上仍然大部分靠人力手推車、皮帶運輸等澆築手段，水泥中摻入過量燒黏土，混凝土中埋塊石沒有統一指揮，只看埋入數量。致使混凝土中的架空、狗洞、蜂窩、冷縫、低強、裂縫等事故超過了一期施工的混凝土。除基礎驗收制度沒有放鬆外，其他規章制度的執行都比不上一期施工。
經過1959年冬季到1960年初，右岸河床大壩混凝土受寒潮衝擊及降溫影響，出現了不少裂縫，最嚴重的是9至11壩段，為處理基礎破碎帶所採用的混凝土楔型梁裂縫以及18壩段的貫穿裂縫，設計單位多次提出裂縫檢查分析報告及處理裂縫的補強方案，申述裂縫等事故性質嚴重，補強技術複雜，希望嚴格控制溫度，搞好散熱措施，防止再發生危害性的貫穿裂縫。為此，1960年初水電部派出檢查科研組來工地與設計、施工單位一道分析研究。但三方面的認識不能一致，隨後共同去北京彙報，經中蘇專家會議研究、討論，最後由水電總局黃宇齊局長向馮仲雲副部長請示，基本上定下9至11壩段楔型梁裂縫的補強方案。但對混凝土澆鑄標準、裂縫危害性等重大技術問題的認識，仍未能取得一致意見，工地的溫控措施也執行不力。
為了在科學上弄清裂縫機理及防治措施，長辦及不少部門繼續蒐集資料，進行科學研究。1961年9月在武昌召開了有全國專家參加的混凝土裂縫學術會議。會上爭論十分激烈，雖未作結論，但比北京會議深入了一步。這次會議推動了全國重視裂縫的研究，促使1961年10月水利電力部致電湖北省委，建議由水電部與湖北省委共同派出工作組，認真檢查丹江口工程質量問題。
1961年11月1日，馮仲雲副部長、檢查組組長朱國華、副組長劉天明到達工地，11月3日馮仲雲在工地四級幹部大會上作了報告，講明大壩的重要性，已發生的事故一定要處理好，堅決防止再發生質量事故。要尊重科學，加強技術管理，蠻幹是不行的。檢查組認真查閱資料，組織技術人員、工人座談，夜以繼日地工作了20天，提出了書面報告。
檢查組認為：“目前丹江口大壩的質量是不夠好的，質量問題的性質也是嚴重的，由於壩體記憶體在著大量的裂縫、冷縫、架空、混凝土與基岩結合不良、強度不足等問題，破壞了大壩的整體性，降低了壩體的抗滲、抗滑能力，影響到壩體的穩定。特別是這些質量問題還發生在大壩河床部分的基礎部位，這是承受水壓力最大的地方，就使得問題更為複雜，後果更為嚴重，必須進行妥善處理，才能保證大壩的安全。”這次檢查組的主要收穫是對丹江口大壩存在的嚴重質量事故，在必須認真處理方面，基本上取得一致意見，說明過去反映發生的質量問題，沒有誇大不實，對其嚴重性也有相當認識，而不是杞人憂天……
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丹江口大壩：十萬人生命鑄就的豐碑（12）
1962年2月8日，在總理辦公室召開了丹江口工程質量處理會議，出席會議的有李先念、鄧子恢、譚震林副總理，國家計委王光偉副主任、李巖、顧明、劉瀾波、錢正英、馮仲雲副部長、朱國華局長、張體學省長、工程局任士舜、夏克、長辦林一山和我隨同參加了這次會議。會議從上午十點半開始到下午一點四十分結束。總理最後指示：“把丹江口工程質量搞好，這是一件大事，現在工程質量很不好，應停下來，研究進行處理。原班人馬是否可以搞好，可以看一看，一看二幫，相信現有人馬有決心可以搞好。長辦負責設計，施工要服從設計。長辦可以邀請全國有關單位和工程技術人員進行研究討論，設計要監督施工，處理質量事故的設計弄好了，要水電部批准，那時我也到工地去看，並且講一講。水電部在物力上要大力支援，施工隊伍要精簡。”
這次會議是在中共中央召開的7000人大會閉幕的次日召開的，會後我們在國務院共進午餐。餐畢，我們看見總理又步入會場主持召開福建閩江建溪工程的問題。可見總理是何等重視水利水電事業，又是何等鞠躬盡瘁、日夜操勞。
自此以後，遵照周總理的指示，設計、施工通力合作，設計方面抓緊科研設計工作，加強機械化施工的附屬企業設計和施工組織設計。施工方面抓緊精簡整頓隊伍，雙方合力搞好質量事故的檢查及機械化施工準備，水電部也派出科研組來工地共同研究改進原材料、混凝土拌合、澆築、保養等一系列工藝流程，修訂制度規範。
1962年底長辦提出了大壩補強輪廓方案上報水電部，據此，設計施工認真細緻地進行了大壩補強處理工作。到1964年，機