雖然在日本人的統治下鴉片和海洛因的販賣猖獗，但南京居民相對少病。佔領之後城裡的日本當局制定了嚴厲的政策，焚燒因病而亡者的屍體。他們還開始實行一項強制性的防疫計劃，預防霍亂和傷寒，要求人們一年注射數次疫苗。中國衛生官員守候在街道和火車站給行人和進入這座城市的人注射疫苗。這在市民中引起了極大的不滿，很多人害怕那些針會使他們喪命。西方傳教士的孩子們仍然記得在火車站進入南京的中國人被命令浸泡消毒水——很多人認為這個要求很汙辱人。（進入這個城市的西方人經常被噴灑來蘇水。）
幾年之內南京便從廢墟中站了起來。1938年春天，人們開始冒險回到這個城市。有些人回來檢視損失情況，有些人回來找工作，因為他們的錢已經花完，還有一些人看看情況是否足夠安全，能把他們全家迂迴。南京重建開始時，對勞動力的需求增長，很快地便把更多的人吸引回來，不久之後他們的妻子和孩子就參加到向南京遷移的人流中。在一年半的時間裡人口翻了一番，從1938年3月的25萬一30萬人增至1939年12月的57。6萬人以上。雖然尚未達到這個城市在1936年的100萬人口的水平。到了1942年人口達到了最高點約70萬，並在戰爭持續期間穩定在這一水