戰勝利後，國民黨軍加緊對中原解放區進行包圍和蠶食，伺機消滅中原軍區部隊。所以該電又說：你們的處境是艱苦的，一切計劃要放在克服困難、長期堅持鬥爭的基礎上，不要過多寄託在停戰和平的希望上；要放在獨立堅持、自力更生的基礎上，不要過分放在希望外援上。中央軍委關於這個對頑固派鬥爭方針的指示，“為中原我軍用革命的兩手反對反革命的兩手指明瞭政治方向，提供了思想武器”。
國民黨當局依仗美帝國主義的支援和援助，在完成戰爭準備後，徹底撕毀停戰協定和政協決議，在1946年6月，悍然向解放區發動全面進攻，又一次把人民推入內戰的火海。彭德懷根據當時敵強我弱的形勢，在他擬稿的中央軍委電報中指出：“對優勢之敵作戰，必須從戰役戰術上去分散敵人，才能取得各個殲敵的機會與勝利”。強調“防禦是為著集結主力，消滅敵人”，要以少數兵力防禦阻擊，集中絕對優勢兵力、兵器，擊破敵人一點，各個殲滅。只有殲滅戰才能培養我軍戰鬥作風，打出威風，提高士氣。
中央軍委在國民黨軍的全面進攻尚未被粉碎時，已經著手籌劃戰略出擊，經略中原的問題。1946年11月3日，彭德懷起草的中央軍委致薄一波、王宏坤、楊立三⑤ 電即指出：來年春或初夏向中原出擊，須預先密籌經費，主要是衣服、油、鹽、小菜錢。可否籌10萬至15萬兵一年的上述經費？1947年1月2日又致電劉伯承、鄧小平、滕代遠、薄一波⑥，明確指出：“根據現在情形，打退敵戰略進攻和自己的必要準備，戰略出擊須在今年6月或更遲一點。但各項準備工作須分別輕重緩急開始進行。”在2月1日的中央政治局擴大會議上，彭德懷報告了軍事鬥爭形勢，指出，敵可能被迫停止全面進攻，我軍在六、七、八月就可以打出去一些。後來出擊中原的歷史性轉折表明，彭德懷這些意見和論述是經過深思熟慮的遠見卓識。
在蔣介石發動全面內戰後，彭德懷以很大的注意力集中於保衛延安的部署上。1946年10月間，長期包圍陝甘寧邊區的胡宗南集團蠢蠢欲動。為挫敗國民黨軍偷襲延安的計劃，10月19日，彭德懷代中央軍委起草了關於保衛延安的部署，指出：胡宗南部正積極準備進攻延安，我必須破壞此陰謀。為此，令晉綏軍區張宗遜迅即率領兩個主力旅開延安，愈快愈好。同時致電陳賡、謝富治：望佈置晉南地方兵團在三角地區加緊活動，牽制推遲胡宗南進攻延安。
為了進一步加強戰備工作，彭德懷和習仲勳受中共中央的委託，於1946年12月中旬到山西離石高家溝，主持召開有賀龍、陳賡、李井泉、王震、羅貴波等參加的陝甘寧、晉綏和晉冀魯豫的太嶽地區的高幹會議。會上研究了加強統一領導，兩區的聯防部署和密切配合作戰，開闢呂梁區工作等問題，以回擊敵人對陝甘寧邊區的進犯。隨後，彭德懷即代中央軍委擬電規定：陳賡第四縱隊的建制仍屬劉鄧集團，軍事指揮暫直屬軍委。
到1947年2月，國民黨軍胡宗南部已是箭在弦上，即將進攻陝甘寧邊區。2月下旬，彭德懷再次寫了關於保衛延安的部署，要求防禦部隊利用第一線堅固陣地，有利地形，依靠優越的群眾條件，頑強抗擊，消耗疲憊敵人，以利主力出擊。在3月上旬寫的軍委指示裡，調整了延安的防衛力量和守備任務。同時令王震率三五九旅及獨四旅從延水關西渡，隱蔽集結延長附近，以增強保衛邊區的力量。
在中共中央和中央軍委領導下，在彭德懷的具體指導下，陝甘寧邊區軍民為粉碎國民黨軍的重點進攻做了大量的準備工作，為以後西北解放戰爭的勝利創造了條件。
國民黨政府向解放區發動全面進攻8個月之後，美式裝備的國民黨軍被小米加步槍的人民解放軍殲滅了71萬，被迫放棄全面進攻。國民黨軍統帥部捏緊拳頭，把兵力集中於解放區的東西兩翼，企圖先佔領陝北和山東，割斷解放區兩臂，然後在華北與解放軍的主力決戰。
1947年2月28日，蔣介石把他的西北軍政大員胡宗南召至南京，具體部署進攻延安，想以攻佔延安來實現其“摧毀匪方黨、政、軍神經中樞，動搖其軍心，瓦解其鬥志，削弱其國際地位”的心願。蔣介石把在西北的34個旅25萬兵力組成南、西、北3個集團，以其“西北行轅”的馬鴻逵、馬步芳和“晉陝綏邊區總部”的鄧寶珊軍在西線和北線鉗制配合，以第一戰區①胡宗南主力從南線突破，奪取延安。其意圖是，驅逐中共中央和人民解放軍總部出西北，在延安及其附近圍殲西北解放軍，或逼解放軍東渡黃河，由胡宗南部與黃河以東的