了一場叛亂，這可能是由葡萄牙奸細煽動起來的，因為葡萄牙激烈反對這種對它在東方的優勢的挑戰。麥哲倫設法鎮壓了叛亂，處死了反叛首領；至10月，抵達如今刻著他名字的海峽。大海洶湧澎湃，他足足花了一個多月才越海駛入太平洋。其間，一艘船失事，另一艘船被遺棄，他率領剩下的三艘船沿智利海岸向上方航行，至南緯15 o處時折向西北。
後面80天中僅見到兩座杳無人跡的荒島。一名船員生動地敘述了這數月間忍受的苦難。
我們所吃的餅乾不再能稱為食物，它們只不過是些粉末和吞噬了餅乾的蛆蟲，而且，粉末浸透了耗子撒的尿，散發著叫人無法忍受的臭氣。我們不得不喝的水是同樣惡臭、令人作嘔。為了不餓死，我們甚至被逼得吃一張張皮革，這些皮革是遮蓋大桅下桁、防止其磨損繩索用的。它們經常受水浸、日曬、風吹，變得非常堅硬，得先在海里泡上四、五天才能變軟；我們將它們泡軟後就煮來吃。實際上，我們常不得不靠吃木屑過活，就連耗子這種極叫人憎惡的食物，大家都貪婪地尋找，一個耗子能賣得半個達卡金幣。
苦難不止於此，我們最大的不幸是正遭到疾病“壞血病”的侵襲；得病後，牙床腫得老大，把上下領牙齒都包藏起來，使病人無法咀嚼食物。我們有19個夥伴死於這種疾病。……除開已死去的人，我們還有25至30個水手患病，他們的胳膊、腿和身體其他部位都遭受著可怕的痛苦。……
3月6日，他們駛抵一座島嶼，可能是關島，他們在那裡得到了糧食。同月16日，他們到達菲律賓，麥哲倫和手下40名船員在當地一次戰鬥中被殺。殘存的西班牙人靠當地領港員的幫助，航行到婆羅洲，再從那裡抵達他們的目的地摩鹿加群島即香料群島，他們最後抵達香料群島的時間是在1520年11月。葡萄牙人那時已在那裡，他們毫不遲疑地進攻剩下的兩艘西班牙船（還有一艘船已被離棄在菲律賓）。儘管遇到所有的障礙，西班牙人仍能獲得丁香貨物，然後，取道不同的航路啟航回國。試圖重越太平洋的一艘船因遇逆風而折回，被葡萄牙人捕獲。另一艘船則成功地完成了一飲令人難以置信的航行；它先穿過望加錫海峽、越過印度洋，然後繞過好望角，沿非洲西岸向上方駛去。1522年9月3日，這最後一艘倖存的船——船體嚴重漏水、船員已大批死亡的“維多利亞號”，緩慢費力地駛入塞維利亞港。不過，這一船香料貨物的價值足以支付整個遠征隊的費用。
西班牙人又派出一支遠征隊，它於1524年到達香料群島。但是，這次遠征是一次慘敗，因為葡萄牙人已在那裡站穩腳跟，向他們挑戰已無利可圖。此外，西班牙國王當時正同法國交戰，亟需金錢作軍費。因此，1529年，西班牙國王同葡萄牙籤訂薩拉戈薩條約。透過這一條約，他放棄了對香料群島的全部要求，並接受在香料群島以東 15 。處劃定的分界線；作為回報，他得到35萬個達卡金幣。這一條約標誌著地理大發現史上一個重要章節的結束。葡萄牙人對香料群島的控制一直持續到1605年該群島丟失到荷蘭人手中之時，而西班牙人則繼續對菲律賓群島感興趣並最後於1571年征服它們，儘管該群島位於薩拉戈薩條約規定的分界線以東。不過，在這之前很久，西班牙已將注意力轉向美洲大陸，因為在那裡發現了其價值和東方的香料不相上下的大筆財富。
五、征服者時期
1519年是麥哲倫離開塞維利亞、開始著名的環球航行的一年，也是埃爾南多·科爾特斯離開古巴、發動對阿茲特克帝國的同樣著名的遠征的一年。科爾特斯在遠征中，迎來了所謂的征服者時期。從1500至1520年這前20年，已是探險者時期；那時，許多航海者打著各種旗幟探查整個南北美洲的東西兩側，以尋找通路。在隨後的30年代，數千名西班牙冒險家贏得了第一個龐大的歐洲海外帝國。
這些冒險家當為伊比利亞征伐傳統的產物。他們成群結隊地湧到美洲是希望發財，就象留在歐洲的冒險家受僱於外國統治者或去與穆斯林土耳其人或阿拉伯人作鬥爭，也是期待發財一樣。這樣的人不會成為西班牙在西印度群島中的屬島的理想移民。他們太驕傲、太不安定，不適宜做持久的工作。他們互相爭吵，虐待印第安人，並老想去尋找經常聽說到的金礦。然而，恰恰是這些令他們與定居社會格格不入的品質，使他們能在侵佔由美洲印第安人發展起來的兩大文明中心方面立下驚人的功績。
埃爾南多·科爾特斯就是這些運氣頗好的戰士中的一個。他出身於貴族家庭，