合作不可，而不必把他們看作嚴重的危險。他試圖在袁世凱和同盟會之間扮演調和者的角色。為此，他迎合同盟會的主張，在鐵獅子衚衕國務院內特設國務會議，有意實行責任內閣。規定每週會議三次，每星期一、三、五會議，二、四、六各國務員謁見袁。在推行袁所制定的政策時，他總是考慮同盟會的向背，凡以為不可實行的，必至總統府要求緩辦或改變，並多次向袁保證同盟會“諸君皆以誠意相待”，“決無他意”。①
責任內閣制系以內閣代元首對國會負責，總統必樂居虛尊之位。但袁世凱手握兵權，一貫專橫獨斷，絕對不肯甘居虛位。其視內閣為幕府班子，視總理為幕僚長。在他看來，像唐紹儀這樣的人，經他一手提拔，飛黃騰達，只能俯首聽命，而不該自做主張。而今唐卻不時和他爭得面紅耳赤，這自然引起了他的猜忌，“疑唐挾同盟會以自重，有獨樹一幟之意”。②一天，唐又和他爭論起來，在氣憤之下，他脫口而出：“我老了，少川（唐紹儀字）你當總統吧！”這使唐大吃一驚。
為了打擊唐紹儀，袁世凱唆使內務總長趙秉鈞和陸軍總長段祺瑞對他進行抵制。趙、段等人在國務會義上反對劃清總統府及國務院許可權，主張事事奉令承教於大總統；反對國務院為有機之組織，主張國務員單獨行動。1912年4月，南京臨時政府遷到北京不久，關於內務部司員人選，唐紹儀主張安排幾名同盟會員，以表示新舊合作無間。趙秉鈞則堅持要害部門，必須全用北洋舊人。兩人爭持不下，趙秉鈞便以“素無共和政治知識”為詞，揚言要率領內務部全體司員辭職，終於迫使唐紹儀讓步。趙秉鈞仍不罷休，從此常常不出席國會議，有關內務部公事，他直接向袁世凱報告，以表示他對唐的不滿。袁世凱還直接向一些部推薦人選，下達指示，而故意不經過唐紹儀。
不久，在向帝國主義六國銀行團借款的問題上，唐紹儀和袁世凱也發生了嚴重分歧。自清末以來，英、美、法、德四國銀行團（後來日、俄加入，即六國銀行團），企圖共同行動壟斷中國借款，以控制中國政府。唐紹儀組閣之初，財政困難竭蹶之狀，已達極點。唐奉袁世凱的命令，以籌備善後為名，向六國銀行團商洽借款。銀行團提出以監督中國財政為借款的必要條件，其辦法約分兩途：一為監督用款，一為監督遣散軍隊。唐紹儀以此項條件苛，遂嚴辭拒絕。同時，同盟會也堅決反對在苛刻的條件下借款。唐紹儀為了衝破銀行團的藩籬，乃於3月16日轉向比利時華比銀行借款一百萬磅（七百萬元）。此事觸怒銀行團。銀行團為了保持其對華借款的壟斷權，公然以停止貸款相要挾，駐北京外交團也提出抗議。袁世凱命令唐紹儀向銀行團道歉。銀行團進一步提出取消華比銀行借款合同，並且毫不放寬他們貸款的政治條件。這時，同盟會領導人反對向銀行團屈服。黃興在南京發起募集“國民捐”，以解決財政困難。唐紹儀考慮到同盟會的態度，於5月3日斷然拒絕了銀團的無理要求，因此引起帝國主義列強的惱怒。它們別有用心地說唐紹儀“不願借款告成”，“以致中國各界誤各國政見，竟有排外舉動”。③袁世凱認為唐紹儀嚴重地損害了他和列強之間的“友誼”，一面改派財政總長熊希齡和銀行團交涉，一面佈置逼唐下臺。
正在這時發生了王芝祥事件。本來王芝祥任直隸總督是唐紹儀組閣時與同盟會達成的口頭協議，並且得到袁世凱的同意。誰知袁的許諾，不過是權宜之計，目的是為了騙取同盟會答應讓唐紹儀組閣。袁視直隸為自己的發跡之地，絕對不肯讓給和自己素無關係的人，何況王芝祥是靠近同盟會的人。因此，當直隸省議會選舉王芝祥為都督呈請袁世凱任命時，直隸五路軍隊突然通電反對王芝祥。袁即以軍隊反對為藉口，改派王芝祥為南方軍隊宣慰使。唐紹儀表示不同意，他說政府不應該以軍隊反對的緣故失信於民。段祺瑞立刻反駁道：若軍隊暴動，誰負責？袁說除令王芝祥督直外，諸事皆可聽總理之命。並把未經唐紹儀簽名副署的委任狀交王芝祥，派赴南京辦理遣散軍隊，而任命馮國璋為直隸總督。
唐紹儀追隨袁世凱二十多年，熟悉他的毒辣手段，便於6月15日留下辭呈文，不經告別，跑到天津去了。唐之辭職，因憤於袁破壞副署制度，但其辭職書，卻以疾病為由，這仍是中國舊官場中以政治病辭職的作風。唐紹儀的出走，正中袁世凱下懷，他先後派總統府秘書長梁士詒、陸軍總長段祺瑞等人到天津去作了一番形式上的挽留以後，就轉入另組內閣的活動。
民國《臨時約法》規定參議院為最高機關，而國務院負實際責任，充所釋出之法律命令及