然位居極貴，但她決不忘記貧賤時和戰爭年代養成的好習慣。對妃嬪宮人的子女，她卻一點也不小器，都派給了豐厚的生活待遇；對宮中下人她也關心備致，常送些衣物食品，以示體恤；每逢文武官員夫人入朝，她都不忘了送些禮品，並與她們寒喧交談，就象對待家人。這樣一來，宮廷內外的人對馬皇后都十分尊敬。明太祖也盛讚她道：“賢后可與當年唐太宗的長孫皇后相比，毫不遜色！”馬皇后回答說：“妾聞夫婦相保易，君臣相保難，陛下不忘同貧賤的妾身，願也勿忘同艱難的群臣。妾只求無愧於心，哪裡敢與賢德的長孫皇后相比呀！”她不但自己謙和崇賢，而且時時不忘提醒大功告成的皇夫，真不愧為一個精心佐夫治國的好皇后。
馬皇后深知忠臣賢士對朝廷的重要性，因而十分注意以一個女性的細心來關心他們。每日早朝議事，若事情較多就常常要延續至晌午，這時奏事官吏按慣例就在殿廷上用午餐。一天，馬皇后命宦官取來奏事官吏午餐的菜餚品嚐，她覺得味道欠佳，隨即嚮明太祖建議：“人主奉宜薄，而養賢宜厚，否則怎能籠絡賢德之士！”明太祖深以為然，就下令管理膳食的光祿寺卿改善官員們工作午餐的品質。雖是一樁小事，卻使官員們十分感激馬皇后對他們的重視和關心，當然也就更加盡力於朝廷。
一次，明太祖巡視太學回官後，馬皇后關切地問：“太學有多少生徒？”太祖說有數千。馬皇后又問道：“人才可謂眾多，可他們有朝延供給食用，而他們的妻子兒女誰來供養呢？”大學生是朝廷培養的一批有才之士，他們在太學中學習期間，一應生活用度均由朝廷供給，但沒有另外的俸銀，他們的家人由誰供養，這問題過去倒是沒有哪個朝廷顧及過。經由馬皇后一提起，也引起了明太祖的重視，於是詔令特設“紅板倉”，貯積糧食，賜給文學生家屬，太學生從此無後顧之憂，一心治學，成為日後的棟樑之材。
馬皇后不但有賢德，而且有才能，她廣讀經史，學問淵博，太祖所有的札記，都由她親自執筆記下。每當太祖有所感慨和言論，她都仔細地記錄下來，無論事態如何複雜，均能排布得條理分明，毫無疏漏之處。
明太祖為了報答馬皇后的美德與佐治之功，數次提議賜予皇后族人以高官厚祿，馬皇后總是堅決謝絕，她說：“外戚干政，易亂朝綱，官職恩賜外家，實非遵法！”因此，明代外戚雖然也享受高爵厚賜，但一般不授以高職，嚴禁干預政事，這規矩就是馬皇后訂下來的。
鑑於漢、唐兩代的禍亂，多由宦官參政而引起，善於以史為鏡的馬皇后特別在這方面給明太祖出了主意。因此，明朝廷嚴格規定，內臣不得兼任外臣文武官職，不得著外臣冠服，不得與外廷諸司有文書往來，並在宮門前豎下鐵牌，上寫著：“內臣不得干預政事，犯者斬！”如此一來，杜絕了宦官亂政之弊。
明太祖朱元璋起於貧賤，生世坎坷，因而，表面上雖然睿智英明，豁達神武，但骨子裡卻藏著猜忌和苛刻。幸而身旁有一個仁慈寬厚的馬皇后，常常遇事勸諫，減少了不少刑戮，挽救了無數的無辜受疑者，赦免大學士宋謙就是一個典型。
宋謙是元末明初的著明文人學士，明代開國時的許多典章制度、禮樂刑政文典都是出自他的手筆，被明太祖尊稱為“開國文臣之首”。他曾經輔佐明太祖十九年，於洪武十年，也就是他六十八歲時告者還鄉，回到青蘿山中隱居。
三年以後，朝中大臣胡惟庸因圖謀不軌被誅，宋謙的孫子宋慎因與胡惟庸關係密切而受株連被殺，宋謙因曾經教授胡惟庸經書也遭到明太祖的懷疑，七十二歲高齡的他被逮捕押到京城，命在旦夕。馬皇后聞訊後，向太祖進言道：“宋先生曾經講學宮中，一字為師，終身不移。民家為子延師，尚以禮全終始，何況天子呢？況且他隱居青蘿山中，還能有什麼施展？”太祖自負地說：“這個你不知道，此老兒不甘寂寞，雖隱居青蘿山，但四方前去求教者絡繹不絕，受業者遍及天下，倘有異志，如何得了！”他拒絕了馬皇后的說情，馬皇后沉默不語。
第二天，馬皇后侍奉太祖午膳，擺出的全是素食，不見酒肉，太祖問是何故，馬皇后垂淚答稱：“妾為宋先生作福事啊！”明太祖不由得側然心動，於是赦令宋廉不死，而流放茂州。
馬皇后的仁慈不但保護了重臣，同時也蔭及了平民百姓。吳興有一鉅富叫沈萬三，據說他家有一個奇妙的“聚寶盆”，能呼金喚銀，因而家中金銀堆積如山，沈萬三性情豪爽浮躁，很喜歡顯示自家的財力。在明朝開國之初修築京城城牆時，他主動要求替朝廷分擔一半的工程，因當