設委員共二十四人，採合議制。黃埔軍校，蔣介石擔任校長，廖仲愷為黨代表，效蘇聯制，以黨掌軍。又因沒有總統，實則以軍掌政。另外它設有軍委會，孫是主席，並有九名委員。他們原是：許崇智、楊希閔、劉震寰、譚延輳А⒎�有恪⒑�好瘛⒘沃兮�⒔�槭�胛槌�嗟染湃耍��嘶刮�嗡斬碭吆吐薹蛭�宋省Ｋ銼鄙弦楹褪保�虺戮濟鶻逅鋝輝冢�笸季磽林乩矗�籃系峁鵓�Вㄆ涫稻褪茄釹ｃ傘⒘跽皰荊���拿嫫鴇�銜�」闃蕁Ｔ謁樟�宋拾�尥⒔ㄒ櫓�賂淖榱司��岢稍保�賞艟�饋⑿沓韁恰⒘沃兮�⒑�好瘛⑻費雨＇、蔣介石、加侖及伍朝樞擔任，還是採合議制。經派軍東征與南征，終把楊希閔、劉震寰、陳炯明及其部下鄧本殷等全打敗。
不過，那時國民黨內，因對孫中山最後推行的三大政策已是意見分歧，早分為左中右三派。左是廖仲凱、鄧演達；右是胡漢民、戴季陶；中是包括汪精衛、蔣介石等。這情況在1924年1月孫進行改組國民黨之前已出現。就因為孫推出了「聯俄容共」的三大主張，黨內包括胡漢民、汪精衛本都不贊同。因此當年因改組國民黨而成立的「革命委員會」（有委員五人），胡、汪並不在內。那五人是：廖仲愷、譚平山、蔣介石、許祟智、陳友仁。蔣介石曾問孫中山。孫覆信答：「漢民、精衛不加入未嘗不可，蓋今日革命非學俄國不可，而漢民已失此信仰，當然不加入，於事乃為有濟；若必加入，反多妨礙，而兩失其用。精衛本亦非俄派之革命，不加入亦可。我覺今後之革命，非以俄為師，斷無成就，而漢民、精衛恐皆不能降心相從。」由此可見，胡、汪當時在孫的判斷中，均反俄*之輩。但他們都是孫的追隨者，孫仍在生時候，以孫馬首是瞻，所以改組後仍擠身國民黨領導層。問題在孫死後。後來國民黨內分左右派，實源於對聯俄容共的贊同與反對。
曾為孫中山臨終前筆錄遺囑的汪精衛，返回廣州前，約會蔣介石，同在汕頭私下共商今後二人如何分工。
至1925年7月1日，廣東基本漸趨平定。於是，以繼續孫的遺志為號召，在廣州正式建國民政府，改選新的政府領導。仍是採合議制，汪精衛當主席。轄下設軍事委員會。以汪精衛、譚延輳А⒔�槭��Ｎ裎�保�艟�蘭嬡尉��嶂饗�Ｍ�保�∠�韉胤講慷用�疲�騁懷譜鞴�窀錈���虺啤腹��埂Ｓ苫破揖�Ｑг弊槌傻諞瘓�ň�そ�槭���芏骼慈握�尾恐魅危弧附ü�婢�梗ň�ぬ費雨＇）為第二軍；「建國滇軍」（軍長朱培德）改為第三軍；「建國粵軍」（軍長李濟深）為第四軍；以及閩軍（軍長李福林）為第五軍。依照蘇聯體制，設黨代表及政治部。於1926年1月又收編第六軍（軍長程潛）， 3月第七軍（軍長李宗仁） 6月第八軍（軍長唐生智）。這八支軍隊，亦構成以後的北伐軍，由蔣介石任總司令。同時決議北伐，以武統一中國，繼續孫中山未竟的夙願。
另外，在國民政府的範圍，另設各部部長。其中，外交胡漢民、財政廖仲愷、軍事許祟智等人分別出掌。
問題就是，在這次改組中，身為代大元帥的右派胡漢民，雖仍被舉為外交部長，但那時廣州政府根本未獲任何西方國家承認，所以，位如虛設，只得空銜。同時，在政府組織內，絕大多數部長都幾乎被共產黨員所佔。於是，右派就發狂起來了。他們暗殺了廖仲愷。那是在8月20日上午，改選後還不到個多月，當廖抵達國民黨部辦公室門口，就被幾人開槍襲擊。送醫院後不治。追查後抓到兇手，供出是胡毅生等買兇，因幕後主謀竟然是胡漢民之弟，胡因涉嫌遭到停職，繼而宣告下野出國歐遊他去。與此同時，軍事部長許祟智有多名部下涉案在內，蔣介石以粵軍有異動，勸許暫避上海，解散粵軍，再編入蔣的第一軍。
就因為這樁事，孫中山在生時所謂身旁「三傑」（即是廖仲愷、胡漢民、汪精衛），此際，左派廖仲愷被刺身亡，右派胡漢民下野出國，餘下的就只被認為屬中立派的汪精衛。汪掌黨政，蔣主軍務，開始二人首次合作。
然後，1926年3月20日又突然發生了中山艦事件。
本來中山艦事件可說是一宗小事，可是，卻演變為導致汪精衛下野的主因。整個事件是這樣的：1926年3月18日，黃埔軍校管理科駐省辦事處主任歐陽鍾向海軍局代局長李之龍致電，說是奉校長命，要李之龍調派兩艘軍艦開至黃埔候用。李遂籤令，發中山艦及寶璧艦前往。19日晨，兩艦抵達後向黃埔教育主任鄧演達問任務。鄧答不知情，轉問蔣介石。蔣答他沒有下這麼一個命令。鄧通告李之龍。據