進抵濟南的同時，朱由哲下達了一系列撤退命令。
放棄聊城，王燮所部撤向曹縣，拱衛開封和睢陽。
兗州留下少許部隊，大軍撤向臨沂，以青州的群山為阻礙，建立穩固防線。
增強泰安的防守力量，除秦翼明防守堯山，新軍前往蓬萊和水師一起訓練外，其他各路明軍都向泰安方向匯聚。
兗州棄置，徐州也無力防守，張名振率部撤離徐州，與北上來援的黃得功在淮安處相聚。
這使路振飛處實力大大增強，整個江淮防線遠比以前穩固許多。
但如此一來，山東大部，乃至江蘇一部都被清軍所得。
而明軍十多萬大軍被困在青州之東，向南的陸上通道完全斷絕，只能依靠貧瘠的登萊二州，或者海路運輸給養。
朱由哲知道下達這些旨意可能會產生的後果，但他必須這麼做。矢地存人，才會在將來有機會反敗為勝。
這些旨意下達的同時，朱由哲開始新一輪的振奮士氣。
他下令，將所有清軍俘虜全部斬首，一個不留。
而原因就是他們在山東所作所為罄竹難書，沒有資格謀求饒恕。
歸附清軍的漢卒，凡是在清軍那裡為官為將者，無論官職大小，全部斬首。曾經為盜賊者，無論是否為官，也一律斬首。
而其中，像圖爾格，孫之獬，韓九江這些比較特殊的，朱由哲讓他們體驗了活剮之刑。
只是劊子手不是專業的，挨多少刀全看他們自己有多能熬。
接著，朱由哲派人將這些人頭，有數萬之多，全部送去了南京，並要求當眾，當街展示。
而阿濟格的人頭待遇更足，傳閱每一個南方州縣，務必要所有人知道，阿濟格被我崇禎皇帝弄死了。