毀安全區內的區域。安全區的領導們無法將火撲滅因為他們的水泵和滅火器材都已被日本人偷走。在南京暴行的最初幾個星期結束時，日軍已將整個城市的三分之一和所有商店的四分之三燒成了灰燼。
他們焚燬了俄國（指前蘇聯。——譯註）公使館，汙辱美國使館。洗劫了幾乎所有外國人的寓所——即使它們帶有明顯的標誌，插有國旗或有徽章。日本人對美國的財產特意汙辱，他們6次扯下懸掛在金陵大學的美國國旗並踐踏它，威脅說誰膽敢再把旗子掛起來就殺了誰。儘管納粹與日本政府是同盟關係，德國財產的命運卻幾乎與美國的一樣糟。日本人扯下納粹旗幟，焚燒德國人的住所、店鋪，甚至偷走希特勒和興登堡的畫像。一個德國人寫道：“考慮到日本人對其天皇畫像的崇拜”，這是一個“值得注意”的行動。日本人對南京的劫掠遠遠超出了城區，日本人破壞了南京周圍的農村，燒燬茅草房，將傢俱、工具和農具集中到磚房，以便所有的東西一起燒成灰燼，他們就這樣燒燬整個村莊。城市附近地區所有的牲畜包括家畜和其他畜類均被搶光。
日本人還使用乙炔吹管、槍彈和手榴彈炸開銀行的保管庫，包括德國官員和居民的個人保險儲存箱。士兵得到允許可以郵寄他們的部分戰利品回日本，但是大部分物品被沒收和集中供官員使用。倉庫裡迅速堆滿了珍稀的玉器和瓷器、地毯和繪畫及金銀珍寶。有一間倉庫就堆放了200多架鋼琴。@12月底，日本人開始將掠奪來的物品——珠寶、藝術品、傢俱、金屬製品、古玩——堆放在碼頭準備運回日本。
日本強盜通常搜尋值錢的東西。他們垂誕外國人的汽車，這使委員會的成員相信，城裡的汽車如果沒有外國人坐在裡面都會被軍隊弄走。（連用來運屍體的卡車也被偷。）不過，日本人也侵入金陵大學醫院去搶一些小物品——護士的鋼筆、手電筒和手錶，還多次闖入安全區，從無家可歸的人那裡搶被褥、炊具和食物。一份德國人的報告記錄，12月15日，日本人曾強迫5，000難民排成隊以便他們搶劫，日本人從那些難民身上總共搶了180美元。喬治·菲奇寫道：“甚至一把骯髒的米也被日本兵搶走”。“如有任何抱怨，必死無疑”。
1938年1月，除了軍方的一家商店和國際委員會的米店外，南京沒有一家商店正式營業。港口幾乎沒有船隻。城市的大部分地區斷電、停水、電話不通，因為日本人捕殺了當地電力廠約50名僱員。（沒有自來水，洗澡困難，而大多數婦女寧願不洗澡，希望她們沒有清洗的身體，能夠驅除日本人強姦她們的念頭。）
城市慢慢地恢復生機。在南京城到處可見人們在房屋中仔細搜尋一一拆下地板和木窗框當劈柴，運走金屬和磚塊去修復他們自己的家或在街上向其他人出售。安全區內的上海路上密集的人群擁在數百個小攤販前面，那些小販在出售你所能想象的各種贓物，包括門窗。這一活動推動了當地的經濟，路邊贓物商人的旁邊又冒出了許多新的茶館和飯店。
1938年1月1日，日本人成立了新的市政府，南京自治委員會——或城裡一些西方人所稱呼的“自治政府”。自治委員會配備的是中國的傀儡官員，他們控制市政管理、福利、財政、警察、商業和交通。到了春天，從表面上看南京又開始像正常城市般運作。自來水、電燈和每日郵政服務都恢復了。日本人的城市公共汽車開始運營，人力車出現在大街上，人們可以乘火車從南京到上海。南京很快成為日本人繁忙的航運中心，每日從南京運送諸如機車、馬匹、槍炮、卡車和其他物資到鄰近的浦口。
然而：野蠻侵佔的跡象隨處可見。中國商人忍受沉重的稅款和租金勒索以提供資金支付新當權者的薪水。日本軍賀還開辦了面向中國人的商店，這種商店榨盡這座城市中國人的黃金和錢財而代之以無價值的軍用貨幣。即使物主仍在城裡，中國傀儡政府還是沒收城裡尚存的值錢的東西和庫存原料，更加重了人們的貧困。以致一些中國的下層官員自我嘲諷道：“我們正在進行一場被批准的搶劫。”
遠比人民受重稅和沒收財產盤剝更為觸目驚心的是鴉片重新出現在南京城。在日本佔領前，鴉片是地下麻醉劑，由貴族和商人在南京的秘密處所偷偷地吸，不會公開和厚顏無恥地在大街上出售，也不會明顯地在年輕人面前展示。這座城市滄陷後，人們可以自由出入鴉片館，不受警察的阻攔。這些鴉片館大膽地用漢字招牌做鴉片廣告，招牌上寫著“官土”——鴉片的專用名詞。
為了鼓勵吸食毒品從而進一步奴役人民，日本人在南京慣常用毒品支