萬曆倒也不笨，他也不說不讀書，只是強調人如果天資聰明，不讀書也行。申時行馬上反駁，說即使人再聰明，如果沒有人教導，也是不能成才的。
就這樣，兩位仁兄從繼承人問題到教育問題，你來我往，互不相讓，鬧到最後，萬曆煩了：
“我都知道了，先生你回去吧！”
話說到這個份上，也只好回去了，申時行離開了宮殿，向自己家走去。
然而當他剛剛踏出宮門的時候，卻聽到了身後急促的腳步聲。
申時行轉身，看見了一個太監，他帶來了皇帝的諭令：
“先不要走，我已經叫皇長子來了，先生你見一見吧。”
十幾年後，當申時行在家撰寫回憶錄的時候，曾無數次提及這個不可思議的場景以及此後那奇特的一幕，終其一生，他也未能猜透萬曆的企圖。
申時行不敢怠慢，即刻回到了宮中，在那裡，他看見了萬曆和他的兩個兒子，皇長子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但給他留下最深刻印象的，卻並非這兩個皇子，而是此時萬曆的表情。沒有憤怒，沒有狡黠，只有安詳與平和。
他指著皇長子，對申時行說：
“皇長子已經長大了，只是身體還有些弱。”
然後他又指著皇三子，說道：
“皇三子已經五歲了。”
接下來的，是一片沉默。
萬曆平靜地看著申時行，一言不發。此時的他，不是一個酒色財氣的昏庸之輩，不是一個暴跳如雷的使氣之徒。
他是一個父親，一個看著子女不斷成長，無比欣慰的父親。
申時行知道機會來了，於是他打破了沉默：
“皇長子年紀已經大了，應該出閣讀書。”
萬曆的心意似乎仍未改變：
“我已經指派內侍教他讀書。”
事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在東宮的時候，才六歲，就已經讀書了。皇長子此刻讀書，已經晚了！”
萬曆的回答並不憤怒卻讓人哭笑不得：
“我五歲就已能讀書！”
申時行知道，在他的一生中，可能再也找不到一個更好的機會，去勸服萬曆，於是他做出了一個驚人的舉動。
他上前幾步，未經許可，便徑自走到了皇長子的面前，端詳片刻，對萬曆由衷地說道：
“皇長子儀表非凡，必成大器，這是皇上的福分啊，希望陛下能夠早定大計，朝廷幸甚！國家幸甚！”
萬曆十八年正月初一日，在憤怒、溝通、爭執後，萬曆終於第一次露出了笑容。
萬曆微笑地點點頭，對申時行說道：
“這個我自然知道，其實鄭貴妃也勸過我早立長子，以免外人猜疑，我沒有嫡子，冊立長子是遲早的事情啊。”
這句和緩的話，讓申時行感到了溫暖，兒子出來了，好話也說了，雖然也講幾句什麼鄭貴妃支援，沒有嫡子之類的屁話，但終究是表了態。
形勢大好，然而接下來，申時行卻一言不發，行禮之後便退出了大殿。
這正是他絕頂聰明之處，點到即止，見好就收，今天先定調，後面慢慢來。
但他無論如何也想不到，這次和諧的對話，不但史無前例，而且後無來者。“爭國本”事件的嚴重性，將遠遠超出他的預料，因為決定此事最終走向的，既不是萬曆，也不會是他。
談話結束後，申時行回到了家中，開始滿懷希望地等待萬曆的聖諭，安排皇長子出閣讀書。
可是一天天過去了，希望變成了失望。到了月底，他也坐不住了，隨即上疏，詢問皇長子出閣讀書的日期。這意思是說，當初咱倆談好的事，你得守信用，給個準信。
但是萬曆似乎突然失憶，啥反應都沒有，申時行等了幾天，一句話都沒有等到。
既然如此，那就另出新招，幾天後，內閣大學士王錫爵上書：
“陛下，其實我們不求您立刻冊立太子，只是現在皇長子九歲，皇三子已五歲，應該出閣讀書。”
不說立太子，只說要讀書，而且還把皇三子一起拉上，由此而見，王錫爵也是個老狐狸。
萬曆那邊卻似乎是人死絕了，一點訊息也沒有，王錫爵等了兩個月，石沉大海。
到了四月，包括申時行在內，大家都忍無可忍了，內閣四名大學士聯名上疏，要求冊立太子。
嚐到甜頭的萬曆故伎重演：