，115萬公務員尚只填充了國民黨整個官僚機構的上層部分。隨著國民黨政權由縣而區，由區而鄉，層層向下深入時，其公務員人數以幾何級數增長。在1939年“新縣制”實施以前，縣以下的正式官僚機構只到區一級，縣區兩級機構規模尚小，人員編制尚有限。自“新縣制”推行後，官僚機構延伸到鄉保，縣以下基層公務員人數倍增。據1942年的粗略估計，區一級幹部約需164612人，鄉鎮一級幹部約需686721人，保甲幹部約需12140908人，共計需要12992241人。
如此龐大的基層社會組織群體，其數量已是清代鄉紳的十餘倍。任何社會組織都必須有相應的經濟系統為其提供物質資源。在中國封建社會，國家只需一定的農業稅收即可供養數萬名官員，而國民黨時期，省以下政權的財政收入仍主要建立在傳統農業稅收的基礎上，而同時期中國農業經濟仍處於19世紀以前的發展水平。國家政權的財政需求劇增，顯然與傳統農業經濟的承負能力不相適應。以湖北為例，據1942年湖北省政府主席陳誠稱，僅湖北一省實行“新縣制”就需要52萬幹部，若每人每月薪俸十元，全省每年就要6000多萬；若每人每月薪俸50元，全省每年就需要3億元。而1942年湖北省的年財政收入僅1200萬元，支付一省行政人員的薪俸尚不敷遠甚。就全國而論，據當時的估計，近千萬基層幹部每月以維持其最低生活水平計，就需要40億元。國民黨政權在深入基層社會的過程中，面臨著鉅額的財政負擔。據1946年底的統計，國民黨中央的財政支出超過其收入的5倍。中央政府在入不敷出的情況下，一方面濫發紙幣，同時對地方各級政府的經費預算大力削減，甚至停發。基層行政人員薪餉微薄，有的完全沒有薪餉。政府實際上默許這些基層行政人員在與農民打交道中浮收攤派以維生。這等於政府每年從廣大農民手中獲取數以百億的行政“暗稅”。
除了組織成本外，國民黨政權的深入，還必須有一支健全的組織隊伍。蔣介石也一再強調，要行“新縣制”，首在得人。國民黨實行“新縣制”需要上千萬基層幹部。人才從何而來？作為一個現代動員型政黨，國民黨本可大量從基層社會中吸收黨員，然後透過其意識形態的嚴格薰陶和組織訓練，將黨員源源不斷地轉化為基層幹部。但國民黨的基層黨組織建設比其基層政權建設還遠為滯後。戰前國民黨黨員不僅人數有限，而且集中在城市和上層，農村黨員如鳳毛麟角。戰時國民黨黨員人數雖有所增加，黨的組織也向基層社會有所深入，但總體而言，基層黨組織仍不過是基層政權的附庸和寄生體。黨不是培養和派遣合格的黨員去充當基層幹部，而是不加甄別地將所有現職基層保甲長披上黨員的外衣。其結果，不是將合格的黨員轉化為基層幹部，而是將不合格的基層幹部轉化為黨員。
國民黨基層組織建設的另一條途徑，是指望讓“公正士紳”和新知識分子接受黨的意識形態訓練後轉化為基層幹部。但是，這個時期，中國縣以下基層社會與19世紀以前相比，已經發生了很大變化。如前所述，自科舉制度廢除後，傳統文人士紳逐漸衰亡，新知識分子城市化，鄉村成了窮光蛋、地痞流氓和土豪劣紳的淵藪。在這種情況下，國民黨面臨著三種選擇：一是象中國**那磋，徹底打倒土豪劣紳等鄉村惡勢力，實行土地改革，依靠廣大農民，建立以農民為主體的基層政權；二是放棄對廣大農村的控制和管理，將國家權力縮回到縣衙門一級；三是將國家政權強行向下擴張、滲透。
由於國民黨既要“安內”，又要“攘外”，需要大力汲取和動員民間社會的人力物力資源，必須強化對鄉村社會的控制；同時，在1927年南京政權建立以後，國民黨的意識形態和階級基礎已經轉換，因此，第一和第二種選擇均非國民黨所願，唯有第三種選擇。
在歷代封建王朝的盛世，在儒家意識形態一體化的前提下，上層的官治與下層的紳治本屬相輔相成。但在20世紀前半期，時勢已易，上層士大夫的角色被新型文官所取代，而下層文人鄉紳衰亡後，留下的“權力真空”卻由土豪劣紳等邊緣惡勢力來填充，前者尚有某些舊的道德規範可守，後者則完全是一群無法無天的邊緣勢力。在這種情況下，國民黨政權強行向下擴張，不但未能找到一個理想的託付“支點”，反而恰逢其會地為土豪劣紳提供了一個縱橫馳騁的舞臺和天地。
在國民黨政權建立初期，其政權的縱向滲透尚侷限在縣衙門一級，區公所屬於自治組織。1933年，當國民政府行政院農村復興委員會的調查人員下鄉