下詔勸他們和解。
不久，東捻軍從安丘和臨朐兩處並行南下，李鴻章又提出防守運河。英翰派張得勝等人率領安徽清軍一萬人扼守江蘇宿遷東南方約六十里處的仰化集，防線向東延伸，直達海濱。
曾國荃派遣譚仁芳和劉維楨等人率領湖北清軍一萬二千人扼守山東梁山的靳口至亨濟閘一段。劉長佑派唐訓方和張樹聲率領直隸清軍五千人扼守齊河與張秋，李鴻章又徵調五千名浙江兵扼守六塘河。運河中段由淮軍和山東清軍分守。
東捻軍從莒州攻打日照和江蘇的贛榆、沭陽，然後折向西北，奔赴山東最南端的郯城和蘭城。劉銘傳、牛師韓和姚廣武出兵攔截，屢次擊敗捻軍。東捻軍回頭東進江蘇海州。
丁寶楨將軍情上奏，說東捻軍將從沂州與莒州向江淮一帶運動。清廷大怒，將李鴻章交付部議，將丁寶楨革職留任。
1867年，同治六年（7）
西捻軍奔赴西安以北，攻打三原，劉效忠率部迎擊，被捻軍擊敗。湘軍援兵趕到，捻軍向東北方長驅直進，奔向蒲城。
甘肅的回民起義軍出兵華亭，進入陝西鳳翔，向西北方和東北方出擊，襲擊隴州、麟遊和千陽，被鄉團擊退。甘肅寧州的回民起義軍向東南推進，進入三水，譚玉龍率部攻擊。起義軍奔向淳化，然後向東北推進，返回宜君。
楊和貴率部追趕回民起義軍，在黃河西岸的合陽趕上。起義軍向西北方撤退，進入黃龍山。
耒陽人劉厚基奉調回軍陝西，駐紮富縣，率部在宜君以北、延安以南的甘泉大破張富滿的農民軍，然後攻克橋扶峪。
甘肅的回民起義軍於8月下旬襲擊陝西富縣和宜君。8月30日，劉厚基的部隊在羌村擊敗起義軍。
9月6日，起義軍襲擊陝西東北部的米脂，接著向西北方推進，於9月12日攻擊榆林，然後折向西南，奔向橫山。9月22日，這支起義軍攻佔宜君，殺死知縣張傑。
甘肅省會又燃起戰火，河州的回民起義軍攻擊蘭州。穆圖善親自領兵出城阻擊，被起義軍擊敗。起義軍對蘭州圍攻五天，湘軍將領彭楚漢率部死戰，將起義軍擊退。
西捻軍渡過涇河，攻打咸陽，遊騎兵到達禮泉和乾州。
左宗棠率部駐紮在西安附近的臨潼，大雨下了十天，無法進兵。
在湘軍大帥左宗棠被惡劣的天氣困在臨潼的日子裡，淮軍大帥李鴻章移駐山東與江蘇交界處的臺兒莊，在蘭城以南三十里。
東捻軍撲向宿遷運河，牛師韓等人率部抵抗。東捻軍又撲向老劉澗，姚廣武率部截擊，將捻軍打敗。東捻軍北進邳縣和山東郯城，遭到潘鼎新所部攔截，便東返海州。
漕運總督張之萬上奏，稱讚安徽清軍將領牛師韓和姚廣武在郯城與宿遷作戰有功，請求增募騎兵和步兵共五千人。英翰也說宿遷之戰未見淮軍，彈劾李鴻章袖手觀望。丁寶楨又多次上疏攻擊李鴻章。清廷下詔，斥責李鴻章出於私心，放走捻軍。
李鴻章上疏辯解說，英翰遠在潁州，心中掛念著運河防禦，派程文炳等人出省協助作戰。他與英翰有多年的交往，怎麼會對他有妒忌之心，袖手旁觀，放走捻軍呢？丁寶楨還是拿濰河那件事做文章，說他徇私委過，顛倒是非，承蒙朝廷詳切訓誡，他怎敢不遵朝廷之命？
李鴻章說，他與丁寶楨本來沒有嫌怨，只是從夏天捻軍進入山東以後，丁寶楨想把捻軍立即趕出本省，也屬於地方長官的常情。但他的任務是專門對付捻軍，想的是怎樣才能制服捻軍，認為扼守膠萊河是上策，其次則是將捻軍壓迫在運河以東。無論能否辦到，不辦卻是不行的。他打算出動三支主力，合力圍剿捻軍，但捻軍人馬眾多，不能不稍待時日。
於是，李鴻章憂心忡忡，心力憔悴，以至於病倒。曾國藩寫信給他，安慰勉勵。
李鴻章得知郭松林的戰傷已經痊癒，便調集一萬兵力，交給他統領，號稱武毅軍。劉銘傳在邳縣休整部隊，準備對東捻軍發起新的攻擊。
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劉嶽昭在8月份率部攻擊平遠的苗民起義軍，進軍包圍牛場，攻破月城。岑毓英的雲南清軍攻擊海馬姑，獲得大勝。劉嶽昭把功勞推讓給已故的勞崇光。
代理貴州提督張文德所領的湘軍，努力在省城周邊掃清障礙，也取得了一些進展。他的部隊首先攻佔了貴陽以北的開州，然後南下攻破鼎照山，攻佔貴陽以東的龍里和貴定，斬殺苗民首領潘名桀。
張文德乘勝進軍平越，俘虜金大五，接連攻克麻哈與都勻。清廷賜給他