軍暮氣沉沉為理由，決定在統率辦事處下另行編練模範師，派王士珍、袁克定、張敬堯、陳光遠為籌備員。1914年10月先成立了一個類似軍官教導團式的“模範團”。抽調北洋各師下級軍官為士兵，各師中、高階軍官為該團下級軍官。每期半年，一期培訓兩個師的軍官。第一期袁自兼團長，陳光遠為團副。第二期其長子袁克定為團長，陸錦為團副。陳光遠和陸錦都是袁克定挑選的，所以模範團實際由袁克定一手包辦。這是袁世凱有意為自己的兒子在北洋軍中樹威望，為“家天下”作準備。不過事與願違，這樣一來“北洋宿將個個寒心”，而以段祺瑞為甚。段祺瑞素性剛愎，對於袁世凱感恩知己，願受驅策，不成問題，但對袁克定則毫不敷衍，對袁世凱左右之人也常以盛氣凌之。袁世凱遂對段說：“你氣色不好，想是有病，應當休息休息。”於是，段即託病請假赴西山“療養”。1915年5月31日，袁派王士珍署理陸軍總長。王為人圓滑，對袁唯命是從，遇事決不肯觸忌犯顏，有所堅持；又不培植私人勢力，深得袁之歡心。不久，袁世凱又授意肅政廳彈劾徐樹錚訂購外國軍火浮報四十萬元，藉此於6月26日下令免去了他的陸軍次長，派田中玉繼任。這樣便將段的勢力從陸軍部清洗出去。
為了從精神上進一步控制軍隊，袁世凱於1914年11月11日以海陸軍大元帥的名義發出第一號軍令，頒佈軍人訓條十條，其中第一條即為“軍人宜效命國家，忠事元首，堅心定志，切戒妄聽邪言”