部的建議獲得了最高執政者的贊同並已經獲得了重組總參謀部的絕對權力。
司徒均承認，蒙山軍已經是中國最強大的武裝，快速取得反清戰爭勝利是預料中事，儘管過程之迅捷出乎了司徒均的意料（司徒均高估了滿清政權的穩定性，沒有料到戰爭後期各派武力的紛紛倒戈）。在北洋主力猛攻德州之際，司徒均堅定地認為山東軍可以守住德州。這種自信不是建立在山東軍擁有了不弱於對手的武器裝備。而是建立在蒙山軍已經成型的制度及訓練水平上，換句話說，對北洋軍有著較深瞭解的司徒均認為龍謙創立的蒙山軍比北洋更具制度優勢。在跟隨龍謙的近十年裡，司徒均已經摺服於自己的統帥了，承認他具有比自己更為犀利的眼光，比如在武器配備。部隊編組，小分隊戰術，軍官培訓等方面，特別是新技術的運用山，具有超越自己的眼光。當初費力採購自美國的無線電臺便在反清戰爭中發揮了極為重要的作用。但是。司徒均認為龍謙在總參謀部制度上建立和使用上仍然存在很多缺陷，現在好了。龍謙將重組完善總參謀部的任務完全交給了自己。
司徒均自率總參機關進京後，將總參設於頤年堂和勤政殿之間的西八所，這是一大片平房建築群，雖然有些破敗，甚至一些房屋漏雨和門窗損壞，但足夠安置總參各機關了。一向奉行軍人務必在生活上簡樸再簡樸理念的司徒均批評了商鳳春佔據勤政殿並大規模修繕西八所的建議，不是出於為龍謙省錢，而是有悖於他治軍的理念——一旦總參機關陷入物質上的享受，這個機關的銳氣就終結了。冬天不好過？野戰部隊冬天都有取暖裝置嗎？北方軍當初冒著零下三十度的嚴寒剿匪帶著煤爐嗎？司徒均的詰問令出身北方軍現今擔任副總參謀長的商鳳春極為尷尬。
司徒均進京後，根據龍謙的授權，一面指導、組織、協調各大軍區、各新建師的組建與調動，一面擬定各大戰略區軍事行動指導計劃，報龍謙批准後監督各軍區執行。東南軍區戰火已經平息，但西北軍區向西北各省的進軍以及西南軍區向四川的進軍仍然發生著規模不大的戰鬥，期間更涉及到對地方勢力的處置政策，牽扯了司徒均的很大精力。
司徒均承認，他對於政治比較厭惡，也比較遲鈍。但是，反清戰爭以及蒙山軍更早的建軍發展史早已證明，在中國，如果不懂政治而治軍簡直就是笑話。
回到自己那所簡陋到極點的辦公室，司徒均立即召來副總參謀長兼作戰部長商鳳春，通報了剛才關於外蒙局勢的研究結論，指示商鳳春立即起草指令下達給北方軍區。然後專心修改完善那份編制局上報的關於陸軍編制草案。這份厚達110頁的報告已經在司徒均案頭七天了，仍未定稿。
司徒均進京後雖然不能向過去一樣跟龍謙朝夕相處無所顧忌地探討一切軍事問題了（主要是因為龍謙的時間被別人佔用了），但倆人還是好幾次談起國防軍腦機關的組建。龍謙早已確定的分設軍政及軍令兩大系統的設想正在實施中，這既是各國基本成熟的做法，也符合他一貫的分權制約思想。為司徒均完全擁護。
承擔軍政重任的國防部尚未組建，但軍令系統要先走一步。目前已經成立的三總部中。運轉最為正規的是軍令系統的核心——總參謀部。其餘兩部，總政治部及總聯勤部雖然成立並有自己的長，但由於蒙山軍當時分割於三塊互不聯絡的戰略區，實際上並沒有發揮其應有的作用。比如，宋晉國作為總聯勤部長，並不負責南方軍的後勤保障，只負責山東軍全部及北方軍的部分軍火供應，南方軍是連樹鵬具體負責的。總政治部主任當時是方聲遠。但方聲遠卻基本沒有進入角色，南方軍是曹敏忠管這塊，山東軍及北方軍乾脆就是司令官寧時俊親自管。而且，他們的精力主要在練兵打仗，一切人事、稽核、獎懲等劃歸總政的職能都不太正規。
龍謙等司徒均率總參機關進京後，將籌劃共和國武裝力量統帥機關的重任交給了司徒均。龍謙對他說，你不要等政府機構的建立了。先拿出一個總體的方案來。一些原則我已經跟你談過了，你照我定的原則設計出國防軍統帥機關的構架，並且明確各自的職責，做到不遺漏，不重疊，精簡高效。
這正是司徒均所願意做的。
目前軍隊的統帥機關就是三總部。按照龍謙軍政軍令分設的構想。總政治部所管的一大攤子肯定要劃歸即將成立的國防部。但是，總參謀部、總聯勤部、陸軍司令部及也已成立的海軍司令部加上顯然是國家最高軍政機關的國防部究竟是什麼關係，卻令司徒均十分的困惑。
他已經有了兩個副手，商鳳春及張玉林。但在這個問