桓玄才略和他的父親比起來怎麼樣？他能不能成功？”袁虔之道：“桓玄名為晉臣，實為晉賊。此人好猜忌，賞罰不公。我看比他的父親差遠了。桓玄既然已經執掌朝政，將來肯定篡逆。但他沒有命世之才，斷無成功道理，遲早要完蛋。”
孫恩被困在海島，得不到大陸補給，過得很是辛苦，幾次帶兵進攻東晉，但每回都被打了回去。孫恩感覺前途無望，投水而死。一些家屬和信徒也跟著投水自殺。但事後仍然有很多人迷信他，不相信他會這麼容易就死去，稱這些投水的人為“水仙”。孫恩死後，還留有七八千教徒，於是大家又推孫恩的妹夫盧循為首領。盧循遂向桓玄請降，桓玄剛剛執掌朝政，也不願意國家有事，所以就接受了盧循的投降，任命他為永嘉太守。盧循接受任命後，依然儲存實力，並在這年五月，再次舉兵起義。桓玄派去鎮壓的軍隊連連失敗，桓玄很為這事心煩。桓修建議起用劉裕。桓玄說：“劉裕是劉牢之的老部下，我擔心他執掌兵權後對我不利。”桓修說：“當年劉牢之要帶兵攻打你，劉裕沒有跟隨他，而是解甲歸田，可見這個人和劉牢之也沒什麼太深的交情。後來我一直用他做我的中兵參軍，我們相處時間也很長，我看他對你並無異心。”
桓玄於是命劉裕為建武將軍，令他出討盧循。在家賦閒的劉裕再一次得到了出山發展的機會。他帶著何無忌領兵出征，用一年多的時間將盧循徹底趕出三吳。盧循逃往晉安（今福建省南安市豐州鎮），劉裕又追來把盧循趕出福建。盧循只好渡海向南海逃走。劉裕回師京城，桓玄論功行賞，將劉裕升為彭城內史，從此日益受到朝廷的重視和重用。
東晉復國
晉元興二年（403）九月，桓玄逼安帝封他為楚王，見事情辦得很順利，朝野內外也沒有反對的聲音，於是他膽子更大起來，準備當皇帝。他問桓謙如果他當皇帝，會不會有實權人物反對。桓謙說：“其他人都不敢反對，只有劉裕這個人我不敢說。”
桓玄讓桓謙去試探劉裕，劉裕對桓謙說他雙手贊成桓玄當皇帝。桓謙很高興，趕回來告訴桓玄。於是桓玄立刻行動，經過一番安排之後，帶著文武百官入內宮，讓安帝禪讓。安帝本是個白痴，自然無話，於是由卞範之擬禪讓詔，安帝簽了個字，司徒王謐奉上玉璽。桓玄登基成為皇帝，國號為楚。桓玄當皇帝后，把他的親信都任命到實權職位，桓修的弟弟桓弘為青州刺史，刁逵為豫州刺史，郭昶之為江州刺史，劉裕也因為對桓玄表示過擁戴，被封為中軍將軍。桓玄還認為劉裕是個難得的軍事將領，以後國家少不了要用劉裕的地方，於是經常厚賞劉裕，並經常召見劉裕一起喝酒遊玩，拉攏感情。
劉裕早就派何無忌拉攏了一大批中下級軍官和地方官，打算起兵反楚復晉，但被桓玄留在京中，一直不能脫身。劉裕以母親身體有病需要照顧為名向桓玄請假。桓玄批准劉裕走後不久，他又後悔了，急忙派人去追劉裕，哪知道劉裕挑了一匹快馬，一路玩命地南奔，桓玄的人根本就追不上。這哪是回家探母，分明是逃命。桓玄聽說劉裕跑得這麼快，心裡隱隱感覺不安，但還心存僥倖，沒想到幾天後他的擔心成為現實。劉裕在京口起兵了！
劉裕一路狂奔，回到京口，這時京口的何無忌已經聯絡了一大批北府兵舊將和其他反楚的中下級官吏，劉裕被推為起義首領。劉裕安排下三路人馬，分別進攻青州刺史桓弘，徐、兗二州刺史桓修和豫州刺史刁逵。
京口這一路，劉裕和何無忌化裝成欽差大臣帶著一百多人來到桓修府中，等恆修出來迎接時，一刀將桓修劈死，因為京口士兵大多為北府舊部，是劉裕和何無忌的老部下，所以都投降了劉裕。司馬刁弘率自己的軍隊來戰，劉裕很快將刁弘擊敗，收降其部下，佔了徐、兗二州。
廣陵這一路，劉毅在桓弘手下做參軍，劉道規為參軍，孟昶為主簿，三個人一起邀請桓弘出去打獵。桓弘未加防備，一口答應。在打獵的那天早上。三個人帶上打獵的刀槍劍戟直接走到桓弘的客廳，桓弘正在吃早飯，看見三個人拿著兵器還納悶他們怎麼這麼著急。哪知道三個人一齊圍上來用這些打獵的武器把桓弘給殺了，也收降了青州計程車兵。劉道規據守廣陵，劉毅和孟昶帶兵去京口和劉裕會合。劉裕讓孟昶守京口，然後挑出一萬多精兵，攻向京師。
歷陽這一路，諸葛長民卻被刁逵先發制人，反被擒獲。刁逵把諸葛長民等人裝入囚車中送往京城。
桓玄聽說劉裕等人造反，不由大驚道：“劉裕是當世英雄，劉毅為人傑，何無忌的軍事才能不亞於他的舅舅劉牢之。這三個又一起聯合