題上，兩位副手顯然是丈二和尚摸不著頭腦。
司徒均認為。既然已經任命寧時俊為海軍總司令，海軍司令部的建立就是必然的了。海軍司令部有了。陸軍怎麼辦？直屬於總統嗎？龍謙曾在小範圍說過國防部代行陸軍司令部職權，確實有過這樣的考慮，但這樣一來，海軍似乎要**於體系之外了，這顯然又不合適了。
不光是陸海軍兩大軍種的關係問題。海軍司令部與國防部、總參謀部以及總聯勤部是什麼關係？垂直還是平行？總參機關是否設立海軍指導機構？總參與國防部又是什麼關係？總參謀部與總聯勤部如果平行的話，部隊的武器採購完全決定於總聯勤部就不合適了，因為作戰訓練部可能不涉及武器裝備的研製和採購問題。
除了上述問題外，還有龍謙提出的兵種司令部的問題，龍謙曾有委任段祺瑞為炮兵司令的建議，但被段氏所拒絕。證明龍謙已經有設立兵種司令部的設想了。如果考慮到工程兵，騎兵，通訊兵等特種軍種，這些兵種司令部與前述的大機關又是什麼關係？是不是存在疊床架屋的弊端？
這些涉及全域性的問題，只能由龍謙來回答。司徒均承認，雖然龍謙並未受過專門的軍事教育，但對於軍事機關的設立有著超越他人的敏銳。他當然不清楚龍謙的來歷，將其歸結為天授，開國領袖確實具備一般人不具備的能力。
對於司徒均歸納的系列問題，龍謙的回答是這樣的：國防部是全**事力量的最高行政機關。海軍司令部及可以設立也可以不設立的陸軍司令部是國防部的機構，他們之間不是平行關係而是垂直領導關係。國防部對於全國的武裝力量是行政管理，體現在高階軍官的任命、獎懲、薪酬、新部隊的成立、老部隊的裁撤等方面。但國防部不管軍隊其他業務了，比如軍事行動的指揮，那是總參的事情。也不管武器裝備的採購，那是聯勤總部的業務。這就帶來一個問題，總參和國防部是什麼關係？答案是平行關係。總參是軍令系統的核心，聯勤總部是後勤系統的核心，而國防部是行政系統的核心。於是，必須有一個更高的機關來領導協調這幾個大機關，這個機構就是軍事委員會。我反覆想了，軍委會不能撤銷，否則就不成體統了。軍委會是一個聯席會議的模式，將來會從憲法上明確全國的武裝力量的最高統帥機關，如果發生全域性性的戰爭，軍委會就是最高統帥部。總統將自然而然地擔任軍委會主席。國防部長、總參謀長、聯勤總長、海軍司令以及政府主要部門如外交部、工業部、交通部的部長以及政府總理也應該是軍委會的成員。至於你所擔心的聯勤總部與總參的關係，不要緊。可以由軍委會協調，聯勤總部當然要聽總參的意見。實際上，國家的軍事管理指揮體系就是兩個輪子，總參管編制、訓練、打仗，國防部管人事，聯勤總部更多地處於協助總參的位子。現在你明白了吧？你的任務除了建立和完善總參機構，還要明確各大機關的職責，千萬不能出現如日本一樣的陸海軍爭權的局面。更不允許軍隊凌駕於政府之上，出現軍隊左右政局的現象。我的原則是軍隊必須服從於政府，而不是相反。
至於兵種司令部的組建，龍謙這樣解釋道，兵種不同於軍種，是軍種下的細化。目前情況，暫時只組建炮兵、工程兵兩大兵種部。隸屬總參領導，職能是研究、強化兩大軍種的建設，他們將垂直管理各軍區的炮兵及工程兵部隊，根據需要在不同的軍區調配炮兵及工程兵。但騎兵及通訊兵不設司令部了，前者沒有前途了，路子越來越窄。後者不需要專門的司令部，總參之下搞一個通訊局就可以了，但通訊兵的建設要加強，不止是無線電的加強，更為關鍵的是有線電話的普及。畢竟無線電存在洩密問題。平時及戰時還是要更多地依靠有線電話。
龍謙解釋清楚了軍事統率機關的構架，司徒均與助手們幾番討論。拿出了總參機關的組建框架，形成報告後呈報龍謙。司徒均計劃設立參謀、通訊、情報、訓練、交通五個局。核心部門是參謀局，也是總參成立最久的部門，前身即蒙山軍參謀處。其餘如通訊局是在廣東才組建的新單位，訓練局則是從原參謀處分出來的，將主管全軍的訓練工作，交通局是新單位，司徒均鑑於內戰結束後部隊大規模調動帶來的問題，意識到軍隊的交通問題異常重要，所以專門設了一個交通局。而情報局的組建則是認為總參有必要建立自己的軍事情報系統，目前的軍情局直接對龍謙負責，甚為不便。
報告遞上去的次日龍謙便打電話召司徒均、商鳳春及張玉林到海晏堂討論總參的機構設定，龍謙對司徒均的報告提出了幾點意見，關於總參要求設立情報局，龍謙同意，