。只是，因與陳炯明意見分歧，又發生廣州軍變事件。孫終離粵，逃歸上海；並且公開承認他的「護法」和「北伐」失敗。又過半年，孫又重組討逆軍，南下趕走陳炯明，重佔廣州，於1923年3月 2日，三組政府。但，又不稱「大總統」，這回反又回覆稱「大元帥」，在廣州設立大本營，同時，任命各部部長，如外交、財政、內務等，又回到軍政府架構。
就在孫中山反覆地在南方廣州三建政府的同時，北方北京政府亦先後在北洋軍閥的輪翻把持下，更換總統，更換總理。最初，張勳復辟失敗之後，皖系段祺瑞任總理，直系馮國璋任總統，曾是北洋軍閥中皖系與直系的短暫合作期，然後二人爭持不下，雙雙下臺，把無軍隊的親日派老官僚徐世昌推出來任總統。1919年底馮國璋病死後，直系勢力由曹錕及其部將吳佩孚接手。因此時段祺瑞操縱安福國會，可以左右總統徐世昌，並對曹錕及吳佩孚排斥。曹、吳二人終不服，遂發生皖直戰爭；直系因事先聯合東北奉系軍閥張作霖帶兵入關夾擊，皖系終告大敗，段祺瑞離北京。於是，直系、奉系成為*幕後的新主人，徐世昌給他們加了新的銜頭，曹、吳二人封為正副「直魯豫（河北、山東、河南）巡閱使」，張作霖則封為「東三省（遼寧、吉林、黑龍江省）巡閱使」，其實就是，北方的地盤基本上由他們瓜分了。該地方的一切，包括督軍任免，都要經過他們認可才算作實。雖然如此，彼此仍為爭奪軍火與地盤上的軍餉而逐漸不和。進而因為總理人選更替，直系與奉系產生了磨擦。奉系扶植親日派梁士詒組閣，但遭直系反對，雙方訴諸武力，「第一次直奉戰爭」就是這樣發生了。戰爭時間是1922年4月28日至5月5日。
據說，奉系張作霖於事前聯絡段祺瑞與孫中山，說服他們攜手對抗直系，因直系是三者共同敵人。段祺瑞是在「皖直戰爭」中被打敗；而孫中山的「北伐」對手亦是直系。但是，此仗張作霖打敗了。張率他的部隊回返東北，隨即宣佈獨立，儼如自成一國。他在等下一輪機會。
於是，直系獨掌*，叫總統徐世昌下臺，用黎元洪再任總統，並且，由曹錕擔任副總統。總理人選則是半年內竟然更換了七次，其次序是 周自齊、顏惠慶、王寵惠、唐紹儀、汪大燮、王正廷、張紹曾。那時，國會政制之混亂，北洋軍閥之擅權，舉此一例，可見其它。
其實，在那時期其它軍閥也是這樣。他們所率領的部隊，佔據一地或一省，既稱督軍，亦即省長，全是割地稱雄。勢力可能有大有小。他們與中央的關係是口頭上的默契。若是強的中央，號令還被尊重；若是弱的政府，只好任他胡為。或者，美其名叫自治。北方固然如此，南方同樣類似。這些軍閥的勢力基本上是來自各自率領的部隊。但是，部隊的維持則需要軍餉。軍餉要靠當地百姓，或強徵迫收，或明目搶掠。所以，只有地大民富，才會軍大勢大。
最大軍閥的好處是操縱政府，進而代表政府。然後，以名義上合法的地位，以原則上操縱的主權。譬如，用各地鐵路權，用全國關稅權，諸如此類作為抵押，向外國的銀行（例如，日本的、英美的）進行種種貸款。他們所得，多數用來養軍，備軍，擴軍。這些情況就是當年的怪現象。段祺瑞執政時曾是這樣，張作霖是這樣，吳佩孚也這樣。彷佛這是（他們所知道的、而又在奉行的）唯一方法。所謂外國支援就是這類交易；張作霖與日本，吳佩孚與歐美。都是如此，關係密切。
曹錕想當總統，千方百計進行。吳佩孚原本是曹錕部將，所以對曹錕尊重和支援。曹錕為了要以合法名義當上總統，先逼退徐世昌，迎黎元洪覆職，但又經常對黎百般刁難，數易總理，恐嚇刻薄，直到迫黎辭職出逃。然後，曹錕利用每張選票5000大洋賄賂國會議員，於1923年10月6日當選為大總統，並且，只以一個月期限便又由賄選國會起草透過一部曹錕憲法。凡此種種，均惹非議。然後也因這些，便給奉系和其它人有藉口筆誅口伐和出兵了。
1924年9月15日至11月3日又再發生「直奉戰爭」，是第二次，直系打敗。這一回吳佩孚曾親自督戰山海關。不過，因為張作霖除了再領兵入關，又聯絡了皖系的倖存者浙江的軍閥盧永祥，及南方軍政府的孫中山，並且得到他們同意支援，或是出兵，或是聲援，一齊向直系曹錕、吳佩妥出擊。這種組合是第二次。戰爭分為東西兩路進行。吳佩孚的江蘇軍隊先與浙江的盧永祥開戰，吳勝，盧敗；盧逃日本。另一路是，北阻奉軍。直系第十一師師長馮玉祥本是領軍去打奉系張作霖，但他陣前倒戈之後回師北京