張國燾、徐向前、陳昌浩，明確地指出：“今後我一、四兩方面軍總的方針應是佔領川、陝、甘三省，建立三省蘇維埃政權，並於適當時期以一部組織遠征軍佔領新疆。”但張國燾、陳昌浩覆電中共中央，不同意這個戰略，提出紅軍北攻阿壩，組織遠征軍，佔領青海、新疆，或暫時向南進攻。
到達懋功縣城的當天，毛澤東、張聞天、周恩來、朱德就戰略進攻方向問題再電張國燾、陳昌浩、徐向前，提出：“目前形勢須集大力首先突破平武，以為向北轉移樞紐。”“望即下決心為要”。張國燾於二十日又致電中共中央，提出向西發展，並說“目前給養困難，除此似無良策”。中央覆電張國燾，指出：“從整個戰略形勢著想，如從胡宗南或田頌堯防線突破任何一點，均較西移作戰為有利。請你再過細考慮！”這樣重大的問題，在往來電報中自然是難以解決的，因此，中共中央在電報中請張國燾“立即趕來懋功，以便商決一切”。
二十五日，毛澤東和中央其他領導人到懋功縣城以北的兩河口，歡迎從茂縣前來的四方面軍主要領導人張國燾，並舉行兩大主力紅軍會師大會。朱德致歡迎詞，說明兩大主力紅軍會師的重大意義和北上的方針。張國燾在講話中卻公然提出同中央相悖的西進方針。（33）毛澤東和張國燾都是中共一大的代表，已經多年不見了，但一見面談話卻並不投機。
第二天，在兩河口舉行中共中央政治局擴大會議。周恩來在會上作了目前戰略方針的報告，從地域是否便於機動、群眾條件和經濟條件三個方面，闡明紅軍應該去“川陝甘”，“我們如陷在懋、松、理，就沒有前途”。提出以運動戰迅速北上攻打駐松潘的胡宗南部，創造川陝甘根據地。張國燾在發言中勉強表示同意中央的北進方針，又同時提出也可“向南”，“向成都打”的問題。毛澤東發言同意周恩來的報告，提出：一、中國紅軍要用全力到新的地區發展根據地，在川陝甘建立新根據地，這是向前的方針，要對四方面軍同志作解釋，因為他們是要打成都的，而一、四方面軍會合後有可能實現向北發展。二、戰爭性質不是決戰防禦，不是跑，而是進攻，因為根據地是依靠進攻發展起來的，我們應當過山戰勝胡宗南，佔取甘南，迅速向北發展。三、我須高度機動，這就有個走路的問題，要選好向北發展的路線，先機奪人。四、集中兵力於主攻方面，如攻松潘，胡宗南如與我打野戰，我有二十個團以上，是夠的。今天決定，明天即須行動。五、責成常委、軍委解決統一指揮問題。（34）
會議經過三天討論，透過北進建立“川陝甘”根據地的戰略方針。二十八日，政治局根據會議精神作出《關於一、四方面軍會合後的戰略方針》的決定。指出：“我們的戰略方針是集中主力向北進攻，在運動戰中大量消滅敵人，首先取得甘肅南部，以創造川陝甘蘇區根據地。”“為了實現這一戰略方針，在戰役上必須首先集中主力消滅與打擊胡宗南軍，奪取松潘與控制松潘以北地區，使主力能夠勝利地向甘南前進。”（35）
六月二十九日，毛澤東又出席中共中央政治局常委會議。會議除決定張國燾為中革軍委副主席，徐向前、陳昌浩為軍委委員外，主要聽取博古關於華北事變的情況報告。毛澤東發言時指出：日本帝國主義想把蔣介石完全控制在自己手下。“黨對時局應有表示，發表檔案，在部隊中宣傳，反對日本”，這是“最能動員群眾”的。（36）會議決定，以中共中央名義發表宣言或通電。
張國燾回去後，自恃他所領導的軍隊人數多，又策動一些人給中央寫信伸手要權。他還以“統一指揮”、“組織問題”沒有解決為藉口，故意拖延執行中革軍委在兩河口會議後製定的《松潘戰役計劃》。
中央紅軍為了執行《松潘戰役計劃》繼續北進，在七月初翻過第二座大雪山，抵達卓克基，十日到達蘆花（今黑水縣）。朱德、毛澤東、周恩來致電張國燾，催促他立刻率部北上，並要張國燾、徐向前、陳昌浩迅速到蘆花集中指揮。
張國燾到蘆花後，中共中央在十八日舉行政治局常委會議，討論組織問題。張國燾提出要提拔新幹部，主張增補一批人“可到軍委”。毛澤東說：提拔幹部是需要的，但不需要這麼多人集中到軍委，下面需要人。會議為了團結張國燾共同北上，同意將原由周恩來擔任的紅軍總政委改由張國燾擔任，周恩來調中央常委工作。中革軍委當天發出通知：“仍以中革軍委主席朱德同志兼總司令，並任張國燾同志任總政治委員。”二十一日，組織前敵總指揮部，以徐向前兼總指揮、陳昌浩兼政治委員，葉劍英兼參謀