海軍軍令部給第三艦隊的兵力卻僅夠封鎖上海中國海軍。這就有些意思了。俄國對日本的海上威脅已經解除。日本在西太平洋幾無敵手。如果徹底消滅中國那幾萬噸軍艦，有什麼必要組建以哨戒黃海保證通航的第一艦隊？海軍是進攻型軍種，被動防禦註定要吃敗仗的。日本人這樣排兵佈陣。既有外部的因素，更主要的是內部因素。
外部原因之一是因為英法強烈禁止日本攻入長江進入中國腹地以挑起與中國的全面戰爭。英法擔心中國做出過激的反應，就此將中國逼入同盟國陣營，青島之戰後這種情緒尤為強烈。內部因素呢，日本並不準備與中國全面開戰，既因財政之困擾，拿不出錢來打一場滅國之戰，也因為沒有把握。更重要的是他們獲知了中國海軍擁有兩個潛艇編隊，擁有20艘以上的進口潛艇，軍令部擔心艦隊的反潛能力不足，如果被中國潛艇擊沉大型軍艦就是笑話了，所以才編組了以護航為目的的第一艦隊和以封鎖為目的的第三艦隊。日本對中國的海上戰略就是封鎖，將中國海軍堵在港口內就行。
跟陣容豪華的日本海軍相比，中國海軍就很寒酸了。有些乞丐跟龍王鬥寶的感覺。
新中華成立後，全面接管了滿清留下的海軍遺產，海軍以上海、福建、廣東為三大基地，對於渤海灣和黃海反而放棄了。這是無奈之舉。山東擁有漫長的海岸線，但由於德國和英國艦隊的存在，幾無中國海軍的立足之地，渤海灣自旅順丟失後，這片中國內海反而沒有中國海軍的活動空間。於是將基地設於南方，緩慢地積蓄力量，以待時機。
龍謙定都北京的第二個月便組建了海軍司令部，以他老資格的總參謀長、山東軍司令官方時俊出任海軍總司令。龍謙為海軍發展確定了“培養人才、積蓄力量、等待時機”十二字方針。確定國防建設的重點在陸不在海，至少在十年內，國家不會為海軍建設花大錢。
方時俊正確地理解了龍謙的意圖。沒有跟陸軍建設爭資源，而是積極落實龍謙的十二字方針，一方面蒐羅人才，請出了薩鎮冰、嚴復、載澤等海軍耆宿，組建了福州海軍軍官學校和上海海軍技術研究院，請來了美國海軍退役及現役軍官充任教官以培養海軍人才並展開海軍兵器研究。一方面整頓現有力量，組建了東海、南海兩支艦隊以培訓官兵。第三就是大力扶持造船工業，為海軍騰飛打下基礎。
這個過程中方時俊最展現自己能力的就是蒐羅人才。不惜降尊紆貴請出了薩鎮冰、嚴復等人。進而透過他們將滿清培養的海軍人才“一網打盡”，全部吸納至新中華海軍中。然後又大力招收回國效力的華僑加盟海軍，最後則是花大錢聘卿美、德等國的海軍教官及技術人才，費盡心力地搭起了海軍的架子。
方時俊總理1910年出訪美國時，撿起了滿清與美國簽署的海軍一攬子協定，這是美國樂於達成的。但中方修改了原協定的內容，大幅度減少了水面艦只的購置，特別是巡洋艦和驅逐艦的購置，轉而購買造船裝置，擴充了江南造船廠，添置了大型船塢，並與美國聯合成立了美中太平洋航運公司以擴大中美航運能力。當然也買了幾艘美國的戰艦以滿足美國人的要求。至1914年夏，中國海軍兩支艦隊的水面艦只共有巡洋艦7艘。驅逐艦7艘，炮艦11艘，總噸位不足5萬噸，其中大半兵力被置於環境相對安全的南海艦隊。
至1914年夏，海軍總兵力超過了兩萬人。值得一提的是，海軍兵員不是來自於陸軍，而是招收自大中學畢業生。海軍軍官（除了幾位耆宿），全部來自福州海軍學院（最初學制兩年，1913年起延長至3年）及留美、留德的學員。海軍中來自陸軍的軍官（包括海軍司令部各級參謀）極少，完全不成比例。這個情況使得海軍徹底脫離了陸軍。成為了一支觀念、思維都與陸軍有著極大差別的軍種。到了1914年。陸海兩軍的不同風格已經展現，比如陸軍官兵抽菸的居多，而海軍官兵則基本沒有吸菸著，比如海軍軍官通一門外語的比例很高。但陸軍則很少。導致一些蒙山軍高階將領譏笑海軍為假洋鬼子。當時。沒有任何人意識到海軍擺脫陸軍自行發展的意義。直到建國二十餘年後，海軍已經發展為一支不容陸軍小覷的大軍種，海軍才在國家大政上發出越來越強烈的聲音。
方時俊並非故意走上“**”於陸軍之外的道路。一方面是因為龍謙要求他立足自身培養人才。另一方面是陸軍軍官基本不願意去海軍，就連他司令部的組建都費了很大力氣。
龍謙雖然確定了先陸後海的原則，但對於海軍的投入還是逐年增加的，加上美國的專項貸款，建國五年來對於海軍的