擊是巨大的，在他遇刺後不到兩個月，孫中山的中華革命黨就宣佈停止一切黨務活動，其實和解散沒什麼區別。不過，透過這件事，孫中山注意到了一個人，陳其美遇刺後，因為當時很多人認為是大總統袁世凱授意的，都怕被栽上亂黨的罪名，竟然一時無人敢去認屍，惟獨一個瘦削俊朗的小夥子趕了過去，撫屍大哭，並將屍體運回自己家中入殮，此人就是陳其美的結義兄弟蔣介石。以前，陳其美跟孫中山推薦過這個兄弟，孫中山知道他在日本學習過軍事，並且跟隨陳其美多年，有膽有識，此次陳其美遇刺顯示此人還有情有義，也就是從這時期，孫中山還是注意並逐漸重用蔣介石。
孫中山不是閒的住的人，沉澱反思是需要的，但沉澱與反思的目的是有朝一日東山再起。在1919年10月10日，蟄伏上海灘一年之後，中華革命黨停止活動三年之後，孫中山發出通告，將中華革命黨正式改組為中國國民黨，孫中山繼續任總理，規定：“從前所有中華革命黨總章及各支部通則，一律廢止；所有印章圖記，一律照本規約所定，改用中國國民黨名義，以昭統一。”國民黨之前再加上“中國”二字，以區別於民初的舊國民黨。*章第四條規定：“凡中華革命黨黨員，皆得為本黨黨員，以中華革命黨證書，領取本黨證書。”13日，原中華革命黨本部事務主任居正呈請任命中國國民黨各部主任，孫中山以總理身份當即批令委居正為總務主任，謝持為黨務主任，廖仲愷為財政主任。 中國國民黨以鞏固共和，實行三*義為宗旨。為廣泛吸收黨員，中國國民黨放棄了中華革命黨的秘密組織形式，轉為公開。同時，*章放寬了入黨條件，規定凡贊成黨的宗旨，經黨員兩人介紹，交納黨費10元者即可入黨；放棄了中華革命黨所規定的入黨須按指模，並宣誓服從孫中山個人等帶有幫會性質的苛刻條件，並大量吸收青年人黨。
這次的改組，實在是一次明智之舉，孫中山明白了一個道理，凝聚力不是靠宣誓效忠得來的。之所以選擇這這個時候高調出山，有一個原因，就是當初孫中山當大元帥時，曾經將一支四五千人的警察部隊，劃給陳炯明率領，出粵援閩，當時是希望能夠有一支獨立於桂系的、聽從自己號令的軍隊，這陳炯明是參加過黃花崗起義的老同盟會員，“武昌起義”後，他曾任宣佈獨立的廣東軍政府的代都督，應該說起步很早，但卻沒有宣誓效忠孫中山，去參加那個勞什子的中華革命黨，因此如果陳其美不死，這個位置恐怕輪不到他陳炯明。陳率隊出粵後，連戰連捷，迅速在閩南閩西建立了“護法根據地”，之後廣州軍政府四分五裂，陳炯明樂的在福建紮下根來，這支佔據福建的部隊就是後來的粵軍。
陳炯明這支粵軍的建立，孫中山出了很大的力，或者可以說這是一支孫中山建立起來的部隊，孫中山為了能夠實際控制這支部隊，派已經成為心腹的蔣介石前往粵軍擔任了總司令部作戰科主任，因蔣介石資歷尚淺，年紀又輕，所以對於粵軍決策起不到什麼作用，做起來也就有一搭沒一搭起來，後來乾脆就回到了上海。好在陳炯明一直奉孫中山為這支部隊的領袖，孫中山也會時不時的下個命令給個建議，儘管聽或不聽由陳炯明定奪，孫中山被迫離開大元帥的位置時，粵軍就留在了福建，自我發展，等待時機，這使得孫中山一直心存希望。
在孫中山蟄伏上海灘潛心著書立說的時候，陳炯明率領著粵軍艱苦的轉戰各處，人越打越多，實力越戰越強，竟然在閩南建立起了一個擁有26個縣的根據地，並自任為這個地區的軍政首腦，儼然已成一派軍閥，但陳炯明與其他行伍出身的軍閥不同，他是一個知識分子，是以“最優等生”成績畢業於廣東政法學堂的知識分子，在任廣東諮議局議員期間，先後提出《革除衙署積弊案》、《廢除就地正法案》、《籌辦城鎮鄉地方自治案》、《籌築惠湖鐵路案》、《禁絕一切賭博案》等多項提案，這一切都說明他不是一介武夫，事實上，陳炯明也確實和那些只知道擴充自己地盤的軍閥不同，他有自己的政治理想，從我現在掌握的資料來看，他是中國最早比較俄國（後來的蘇聯）社會主義政體和美國*政體的政治人物，在當時這兩個國家尚未顯現出高出其他國家一籌的實力，而陳炯明卻已經開始了對他們政體的研究，儘管很粗糙，但已是難能可貴了。他一方面為俄國十月革命的成功而歡欣鼓舞，甚至和列寧通訊表達自己的政治抱負，另一方面他又認為共和應該是全體人民參政議政，堅決反對某一階級專政，他一方面推崇社會主義，另一方面又認為按美國的聯邦制來統一中國更符合中國國情，也就是他一直所倡導的“聯省自治”，矛盾