且主管教育的機構從財政部分離出去，單獨成立“教育部”。官員的稱呼也改變了，各省主官為“省長”，縣長官為“縣長”。
第二個方面，將大中原地區的行政區劃進行了修改。按照他的安排，大中原地區的行政區劃分為兩種，一種為行省，而另一種則為邊疆區。
行省主要位於內地，這裡的各省設立諮議院，諮議院的諮議員由各縣縣長按照商賈工匠儒生四成，鋤社兩成，政府僱員一成，教派一成的名額提名，此外，軍隊的兩成名額則由軍隊單獨提名，常設國民大會的諮議員職業配額也是如此。這些候選人提名送到省府，由省諮議院進行第一遍篩選，待將篩選落下的名額補齊，再送到常設國民大會進行最後的篩選，最終確定諮議員人選。諮議員必須年滿二十週歲，而且必須認識漢字，其自行向縣長提出候選申請，若縣長將其資格否決，則縣長必須指出否決原因，而被否決人若不服，則可以拿著縣長的否決緣由，向省諮議院申訴，由諮議院決定其是否有被提名資格。
由於最開始時，無論是省諮議院還是常設國民大會，其成員都沒有選出，因此，第一屆常設國民大會和第一屆省諮議院的諮議員們全部是由林清華和他身邊的親信從數萬名候選人中抽籤選定的，當第一屆常設國民大會和第一屆各省諮議院的諮議員被選定之後，往後各屆的諮議員則按照程式由諮議院和常設國民大會自行選舉，而且每五年改選其中一半。
具體選舉程式並不複雜，當候選人的資格認定結束，名單最終確定之後，將透過抽籤的方式決定最終的人選，而負責抽籤的人為三人，一為地方檢察院的檢察官，一為省高等法院的法官，而另一人則為上屆常設國民大會或諮議院的議長，而且上一屆常設國民大會或諮議院的全體成員將在一旁監督。抽籤分組進行，分別按照各職業預定配額抽取，當軍隊的人員名單送來後，則諮議員的最終人選即可確定。
每隔五年的改選程式也同樣採用抽籤的方法進行，所有的成員全部參加抽籤，而省高等法院將派人現場監督。籤為紅綠兩籤，抽到紅籤的人自動解除諮議員身份，而空缺出來的名額則按照職業比例在三個月內補齊，而在這期間，原諮議員暫時以代理身份履行職責。
常設國民大會的諮議員人數與諮議院的諮議員人數相同，均為兩百人。常設國民大會負責制訂全國性法律，而省諮議院則負責制訂地方法令，這兩者所制訂的法律和法令必須透過三分之二諮議員的認可方可施行。
常設國民大會的諮議員與省諮議院的諮議員一樣，都有固定生活補助，雖然不高，不過卻能保證出身貧寒者能夠在省府駐地正常生活。
與行省一樣，邊疆區的諮議院也是如此組建，但在某些方面，邊疆區卻另有一套自己的辦法。
在行省中，省長與縣長都是由透過科舉產生的人才擔任，具體由常設國民大會任命，但其若想上任，則必須得到省諮議院至少半數贊同票的支援，一旦其被諮議院允許上任，則連續任期為八年，在這八年中，每隔兩年，省諮議院就對其任內政績、廉潔等進行考核，若不合格，則諮議院可由議長主持，進行彈劾，當彈劾票達到一半時，即可罷免。
省、縣官員被罷免後，若其本人不服，則可向常設國民大會直接提出複查申請，由常設國民大會派出調查組赴當地進行調查核實，若確有不妥，則由常設國民大會的代表主持，再次進行彈劾，若此次再被彈劾，則官員自動離任，但其若無違法行為，則其政府官員身份可以保留，並可繼續等候上級政府新的任命。
若省、縣主官能夠連續任滿八年任期，則由各省諮議院寫出書面報告，將其政績上報常設國民大會，再由常設國民大會決定是否將其提升，或者繼續留任原職。省長、縣長都只管理民政事務，而無其他管理權，即無權管理法律事務，也無權管理軍事事務。
與行勝”，而是“總督”。總督的任命不需要邊疆區諮議院的同意和表決，只要被任命，則直接上任，不過，有權任命總督的只有東帥一個人，除非遇到緊急情況，否則常設國民大會不能越級任命總督。邊疆區的諮議院規模稍大，人數為三百人，其中一百人的名額是專門為當地土著預留的，這些人可以不認識漢字，但必須承認總督的權威。邊疆區其它的行政事物與內地行省一致，縣長也是由同樣的選舉程式產生。
總督的許可權很大，除了管民政之外，還能夠管當地駐軍，實際上，總督就是當地的最高司令，他的軍事命令在邊疆區是最高命令，除非東帥、國防部或者是總參謀部下達了更高等級的命令，否