性素平和”，是個好好先生，但甘於平淡，不愛做官。他身居高位之後，並未流連忘返。就他本人而言，他一直都想辭官不做。然而，他有一個精明的頭腦，辦事勤奮，忠於友情，左宗棠不但把他視為知己，還認為他是一名幹才。
由於左宗棠在到達陝西之後，連連向他訴苦，言辭懇切，說有無軍餉，關係到全軍的存亡。楊昌濬把個人的意志置之度外，繼續留在浙江，專為左宗棠籌餉。左宗棠還囑咐他注重洋務，興修水利，楊昌濬無不遵行。他和左宗棠志同道合，主張“用外人之器，師外人之長”，籌辦海防，做出了一些成績。
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東捻軍在8月份已經明白了李鴻章的意圖，為了突破封鎖，回師平度，撲向清軍和淮軍的膠萊河防線，屢次攻擊，都被淮軍與河南清軍擊退。東捻軍改道北進，奔向濰河出海口。
山東清軍王心安所部剛剛修築好壁壘，但堤牆尚未修成。東捻軍長驅渡河，駐防的清軍潰散。捻軍襲擊昌邑，向西南挺進，奔赴安丘。
李鴻章主張防守膠萊河，丁寶楨與他意見相左。李鴻章力排眾議，才得到清廷的首肯。
山東清軍駐防的濰河，本來是潘鼎新負責的防地。潘鼎新移師南下，要求山東清軍替防。北路失敗以後，潘鼎新指責王心安防守不力，清廷下令將王心安斬首。丁寶楨上疏為王心安爭辯，清廷原諒了王心安，而嚴厲地訓斥了李鴻章。
李鴻章上奏攻擊丁寶楨。清廷