治的一個重要手段就是製造派系，利用矛盾，使其互相牽制。政事堂除設國務卿外，還有左右丞二人，其地位略低於國務卿，也直接對袁世凱負責，用來防止出現國務卿專擅的局面。袁任命自己的臣楊士琦為左丞，右丞則讓徐世昌的心腹錢能訓擔任。國務院存在的時候，各部政務由總長主持，可以直接釋出命令。現在各部的命令均須由政事堂核閱，轉呈總統定奪辦理。各部長總直接對袁氏負責。各部總長人選為：外交，孫寶琦；內務，朱啟鈐；財政，周自齊；陸軍，段祺瑞；海軍，劉冠雄；司法，章宗祥；交通，梁敦彥；教育，湯化龍；農商，張謇。另外政事堂還設有六個局：法制局，局長施愚；機要局，局長張一；銓敘局，局長夏壽康；主計局，局長吳廷燮；印鑄局，局長袁思亮；司務局，局長吳芨孫。以上各部長、局長，除湯化龍、張謇屬進步黨外，其餘都是袁黨。
政事堂在總統府勤政殿旁，其匾額為“政事堂”，兩旁楹聯為“天視民視天聽民聽”，“人溺己溺人飢己飢”。此聯為徐世昌自擬、自書。5月4日，袁世凱親臨政事堂訓話，他說，本大總統當與諸君以“潔己自愛，開誠佈公”八字共勉，“以共挽狂瀾，維持大局”。①就是在這種極動聽的辭令掩飾下，袁黨會聚一堂，開始了“屈天下人奉一人”的新步驟。
開辦政事堂的同時，袁世凱下令裁撤了總統府秘書廳，把秘書長梁士詒調離總統府。自從1912年3月北洋政府成立起，梁士詒一直擔任秘書長，綜攬中樞機要，5月又兼交通銀行經理，次年秋曾代理財政部務，事權之重無可比擬。他常常代表袁與各方接洽。有人謁袁稟商事件時，袁也常常說：“問梁秘書長去！”因此梁有“二總統”的綽號。②梁氏以交通部和交通銀行為籌款工具，能在短時期內籌挪鉅款，如1911年11月袁到北京擔任內閣總理大臣後，急需款項。梁從交通銀行提取郵傳部所存維修黃河鐵橋款六百萬元供袁收買運動各方。因此深得袁的信賴，被稱為“財神”。但是，梁好包攬把持，利用秘書長職權，培植個人勢力，在北洋財政界形成著名的交通系；尤其自受命組織公民黨後，插手四方，勢力更為膨脹，儼然成為政府黨黨魁，使袁世凱深感不安。1914年初，袁徵詢他對改制的意見，他建議“將秘書廳擴大組織”，以“擴張府制，網羅人才”，而不必另設國務卿。③這恰為袁所忌。袁氏遂下決心把他攆出總統府，派為稅務處督辦。
袁世凱以秘書廳原班底成立了一個內史監，專門負責辦理“關於大總統切身政務機密者”。派原副秘書長阮忠樞為內史長，曾彝進、王式通為副內史長，內史有夏壽田、張鳳台、劉春霖、董士佐等十餘人。從清末北洋時代起，阮忠樞就充當袁和北洋文武官吏之間的聯絡人員，專門負責傳達機要指示和反映下情，對袁忠心耿耿。洪憲帝制前夕，他曾對人說：“五年來紛紛亂亂，都只為沒有皇帝之故。古語云：寧為太平犬，毋為亂離人。我亦云：寧為帝國犬，毋為民國人。”說時頗有洋洋得意之色，然聞者多笑其生成犬骨。
內史監成立後，仿照前清皇帝經筵進講例，由參政嚴復等逐日編述關於中外大勢及帝王治國故事以及其他政治、經濟諸事，復由夏壽田書寫送到袁世凱的辦公室居仁堂，稱“居仁日覽”。袁世凱從青年時代就不喜歡細讀宏篇鉅著，而好觀大略。這種一事一文的短篇日覽，很合他的口胃，每日必批閱一兩篇，從中總結中外統治者的得失，覓求其所謂“治亂之道”。
5月18日，袁世凱下令特設一個小型的“政治討論會”，派所謂“富有學問經驗人員”王瑚等八人為會員，以阮忠樞為會長，凌福彭為副會長。又派施愚和顧問古德諾、有賀長雄等組成一個“法制討論會”。這兩個會專門討論袁所交下來的政治、法律草案，提出“建議”，供袁決策參考。並且每個會員都有條陳建議的義務。1914年7月，古德諾提出“中國官吏教育論及文官任用辦法意見書各一件”，大意說：“前清舊官吏不乏有用之才。今後任用文官應擇舊日參丞司道以下各員，從嚴考試，凡錄取者即以相當位置。考察方法，即調查其在官之成績，作為去取標準。此意見書由袁批交”政治討論會“討論，以後由政事堂負責實行。
新成立的平政院為行政裁判機關，負責彈劾和審理違法官吏，相當於前清御史臺。又仿照前清都察院，附設一肅政廳，以莊蘊寬為都肅政使，以王瑚等人為肅政使。都肅政使即左都御史之變名。肅政使和給事中御史大同小異，於是京城官場中“都老爺”名稱復生。袁世凱為表示自己“任人唯賢”，特電召清末因參奏他和權貴而享盛名的御