，不覺心生大恨，自此便與高拱結下了不共戴天之仇。
馮保雖然沒有當上掌印太監，但由於長期擔任司禮監的秉筆太監，權位也十分重要。因此，他和高拱之間經常發生磨擦爭鬥。到了穆宗駕崩和萬曆皇帝登基這段時期，雙方的爭鬥達到了白熱化的程度，無不絞盡腦汁想利用改朝換代的機會將對方置於死地。
正在這劍拔弩張之時，高拱最先瞅準了一個機會。
就在萬曆皇帝登基的那天，百官齊集金鑾殿朝賀。不知是馮保為穆宗的遺詔得以順利傳示而感到高興，還是出於其它的考慮，他竟立在御座之側，怡然自得地看著眾臣僚。這種間接地接受百官跪拜的舉動，使得舉朝譁然，驚憤不已。更出人意料的是，禮畢之後，馮保即奉旨督領東廠事務。這個變更，使高拱頓時感到自己面臨的巨大威脅。因為誰都知道，這個號稱東廠的專向皇帝一人負責的特務組織，是什麼事都幹得出來的，誰都無法保證自己不會落入這幫殺人不眨眼的特務的魔掌之中。而馮保在最想收拾的臣僚中，第一個當然是高拱。處於巨大威脅之中的高拱，自然不能坐以待斃，退朝後，他立即發動全體言官（給事中、御史），依仗人多勢眾，猛烈參劾馮保矯詔等罪行，以達到先發制人的目的。高拱認為，僅此一條，就可以置馮保於死地。
但是，素來驕傲自大的高拱卻錯誤地估計了形勢，也低估了馮保的能量。他萬萬沒有料到馮保在將這些奏章全部扣匿的同時，又跑到張居正跟前求計。張居正的性格恰好與高拱相反，他精於謀略，城府極深，對於高拱的高傲獨斷，專橫跋扈，從不把別人放在眼裡的作法自然是深惡痛絕，心中早有除掉高拱的打算。只是時機尚未成熟，也就未有半點流露，他在默默地等待時機。現在，時機終於到來了。作為英雄，首先要善於抓住時機，否則，便不再是英雄。
當馮保懷著驚恐而又冷酷的表情前來求計時，張居正深知雙方的決戰已不可避免，既然戰刀已經出鞘，就很難不帶血而還。既然爭奪和拼殺的目的都是為了自己的權勢，那麼此時的張居正也就顧不得其它了。於是，他順水推舟，以政治家出色的才能，為馮保獻出奇計。他知道，只要此計成功，高拱必敗無疑。
馮保按照授意，急忙趕到萬曆的生母李太后、也就是剛加封不久的慈聖皇太后和萬曆的養母仁聖皇太后宮中，磕頭不絕，聲淚俱下，添油加醋地將高拱在穆宗駕崩時所說的“十歲太子如何治天下”一句，纂改成“高拱斥太子為十歲孩子，如何做人主”，並謊稱高拱要廢掉萬曆，準備擁立周王做皇帝……萬曆皇帝的母親雖是太后，其實只有30多歲，對政治角逐的洞察力自然不夠敏銳，況且她早已風聞高拱其人專橫跋扈，在朝廷唯我獨尊，有時連太后和皇上也不放在眼裡。終於，在馮保一番入情入理的表演後太后震怒了，她決心懲治這位聲名顯赫的首輔大人。而在這場政治較量中，小皇帝萬曆也站在了馮保一邊。當萬曆還是皇太子的時候，馮保就日夜伴隨著他，提攜掖抱，悉心照料，幾乎形影不離。因此，小皇帝萬曆曾親切地稱他為“大伴”或“馮伴伴”，並視為心腹。
第二天，百官奉召在宮門前集合。馮保手執黃紙文書，諸臣下跪聽他宣讀。這是兩宮太后的懿旨，也是新皇帝的聖旨，“仁聖皇太后、慈聖皇太后、皇帝聖旨：告訴你等內閣、五府、六部諸大臣，大行皇帝賓天前一日，召內閣三大臣於御榻前，與我母子三人，親授遺囑：東宮太子年幼，全賴爾等大臣輔導，但大學士高拱，攬政擅權，威福自專，全不把皇上放在眼裡，使我母子晝夜不安……”黃紙文書一經宣讀完畢，大臣們一個個驚呆了，只有張居正心中有數。至於跪在前列的高拱更是神色大變。他已被褫去官銜職位，勒令即日出京，遣返原籍。這位聲名顯赫的內閣首輔原以為這次召叢集臣，是採納他的意見驅除馮保，沒想到大禍竟落到了自己的頭上，由於聖旨說“即刻起程，不許停留。”他連家也沒敢回，在街上僱了一輛牛車又羞又憤地回河南新鄭原籍去了。此時，張居正取高拱而代之自屬理所當然。但是，高拱和張居正之間的政治角逐卻遠沒有結束。既然高拱還沒有死去，隨時就有復仇的可能。也許，在這一點上，張居正尚沒有能力致高拱於死地。十年之後，高拱終於射出了復仇的利箭，致使張居正及其全家罹難。
高拱被趕走不久，另一名閣臣高儀也病故了。這兩個顧命大臣的一走一死，自然使已成為首輔的張居正高興異常。他推薦了一個對自己構不成威脅的好好先生、原禮部尚書呂調陽入閣作為自己的助手，而實際上的朝政大權則完全控制在張居正的手中——