史趙炳麟、安維峻等入京擔任肅政使。5月25日，他接見平政院長汪大燮和都肅政使莊蘊寬及肅政使十四人，說“中國之大，官吏之多，一人耳目不能周到，故靠諸君主持風憲”。④儼然是帝王口氣。實際上，平政院長、都肅政使等都是閒曹，彈劾和審理俱託空言。正如當時有人指出：“民國有勢無法，少有憑藉者斷非平政院所能裁製，其無勢力者先自默爾，與人無競，更不勞裁判。”
袁世凱本來計劃恢復前清官吏品級制度，後來改變計劃，決定按照品級辦法，擬定新的文官官秩。7月25日正式公佈實行。官分九秩：即上卿、中卿、少卿，上大夫、中大夫、少大夫，上士、中士、下士。國務卿徐世昌為上卿，其餘文官均按其資歷、地位分別授予不同等級的官秩。
5月24日，袁世凱公佈參政院組織法。26日任命副總統黎元洪兼院長。黎入京後，袁規定每月給他三萬元的高薪，比鄂軍政府時月支二十元足足增加了一千五百倍，稍後還與他結為親家，然而卻從來不允許他發揮實際作用，至此總算給他他一個具體的差事。參政共七十名，都由袁親自選定。其中有當朝顯宦周學熙、梁士詒、黎淵、施愚、王揖唐、劉若曾、陸徵祥、孫多森、李士偉、嚴修、楊度；有立憲派、進步黨名流梁啟超、熊希齡、林長民、馬良、嚴復以及蔡鍔等；有實業界大資本家馮麟霈、宋煒臣、張振勳、孟繼笙；有屈膝變節的革命黨人孫毓筠；有“宿儒”王運、楊守敬；而大多數則是老態龍鍾的前清大官僚，如趙爾巽、那彥圖、丁振鐸、唐景崇、增韞、李經羲、寶熙、于式枚、昌、袁樹勳、王樹、趙惟熙、姚錫光以及瞿鴻礻幾等。正如當時報紙所說，參政院內舊官僚派“有枯木逢春之氣象”。
當時，有些進步黨人對袁世凱網羅大批前清官僚不理解，曾詢問其用意，袁回答說：“漢之良相即亡秦之退官，唐之名臣即敗隋之故吏，政治不能憑虛而造，參政責任綦重，非富有經驗者不理。”英國公使朱爾典也為袁世凱的政策辯護，他說：“中國昔時之老成物望者皆聯翩而出”，這是政治穩定的吉兆。
由於一些舊官僚派參政以種種理由遲遲不肯進京上任，至6月8日參政院近開會之期，報到者“尚不足三分之一”，⑤不得不延至6月20日開幕。當天，在原參議院舉行開幕式，出席的參政僅四十四人，零零落落，不成樣子。從開幕至當年12月底，參政院共開大會二十多次，每次出席者都只有四、五十人。其“所議各案，都由政府交來”。其中最為重要者是梁士詒提出的“大總統選舉法修正案”，8月18日提案得到全院透過，即轉交約法會議制定出《修正大總統選舉法》，12月29日由袁世凱公佈。新選舉法規定，總統任期十年，連任亦無限制，而且只要參政院議決，即可連任，無須改選。總統繼任人由袁推薦候補者三人，書於嘉禾金簡，藏之金匱石室。屆時交大總統選舉會選舉。選舉會由參政院參政和立法院議員各五十名組成。根據這個規定，袁氏實際上不僅成為終身總統，而且有權傳子，世襲罔替。
參政院成立後便宣佈代行立法院職權。約法會議於1911年3月18日宣佈結束。至於按照新約法應該成立的立法院和國民會議，袁世凱則故意把這些“民選機構”的成立推得遙遙無期，以至終袁之世也未能成立。這樣，在一個名為“民國”的國家裡，便消滅了一切民主選舉的痕跡，所有重要職務都改為欽定，還美其名曰：“以資簡捷，而節經費”。⑥
1914年5月8日，袁世凱下令撤銷總統府軍事處，而成立“陸海軍大元帥統率辦事處”。派段祺瑞、劉冠雄、陳宦、薩鎮冰、王士珍、蔡鍔為辦事員。唐在禮為總務廳長，張士鈺為副廳長。辦事員輪流在處值班，一切軍事要政，均由值班人員送袁世凱定奪。表面上說，這是集陸軍、海軍、參謀三部統籌軍事，實則是要削弱段祺瑞的軍權，把軍權收歸袁一人掌握。原來，自北洋政府成立後，軍權一直在段祺瑞把持的陸軍部。段對袁氏本來奉命唯謹，但自鎮壓“二次革命”以後，陸軍的勢力大大膨脹，關於軍官的提升和降黜，他往往擅自決定，而且所提拔的人又多是他的親信學生和部屬，如徐樹錚、靳雲鵬、傅良佐、吳光新、曲同豐等，在陸軍中隱然自成派系。這種情況使袁感到惴惴不安，統率辦事處的成立就是為了扭轉“軍權旁落”的趨勢。段自然一眼看破袁的用心，從此經常不到陸軍部，一切事務由次長徐樹錚代辦，對統率辦事處的會議也常常藉故缺席。
袁世凱對段祺瑞的消極抵制不僅沒有讓步，相反，更增強了他進一步直接控制軍權的決心。不久，他就以北洋