錄了一部分。當他們向政府要求向社會公開這些資料的時候，圖書館立即停止了這類資料的查閱。《井本日記》被封鎖了起來，成了任何人都看不到的秘密檔案。因為多次和政府交涉未果，1993年12月吉見義明將手抄的部分《井本日記》在《朝日新聞》發表。
從20世紀50年代後半期開始，日本政府將舊日本軍的資料向一般民眾公開，資料被收集於防衛廳防衛研究所戰史部，可以查閱。但是到了1982年12月，防衛廳防衛研究所突然制定了《有關戰史資料一般公開的內部規定》。這份內部規定規定了四種情況不能公開：①有保護隱私的必要的；②損害國家利益的；③可能會引起社會不良反映的；④其他不適合公開發表的。而符合這四條被剔除的是：“對外國人（包括俘虜）的虐待”、“掠奪及殘殺等”、“毒氣的使用”、“有關細菌武器實驗的報告和記錄”、“引起細菌武器使用懷疑的材料”。於是日本防衛研究所戰史部將有關731部隊及細菌戰的資料進行了審查，進行了全部封閉。
1998年5月25日，細菌戰訴訟第二次開庭，王選和律師向法庭提出申請：對記錄細菌戰的《井本日記》進行證據保全。第四次開庭時，王選再次書面提出《井本日記》原件的保全請求。被告日本政府立即向法庭申明：《井本日記》是個人的筆記，從保護個人私生活的觀點來說，不能提交。於是關於《井本日記》的爭奪貫穿了細菌戰訴訟一審的整個過程。
當得知井本還活在世上，1998年7月一瀨敬一郞和森正孝特地到井本的家裡對已經95歲的井本進行了訪問。井本雄男神志清醒，對當年的事記得很清楚。井本是能夠找到並還活在世上少有的知道高階機密的歷史見證人。以他當年所承擔的職務來說，井本清楚細菌戰攻擊中國的所有情況，只要井本成為細菌戰訴訟的證人，歷史的疑團就不難解開。
一瀨敬一郞帶著錄音機，錄下了這次見面井本所說的每一句話。井本答應將自己的日記提交給法庭的要求，但最後提出要“給政府方面的律師看日誌後，才可以提交”。
然而在和日本政府方面的代表談過之後，事情大變。《井本日記》的提交遭到了阻撓。
《井本日記》是日本政府拼死都要護住的秘密，因為這是一份不小心暴露了的、無論如何都不能抹殺的證據。
在第四次開庭時，日本政府的代表說：“《井本日記》是筆記本形式，即是個人筆記，從保護個人隱私的觀點來說，不能提交。”並撒謊說：“井本先生本人也以保護私生活為理由，拒絕提交。”
王選和辯護律師據理力爭：“《井本日記》是總參謀部人員的業務日誌，是公文，而正因為是公文才至今還保管在防衛廳，併到1995年才因為戰爭研究及學術研究而公開。不僅僅只有一本《井本日記》。1986年美國下院的公聽會上，美國陸軍檔案管理部長哈契作證：美國已經將731相關檔案於20世紀50年代末到60年代初裝箱返還給了日本。這些材料何在？日本政府為什麼不公開？”
中國細菌戰原告們向日本法庭遞交訴狀提出訴訟要求，這在日本社會引起很大震動。細菌戰訴訟團乘勢委託日本參議院議員慄原君子質詢日本首相橋本龍太郞。1997年12月17日，參議院預算委員會上慄原君子議員問：“美國歸還的資料現在儲存在哪裡？我的調查是，這部分材料最初放在外務省復原局，後來轉到防衛廳，現在它們在哪裡？”
防衛廳防衛局局長佐藤的回答是：“昭和33年，接受了美國扣押的舊日軍的資料，約有4萬份資料儲存了下來。我們認為其中不存在表明731部隊活動狀況、該部隊與細菌戰有關聯的資料。”
慄原君子要求防衛廳公開當年移交時的清單，但佐藤卻回答：“不知是否有這份清單。”從而拒絕了慄原議員的要求。
1998年4月，細菌戰訴訟團為了《井本日記》能夠成為法庭的證據而積極努力。如果此事能夠成功，將是一個標誌性事件：被日本政府封鎖得如鐵桶般的有關細菌戰的資料公開面世。
1998年4月2日，受細菌戰訴訟團委託，日本參議院總務委員會上慄原議員再次質詢內閣官房長官村岡、防衛廳防衛局防衛政策課課長大古、外務省亞洲局參事官藪中、厚生省社會援護局業務課課長竹之下。日本《時報》1998年5月25日26版刊登了質詢原文，標題是《日本國會圍繞日軍731部隊的一場論戰 慄原君子舌戰官房長官》。
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就一本日記展開的較