由於彰化城小，無險可守，旁邊的八卦山倒可以俯覽全城，守衛八卦山即為守衛全城。八卦山上建有炮臺，設定重炮一門、山炮一門及後裝炮二門，並有軍械、彈藥庫等，有利於防守。後來，日軍以六個中隊的兵力，將八卦山炮臺三面包圍，併發起了猛烈的衝鋒。守衛炮臺的將士們奮力抵抗，新苗軍首領吳湯興更是在槍林彈雨中來回指揮，最後不幸中彈，倒於血泊當中，英勇的犧牲在炮臺之巔。
吳湯興犧牲後，八卦山守軍傷亡殆盡，漸漸不支，且彈藥用盡，徐驤只得率餘部走後山突圍而去。督戰的吳彭年見八卦山豎起日旗，知道八卦山已陷敵手，便親率黑旗七星隊三百人前去奪回。但日軍居高臨下，在山上猛放排炮，黑旗七星隊傷亡慘重，吳彭年身中數彈，依舊奮力向前，最終犧牲於八卦山麓。
後有詩人作《哀季子歌》稱頌吳彭年：“巨炮雷轟力劈山，榴彈雨下響甸甸，身中數槍靡完體，據鞍轉戰莫敢攖。血濺衣襟溘然逝，凜凜面色猶如生。身中數彈靡完體，據鞍轉戰莫敢攖。人居世上誰無死？泰山鴻毛權重輕。”
吳彭年戰死疆場後，黑旗軍猛將王德標仍舊率部和日軍作殊死的戰鬥，儘管當時他已經身受多處創傷，但一直率部堅守不退，直到八卦山上火起，探哨報告說彰化城已經失陷，才被左右強行挾走撤退。
日軍攻下八卦山後，便氣勢洶洶的列隊入城。由於遭到當地抗日武裝的頑強打擊，日軍進城後立刻滿城搜尋，只要見到路上有人就槍擊，隨意殺人，以示報復。正如日本人自己承認的：“彰化城內，屍體到處可見。”據估計，在整個彰化城中被殺的中國人數以千計。
彰化的失陷，意味著臺北和臺中地區都落入日軍手中。攻下彰化的當日，北白川能久親王興致勃勃的登上八卦山炮臺，見臺灣府城一覽無餘，心中樂不可支，以為立刻揮師南進，一舉攻下劉永福黑旗軍所守衛的臺南，不過是小菜一碟，不費吹灰之力，想到這裡，北白川能久親王得意的賦詩一首，說“旭光將被臺南地，殲彼渠魁安萬生”（《帥師將向臺南有作》），其驕狂的樣子，實可謂是惟妙惟肖。
不過，北白川能久親王高興得太早了點。進入臺中後，日軍因患病和抗日民眾襲擊而導致的傷亡人數迅速增加，光在九月份，就有四千二百七十四人得了霍亂、痢疾、腳氣等各種亂七八糟的病，幾乎佔到整個近衛師團作戰人員的三分之一。
日本有文獻記載說：“彰城設野戰醫院，初止患者二百餘人，後數日疫症流行，忽千餘人。患者（多在）市內鋪戶，病人呻吟。至九月中旬，病勢益烈，師團中健者約五分之一。山根少將、中岡大佐、緒方參謀及其他將校多入鬼籍。行軍困難，於此可見一斑。”
“出征不歸，客死千里。待彼門者，煢煢無倚，涉彼岵者，瞻望長跂。痛恨深憾，哀莫窮已！”
日人自作的誄文，倒是引人幽思，發人傷感，但是，造成這一切苦難的，卻正是日本的對外侵略政策所導致。如果要算賬，還得算到日本那一小撮軍國主義分子的頭上。
中國人一貫以和為貴，以和為美，主張和合文化，而日本明治維新後，其實力的快速增長卻同時壯大一些人的侵略野心，並讓軍國主義思想在國內氾濫，由此導致了日本半個多世紀的對外侵略。回頭想想，這給亞洲人民（包括日本人在內）帶來了多大的痛苦！
6．5、黑旗軍和臺南保衛戰
唐景崧在臺北失陷逃回大陸後，臺南紳民###商議，決定公舉劉永福繼為臺灣民主國總統，但劉永福堅決不受。會後不久，臺南紳民又鑄了一顆臺灣民主國總統印送來，劉永福執意不收印，說，“大家的心情我可以理解，但送印大可不必，也不重要。我們最重要的事情是要想盡辦法打敗倭寇，保衛我們的身家性命和國土家園，決不能落到日本人手裡做牛馬。現在只要我們同心協力，大家有錢出錢，有力出力，到時我們的隊伍兵強馬壯，日本人又有什麼可怕的呢？”
在此之前，上海轉來兩江總督張之洞的來電說：“俄國已認臺自主，問黑旗尚在否？究竟能支援兩月否？似此外援已結，速宜將此事遍諭軍民，死守勿去，不日救兵即至也。”劉永福接到這封電報後，心情非常激動，認為局勢可能有所變化，後來還和臺南文武百餘人###並歃血同盟，發誓共保臺灣，並向民眾釋出告說救兵將至，臺南人民聽到後，一時間歡聲如雷。
但是，所謂的俄國干涉最後證明只是一廂情願，而內地一些督撫答應的救援也一直遲遲沒有兌現。劉永福曾多次派人回大陸拜見兩江、浙閩