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巨大勝利的後面，卻隱藏著重大的危機。外患剛去，內憂就很快浮出海面，問題就出在太平天國的領導體制上：太平天國本是一個天王加上東南西北翼五王，天王高高在上，東南西北四王都要受東王楊秀清的節制。但在1852年，南王馮雲山已死於衰衣渡一戰，而西王蕭朝貴也死於同年的長沙之戰。這樣，首義的最高領導層只剩下了天王洪秀全、東王楊秀清、北王韋昌輝和翼王石達開。
最矛盾的是天王和東王的關係。按太平天國的宗教理論，天王洪秀全是上帝次子，是上帝派來解救人間的最高代表，但東王楊秀清在舉義前會眾思想動搖的危急時候，和西王蕭朝貴聯手搞了“天父天兄”下凡的把戲，並得到洪秀全後來的追認。洪秀全也是不得不承認，要是揭穿的話，大家就都露餡了，楊秀清、蕭朝貴要不是什麼天父天兄，你洪秀全又算什麼上帝的次子！？
但在實踐上矛盾就出來了。東王楊秀清本應該在天王之下，但他時不時的可以“天父”下凡的名義，直接越過洪秀全給太平軍部眾發號施令。實事求是的說，東王楊秀清主持了太平天國早期的全面工作，取得的功績是有目共睹的，而洪天王則大都是高高掛起，虛君味十足。這種類似二元的體制帶到天京，天王通常都在天王府中深居不出，很少參與具體的軍政事務，只是醉心於搞搞宗教活動、寫寫打油詩，享受天王的快活日子。由此，楊秀清也權威日盛，日益驕橫，也起了篡位之心。
當時的東王府，窮極奢麗，內有妃妾數百，服務的都是些面容姣好、身材風流的江南美女，一點都不遜色於天王府。楊秀清經常晝夜淫佚，還造有龍車放在東王府裡，讓美女侍妾裸體拖曳，以此淫樂。楊秀清小時候窮怕了，一旦發跡，當然要像暴發戶一樣大講排場。他坐的轎子，需要三十二個人抬，轎子裡還有兩個小童服侍，連轎伕都穿著華麗的衣服，派頭大得很。每次出門，楊秀清的隊伍前必打著繡有青白二巨龍的旗仗，鼓樂齊奏，扈從千人，一副煞有介事的樣子。
楊秀清有自己的一套行政班子，太平天國的早期大政方針都出自東王府，弄到後來大家都惟東王命令是從。楊秀清既然大權在握，不但視洪秀全如無物，對韋昌輝、石達開、秦日綱（後來封的燕王）等老兄弟也是頤指氣使，盛氣凌人。
韋昌輝等人為求自保，只好對楊秀清曲意奉承。據說楊秀清縱慾過度，“久乃不能入”，韋昌輝為楊秀清四方發榜求醫，以此來討好楊秀清。更有甚者，韋昌輝的哥哥因得罪楊秀清而被五馬分屍，連韋昌輝自己也被楊秀清打過數百大板，以至於站不起來，但當時也只能隱忍不發！
但危險依然存在。自從西王蕭朝貴去見上帝后，太平天國裡只有楊秀清可以合法通神，所以每當楊秀清要表演他“保留節目”的時候，大家都非常緊張，跪伏屏息，汗不敢出，生怕東王借“天父”發怒為名，把自己的小命枉送。洪秀全的二哥洪仁達，就因小事被楊秀清借“天父”名義給捆了差點打殺。而北王韋昌輝、翼王石達開等人知道楊秀清忌諱他們，更是謹慎有加，心存畏懼。
甚至連高貴莊嚴的天王洪秀全，也屢次被楊秀清責罰。據《賊情匯篡》上說，太平軍中別男女，普通士兵見不到女人，但洪秀全卻妻妾成群，軍中有人憋不住，夜間偷窺了洪天王和妃子們行男女之事，不巧被更衣的妃子發覺，洪天王大怒，將此人綁了要殺頭。楊秀清對此很不以為然，於是他咣噹一聲倒地，搖身一變，再次“天父”下凡訓斥洪秀全：“爾與兄弟打江山，殺人大事，何不與四弟（即楊秀清）商議！此須重罰！”
重罰就是要打洪秀全屁股。洪天王有苦說不出，只能跪下認罰。幸好有其他兄弟求情說願意替天王受罰，楊秀清才見好就收，免此一打。
打破江南江北大營後，楊秀清更是野心膨脹，想趁勢迫使洪秀全禪位。關於楊秀清想篡位的故事，版本很多，大同小異，一般都是說楊秀清假稱“天父下凡”，說四弟楊秀清如此大的功勞，怎麼才九千歲啊？洪秀全驚恐之下，慌忙說應該是萬歲。“天父”又說，那東王世子呢，洪秀全趕忙說，也是萬歲，世代都是萬歲！楊秀清很滿意，說，我做萬歲，你做萬萬歲！
下面姑且錄清人羅惇曧的《太平天國戰記》裡記載的另一個版本，供參考。
楊秀清在圖謀篡位前，已經做了輿論準備，在科