付勞力和娼妓的費用。海洛因香菸甚至提供給小至10歲的孩子。金陵大學歷史系教授邁納·瑟爾·貝茨根據其研究下結論道：南京地區約5萬人使用海洛因，佔當時人口的八分之一。
很多被蹂躪的南京居民成了麻醉的犧牲品，因為毒品是他們用以逃避現實的手段，那怕只是暫時地逃避他們生活中的苦難。有些人甚至試圖利用鴉片自殺，把它當毒藥大量吞服。其他一些人則為滿足毒癮而走向犯罪，以致掠盜之風席捲南京。日本人利用犯罪活動猖獗來證明其佔領的正當性，鼓吹日本帝國法律和秩序的必要。
日本僱主對待很多當地中國勞工還不如奴隸，常因稍有冒犯就殺害他們。後來，倖存者斷言日本人蓄意製造嚴酷的工作環境和實施變化無常的懲罰，是為了使中國僱員處於持久的恐怖狀態中。一個在日本人佔據的工廠中做工的中國人描述了幾個月中在那裡親眼目睹的恐怖事件。日本監工冤枉一個僱員偷了他的毛線衫，結果把那個工人從腳至咽喉用繩索捆得幾乎像個木乃伊，然後用一堆磚頭砸死。砸到最後，那人的身體全變了形，肉和骨頭纏繞在一起，作為食物扔給了狗。另一次，日本人發現工廠裡的4個小墊肩不見了並發現它們用來作了廁紙，一個22歲的婦女承認那天用過廁所，便被拖到工廠後面砍了頭。就在那天下午，這個日本劊子手又殺了一名他指控偷了一雙拖鞋的十幾歲的少年。
日本人甚至用南京人做醫學試驗。1939年4月，他們在城裡開設了一個機構，把人當作豚鼠來進行他們的研究，日本人把用作實驗的人叫作“圓木”。——在離長江只有很短一段距離的中山東路，日本人把一所六層樓的中國醫院改建成研究流行病的實驗室，他們稱之為“榮1644部隊”。雖然這個實驗室靠近一個軍用機場、一個藝妓區、電影院和顯眼的日本人中心，例如日本領事館、軍警處及侵華派遣軍最高統帥的指揮部，它仍然是嚴密警戒之下的機密。院子周圍是高高的磚牆，上面有帶剌的鐵絲網，實驗室有警衛巡邏，工作人員被命令絕不允許在寫回日本的信中提到榮1644。裡面的科學家給中國俘虜注射或餵食各種各樣的毒藥、細菌和致人死命的氣體；這些物質包括丙酮、硝酸鹽氰化物、亞硝酸鹽氰化物和蛇毒，比如眼鏡蛇、竹葉青蛇的毒液。日本科學家以這種方式每週殺死10個或更多的中國人，並用榮1644的焚化爐處置他們的屍體。
1945年8月日本投降時，榮1644的職員毀了他們的儀器和資料，炸了實驗室，並在中國部隊到達南京之前逃跑了。我們知道這個秘密實驗室的情況僅僅因為那個部隊的一些科學家在戰後向美國審問者供認了他們的活動。
那些足夠幸運逃脫了肉體折磨、日本人的醫學試驗和毒品誘惑的南京人，生活在軍隊恐嚇的令人室息的環境中。日本當局設計了一種集體控制的方法，即用金字塔式的等級制度把人們組織起來。命令每十戶指定一個頭目，命令每十個這樣的頭目指定另一個頭目，以此類推。在這個系統下，要求每一個南京人都持有登記卡，那上面有其十人，百人、幹人頭目簽字證明其對新政權的忠誠。還要求每個人報告來到其戶裡的任何生人或未登記的人，他向十戶頭目報告，後者再向自己的直接領導者報告，如此逐級上報，直至訊息到達市政府的區級官員。
這不是日本人的發明，而是傳統的中國製度，叫作保甲制。無疑，日本人重新利用它來證明他們在南京的統治的合法性。
日本人經常檢驗這一保甲制度，有時釋放沒有通行證的人進城，看看他們是否能找到藏身之地。如果這些人沒有在兩個小時內被抓到或被告發，他們藏身地區的小組頭目們會受到嚴厲的懲罰。委員會成員艾伯特·斯圖爾特在他1939年的日記中寫道：“這就是日本人維護人們對新政權的忠誠的方式。”
儘管經過戰爭、烈火和大屠殺，南京還是恢復了。令人恐懼的饑荒沒有發生，不僅僅因為日本人最終允許食物運進城，也因為當地農民在日本部隊離開南京去追剿內地的中國軍隊之後收穫了冬小麥。在一年的時間裡，富饒的長江三角洲地區大多數農業產量接近戰前水平。這並不是說在日本佔領時期南京沒有食物匱乏之患。在城裡，菜園和農田的收成都不好，因為日本人不僅搶走他們的蔬菜，還強迫農民開荒和把農產品運送給日本人享用。而且由於戰爭拖延，在南京的日本當局緊縮供應，嚴格控制必需品如煤和米的配給。不過沒有證據表明南京的饑荒和營養不良比中國其他地區嚴重。其他城市如國民政府的新首都重慶在戰爭期間食物缺乏比南京嚴重得多。