、兩廣、直隸等總督，請求他們的援助，但都因為朝廷嚴旨禁止運糧械濟臺的政策限制而無功而返。就連當時對援臺最積極的張之洞，最後也在朝廷的嚴詰之下改變了態度，任劉永福在電報裡一再苦苦求助，最終還是愛莫能助。
下面試錄兩封劉永福當時致張之洞的求援告急電報，以見劉永福當時錐心刻苦的困窘心情：
八月十九日：“閩、粵餉無濟，臺南已無法可籌。民不許行，我公不救，兵民皆亂，福死何益？痛哭乞援，望切望速。……天地父母，只公一人，乞救福死，而拯民生。”
八月二十二日：“今餉械俱絕，民兵將亂，何以戰守？福死奚惜，恐屏藩一棄，各國狡然生心。天下仰我公一人，乞為大局計，痛哭流血，乞速設法救援，守走死生，望公一言為定。”
八月二十五日，張之洞覆電劉永福說：“朝廷不得已割臺，曾有旨召各官內渡，閣下自在其內。”意思是勸劉永福放棄臺灣，內渡回大陸。十月二日，劉永福派易順鼎從臺南回廈門商借兵械，張之洞答覆說：“臺事奉旨不準過問，濟臺餉械更迭奉嚴旨查禁，此時臺斷難救。且事必不能密，萬一洩漏，徒礙大局，朝廷必然震怒；且東洋必更加詰責要求，豈不所損更多？是欲為國家而反累及國家也。此事關係重大，務望權其輕重，速離廈門，免生枝節為要。”
易順鼎見事無可為，不禁長嘆一聲，道：“不意天子斷送臺灣如此之酷，全臺億萬生靈從此遂無生路，冤哉！”
當時臺灣僅存臺南地區，若不是劉永福在此坐鎮，臺南恐怕早已陷入敵手。但是，劉永福的黑旗軍當時處境是極其困難的。首先是糧餉匱乏。打仗要吃飯，要發餉銀，但臺南經濟並不發達，根本無法承受大規模戰爭所需要的物質供給，如果不是本地民眾的支援和將士們的理解，黑旗軍和義軍早已潰散；其次是槍械彈藥缺乏。黑旗軍和義軍的軍械全靠內地供給，而朝廷禁止濟臺糧械，這給他們抗擊日軍造成了極大的困難；三是兵力不足，儘管有民眾踴躍加入抗日力量，但和日軍的優勢兵力相比，差距實在太大了。
日軍佔領彰化後，在八月底即攻佔了臺中諸城，並開始進逼臺南。這時，樺山資紀給劉永福發來勸降書，勸告劉永福聽從清廷的旨意，放棄抵抗。要是他願意內渡的話，他將奏請日皇“待以將禮，送還清國；如部下將卒，亦當宥恕其罪，遣還原籍”。
劉永福接信後，復書樺山資紀並斥責日本“棄好崇仇，無端開釁”，表示黑旗軍要和臺灣共存亡，“守效死勿去之義，以守茲土，以保此民”。
日軍勸降不成，便決定加大進攻的力度，並從本土抽調了第二師團及其他部隊二萬多人增援。十月，日軍以四萬大軍分三路向臺南攻擊。十月九日，日軍進攻嘉義縣，駐守嘉義的黑旗軍猛將王德標派士兵埋設地雷直達日營，炸死炸傷不少日軍。日軍驚恐之下，用巨炮猛轟嘉義城牆，王德標被迫率部退守曾文溪。
曾文溪已經是臺南府城的最後一道防線了。
曾文溪位於臺南以北三十多里，溪的南岸有一長堤，高一丈多，北岸為沙地，此處的地勢有利於防守，劉永福打算在這裡率領黑旗軍進行最後的抗禦。當時黑旗軍和義軍的兵力幾乎全部在曾文溪集合，劉永福命總兵柏正材統率全軍，兼統王德標七星隊、徐驤、林義成、簡精華等義軍，總兵力大概四千餘人。
十月十九日凌晨，大批日軍開始向曾文溪前進。四千名黑旗軍和義軍嚴陣以待，雙方在此展開最後的殊死奮戰。但是，日軍在炮火上佔據了絕對優勢，在大炮的掩護下，日本步兵一步步接近黑旗軍的陣地。由於力量實在過於懸殊，黑旗軍和義軍的陣地相繼被攻克，將士們最後只能和敵人展開白刃戰，義軍統領徐驤率先鋒營與敵步戰，拚殺在前，不幸頭部中彈，血流滿面，仍舊躍起大呼：“丈夫為國死，可無憾”！但最終還是倒地不支，英勇殉國。
徐驤，字雲賢，祖籍廣東，臺灣苗栗人。徐驤為人剛毅，膽識過人，能文能武，十八歲中秀才後，在家鄉執教。日軍侵臺後，徐驤毅然投筆從戎，號召鄉人抗擊倭寇保衛家園，並組成義軍一營奔赴前敵。臺北失陷後，徐驤率義軍轉戰臺中臺南各地，每戰都身先土卒，出生入死。曾有人問：“眷屬何在？”徐驤答道：“有天道，臺灣不亡，吾眷可得也；臺灣亡，遑向家乎？”
國土不保，家園既失，何以家為？時人評價徐驤說：“蓬蓽下士，閭閻細民，而能提三尺劍奮袂以興，棄父母，捐頂踵，以為國家爭尺寸之土。若徐驤人者，尤可敬矣！”
由於實力