於時令之氣的不正常，是由“非時之氣”造成的。
現存最早的中醫古籍《黃帝內經》也有記載。如《素問？刺法論》指出：“五疫之至，皆向染易，無問大小，病狀相似……，正氣存內，邪不可幹，避其毒氣。”《素問？本能病》篇：“厥陰不退位，即大風早舉，時雨不降，溼令不化，民病溫疫，疵廢。風生，民病皆肢節痛、頭目痛，伏熱內煩，咽喉幹引飲。”指出溫疫具有傳染性、流行性、臨床表現相似、發病與氣候有關等特點，並認為只要“正氣存內”，就能“避其毒氣”。
東漢時期的張仲景在其著作《傷寒雜病論》的序言中說“餘宗族素多，向餘二百。建安紀年（公元196年）以來，猶未十稔，其死亡者，三分有二，傷寒十居其七。感往昔之淪喪，傷橫夭之莫救，乃勤求古訓，博採眾方。……”文中的“傷寒”，除了指外感熱病外，還包括了當時的烈性傳染病，可見當時溫疫流行之猖獗。
三國：曹植《說疫氣》記載“建安二十二年（公元217年），癘氣流行，家家有殭屍之痛，室室有號泣之哀。或闔門而殪，或覆族而喪。或以為：疫者，鬼神所作。夫罹此者，悉被褐茹藿之子，荊室蓬戶之人耳！若夫殿處鼎食之家，重貂累蓐之門，若是者鮮焉。此乃陰陽失位，寒暑錯時，是故生疫，而愚民懸符厭之，亦可笑也。”描繪了當疫病流行的慘狀，並明確指出：“癘氣流行”，並非“鬼神所作”，而是“陰陽失位，寒暑錯時”所致。
建安七子之一的王粲在《七哀詩》中也記載：“……出門無所見，白骨蔽平原。路有飢婦人，抱子棄草間。顧聞號泣聲，揮涕獨不還。‘未知身死處，何能兩相完？’驅馬棄之去，不忍聽此言。……”是當時淒涼情景的真實寫照。據史料記載，從漢桓帝劉志，至漢獻帝劉協的七十餘年中，記載有疫病流行17次。疫情連年，民不聊生，即使是士大夫們也未能倖免。如文學史上著名的“建安七子”中的徐幹、陳琳、應��⒘蹊逡慘皇本閌擰Ｆ洳易純杉�話摺�
晉朝葛洪《肘後備急方》對溫疫也有論述，認為“傷寒、時行、溫疫，三名同一種。……其年歲中有癘氣兼挾鬼毒相注，名為溫病。”並立“治瘴氣疫癘溫毒諸方”一章，記載了闢瘟疫藥幹散、老君神明白散、度瘴散、闢溫病散等治療、預防溫疫的方劑。
隋朝巢元方《諸病源候論？疫癘病諸候》認為疫癘病“其病與時氣、溫、熱等病相類，皆有一歲之內，節氣不和，寒暑乖候，或有暴風疾雨，霧露不散，則民多疾疫。病無長少，率皆相似，如有鬼厲之氣，故云疫癘病。”並認為嶺南地區的青草瘴、黃芒瘴等瘴氣也屬疫癘病範圍。並進一步指出：“此病皆因歲時不和，溫涼失節，人感乖戾之氣而生病，則病氣轉相染易，乃至滅門，延及外人，故須預服藥及為法術以防之。”
唐朝孫思邈《千金要方？卷九？傷寒》立“闢溫”一章，記載治療溫疫的方劑。
出於唐朝王冰以後的《素問》遺篇，認為溫疫與五運六氣變化異常有一定的關係，故有金疫、木疫、水疫、火疫、土疫“五疫”及“五癘”之稱。說明古人已經意識到溫疫的致病原因不同於一般的六淫外邪，而是一種疫毒之氣。
宋代醫家張從正《儒門事親？卷一？立諸時氣解利禁忌式三》：指出“又如正二三月，人氣在上，瘟疫大作，必先頭痛或骨節疼，與傷寒、時氣、冒暑、風溼及中酒之人其狀皆相類。慎勿便用巴豆大毒之藥治之。……夫瘟疫在表不可下，況巴豆之丸乎。”對瘟疫的臨床表現、治療提出了自己的觀點。
元朝醫家朱丹溪《丹溪心法？卷一？溫疫五》：“瘟疫眾一般病者是，又謂天行時疫。治有三法：宜補，宜散，宜降。”總結了溫疫的治療方法。
明朝醫家吳又可目睹當時疫病流行的慘狀，在前人有關論述的基礎上，對溫疫進行深入細緻的觀察、探討。其所著的《溫疫論》是我國論述溫疫的專著，對溫疫進行了詳細的論述。認為“溫疫之為病，非風非寒非暑非溼，乃天地間別有一種異氣所感。”指出溫疫的致病因子是“異氣”，又稱“疫氣”、“癘氣”“戾氣”等，是對溫疫病因的創見。
吳氏認為戾氣是物質性的，可採用藥物制服。雖然戾氣“無形可求，無象可見，況無聲復無臭，何能得睹得聞”，但它是客觀存在的物質，又進一步指出“物之可以制氣者藥物也。”
戾氣是透過口鼻侵犯體內的。認為“邪從口鼻而入”，又感染戾氣的方式，“有天受，有傳染，所感雖殊，其病則一”。
而人體感受戾氣之後，是否致病則決