，被晉安帝任命為都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事，又兼揚州牧，領荊、江、徐三州刺史，獨攬軍政大權。
桓玄野心**，並不滿足於已經得到的權力。元興二年（公元403年）九月十六日，他與其心腹現已升任散騎常侍的卞範之、侍中殷仲文密謀策劃，逼迫晉安帝下詔，任命桓玄為相國，封楚王，領地十郡，加九錫。
桓玄稱帝，把本來已經十分混亂的東晉搞得一塌糊塗。他驕奢淫逸，遊獵無度。剛建十四年的宏大的冶城寺，被他下令拆毀，在宮城近旁修建了滿是亭臺樓閣的別苑（即今南京朝天宮），作為私人遊樂場所。他身體肥胖，乘馬不便，別出心裁地設計了有兩百人在前後左右抬著走的巨型抬轎；還設計了“徘徊輿”、“施轉關”，坐在轎內可隨意迴轉，瀏覽四方。他遊獵成嗜，每次外出，五六十里範圍內，旌旗漫野，獵騎如飛。凡隨獵將士讓獵物逃脫的，一律捆綁起來處置。所以，桓玄篡位不久，就引起廣泛的不滿。反桓玄勢力以劉裕為核心集結起來。
劉裕掌權
元興三年（公元404年）二月，也就是桓玄篡位三個月後一天清晨，劉裕一夥闖進京口，殺了桓修；同一天，劉裕弟弟劉道規、孟昶、劉毅等在廣陵下手，砍死了桓修的胞弟、青州刺史桓弘，然後南渡長江在京口和劉裕等會合，共推劉裕為盟主，進軍京師，同時向各地發出討伐桓玄的檄文。
劉裕興兵伐罪的訊息傳到京師，桓玄嚇得夜不能寐、茶飯無進。他任命揚州刺史桓謙為征討都督，率兵抗擊，卻潰不成軍。桓玄隨即丟棄建康，順長江西逃。路經尋陽，他還裹脅廢帝司馬德宗，退到江陵。回到他的起家地之後，又任命文武百官，演出了“遷都”江陵的鬧劇。
劉裕佔領建康後，把桓氏親屬全部捕殺，還宣稱受晉安帝密詔，任命武陵王司馬遵為侍中、大將軍，暫行皇帝的一切權力。之後，劉裕同桓玄在武昌（今湖北市鄂城）的崢嶸州展開決戰，桓玄大敗被殺。桓玄從403年十二月六日稱帝，到404年五月二十六日身亡，只當了一百六十一天皇帝。東晉的歷史就這樣中斷了五個多月。
皇帝司馬德宗是劉裕篡位的最大障礙。但是，他覺得要是從一個飢飽不知的白痴手裡取得皇帝寶座，畢竟有失體面，就採取了陰謀暗害的手段。義熙十四年（公元418年）十二月，劉裕加快了稱帝的步伐。他私下派遣中書侍郎王韶之，勾結內宮侍從，打算用毒酒害死晉安帝。不巧的是，晉安帝的胞弟琅琊王司馬德文每天從早到晚形影不離地陪伴著他，無從下手。有一天機會終於等到了，司馬德文因病外出，王韶之乘機潛入內宮，兇殘地將晉安帝活活勒死，時年三十七歲。劉裕同時宣遺詔，要琅琊王、司徒司馬德文繼位，史稱晉恭帝。三十二歲的司馬德文從胞兄手裡接過皇位後，第二年改元“元熙”。
帝死之謎
晉恭帝司馬德文，曾受封為琅蚜王。劉裕殺安帝后，見時機尚不成熟，就偽造遺詔，於同日立司馬德文為帝。第二年改年號為“元熙”。
公元419年6月，劉裕見時機成熟，於壬戌日命令黨徒傅亮草擬好禪位詔書，入宮逼司馬德文謄抄。司馬德文強作歡顏地對左右說：“桓玄篡位，晉朝那時已經失國，多虧劉公（劉裕）出兵討平，恢復晉朝，才得以再延續了近20年。今日禪位，我心甘情願，沒有什麼怨恨。”說完，提筆抄謄詔書，交給了傅亮。然後，攜同后妃等眷屬悽傷出宮，被劉裕降封為零陵王，遷居秣陵縣城（今湖北省荊門縣），由冠軍將軍劉遵考帶兵監管。東晉滅亡。
司馬德文皇后的兄長褚秀之、褚淡之，原封為晉朝的太常卿和侍中。這時見皇帝、皇后落難，他們就背叛求榮，甘當劉裕的走狗，協助監視帝后。褚皇后生下一個兒子，褚秀之兄弟遵照劉裕命令，將男嬰害死。劉裕也想暗害司馬德文，司馬德文因而日夜驚恐，整天和褚皇后共處一室，一切飲食也都由褚皇后親自動手，使劉裕一時無法下手。
公元420年9月，劉裕命令琅蚜侍中張偉攜毒酒一瓶，前去秣陵鴆殺司馬德文。張偉不忍謀害故主，回去又難以交代，就飲毒酒自殺。劉裕聞訊大怒。於丁丑日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的親兵暗暗跟在後面。褚皇后聽到兄長來了，出外相見。親兵乘機越牆*司馬德文室內，將毒酒放在他面前，逼他快飲。司馬德文搖頭拒絕說：“佛教說：人凡自殺，轉世不能再投人胎。”兵士便將他挾上床去，用被子矇住他臉面，用力扼死，然後跳牆而去。司馬德文被殺後，諡號為恭帝。
………【第二十三篇 司馬德