則，邊疆區總督的話就是當地軍隊唯一執行的命令。
總督唯一不能管的事情就是邊疆區的法律。與其他行省一樣，這裡的法官也是獨立的，其由常設國民大會從科舉人才中選拔任命，並僅向常設國民大會負責。每個省僅設一個高等法院，而在每個縣則各設一個地方法院，地方法院的案子可直接上訴至省高等法院，若仍對高等法院的審判結果不服，則原被告雙方可繼續上訴至國家的最高法院系統————終審法院，終審法院的判決為最終判決，但若原被告依然不服，則可繼續向常設國民大會提出複核申請。
縣級地方法院的審判由兩名法官做出，只有兩人意見一致的情況下，才能做出判決，而且在審判時，原被告雙方的親屬朋友或者鄉鄰必須旁聽，而且報社記者若想採訪，任何法官都不得拒絕，除非是原被告雙方的所有直系親屬同時拒絕。
省級高等法院的審判由三名法官做出，也只有在三人意見完全一致的情況下，才能做出判決。具體審判細節也與地方法院一致，而且作為必要的措施，高等法院每一個案子的審判，都必須要有至少三名省諮議院的諮議員旁聽，而諮議院的任何一位諮議員都不能無故拒絕法院的旁聽邀請。
終審法院的審判法官由十八名流動法院的法官共同組成，其人選由常設國民大會的議長和副議長共同選定，每屆任期僅為一年，一年之後，更換其中一半。只有其中的至少十五名法官同意，判決才能下達。終審法院的數量未定，具體可根據上一年的案發率和結案率確定，可以只有一個終審法院，但也可以在某一年同時設立數十個終審法院。
流動法院是個特殊的法院系統，其職責不是審判案件，而是巡查全國各地的地方法院和高等法院，審查其審判的案子，並主動清查可能的冤案，一旦發現可能的冤案，即向上一級法院提起重審，其案自動進入重審程式。
所有的死刑判決都必須得到終審法院的稽核和認定，否則不能執行。
作為法律的重要一環，負責提起刑事訴訟的檢察官是必不可少的，但是，檢察院與法院不一樣的是，檢察官不由常設國民大會任命，也不向其負責，檢察院直接隸屬於由刑部改來的司法部，僅向司法部負責，其檢察官的任命由司法部單獨從各法律、醫學畢業生中遴選，也必須透過專門的考試，而且檢察院不僅僅只在各省設立，在南京還設立一個總檢察院，負責監督地方檢察院。
作為法律的不可或缺的補充，律師也是必要的，在具體的辯護中，律師可以是專門的職業律師，也可以是被告的親屬或者朋友，但在今後的司法實踐中，職業律師將最終取代平民辯護人的位置。
各級法院的法官與檢察院的檢察官一樣，任期都是終身，除非其任職期間發生了瀆職、違法行為，否則，其可以一直幹到六十歲退休，而且其待遇是所有政府官員中最優厚的。
第三個重要革新是在軍事體制上。根據林清華多年前的安排，國防部的前身兵部早就開始了軍制的改革，除了在各部隊中正式確立參謀制度之外，還在國防部中設立總參謀部，直接隸屬於國防部，但又不完全聽命於國防部，其可以由東帥與國防部共同領導，但兩方的命令發生衝突時，則僅執行東帥命令。
總參謀部具體負責軍事行動的策劃、制訂和實施，其在戰爭中具有相當大的獨立性，可以將國防部的錯誤命令直接發回國防部，並指出錯誤，同時抄送一份至東帥處。
軍隊的駐紮、調動方式也發生了變化，在各行省中，固定的“軍”被取消，部隊的最大常設單位為“師”，而且其直接受到國防部的指揮，沒有東帥和國防部的共同命令，總參謀部無法調動陸軍和海軍部隊，其唯一能獨自調動的只有兩棲部隊，而東帥則有超越國防部的權利，可以任意調動任何一支部隊。
當得到國防部或者是東帥的命令後，總參謀部才可以調動部隊，並且根據行動的性質，將零散的師整編到一起，或者編為軍，或者直接編為集團軍，任命軍長、司令，指定參謀組成參謀部，並向目標地域開進。在這種時候，原來由國防部指揮的後勤部門則直接由總參謀部領導，並向其負責，提供一切後勤支援。
而邊疆區的軍事體制則與行省不一樣，由於這裡靠近國境線，不能有絲毫的鬆懈，因此，這裡的軍事體制由安全向效率傾斜。在這裡，部隊的最大常設單位可以是軍，也可以是集團軍，這由當地的總督決定。軍的軍長或者是集團軍的司令由當地總督任命，但是，為了防止總督擁兵自重，這些部隊的師長、旅長、團長和中下級軍官以及部隊的參