經二十八歲了，到這時，他已是一位成熟的政治家了。
隨後，他開始著手統一臺灣。明天啟四年（1624年），荷蘭人侵佔臺灣。1661年，民族英雄鄭成功從荷蘭人手中成功收復臺灣後不久病逝。其子鄭經繼位，繼續治理臺灣，與大陸上的清王朝分庭抗禮。康熙帝多次招撫不成，便下決心武力解決臺灣問題。
1681年鄭經突然病故，他的兒子鄭克塽繼任王位，臺灣內部發生內訌，康熙帝決定起用施琅攻臺。施琅原為鄭成功的得意愛將，後來背鄭降清。1663年，康熙帝曾命其出任福建水師提督，征討臺灣。他兩次出海，均遇颱風，無功而返。朝內一些大臣對他產生懷疑，但康熙帝力排眾議，仍然對施琅委以軍政全權。施琅於1683年取得海戰大捷，臺灣收歸清朝。
康熙設臺灣府，隸屬於福建。臺灣府下設三縣——臺灣縣（今臺南）、鳳山縣（今高雄）、諸羅縣（今嘉義），派總兵官一員、率官兵八千，駐防颱灣。從而加強了中央對臺灣的管轄，促進了臺灣經濟文化的發展。
清王朝在中國的統治穩定下來了。但是，還有一點叫康熙帝不大放心，這就是怕有些明朝留下來的文人心裡不服。於是，他採用了一個辦法：開“博學鴻詞科”，命令各地官員和朝廷大臣，把有學問的文人推薦給朝廷，馬上封他做官。這一招果然很靈，不少全國著名的學者、文人應召到京城，做起官來了。
雅克薩的勝利
正在朝廷慶祝平定叛亂勝利的時候，在我國東北邊境又傳來沙皇俄國侵犯邊境的訊息，這就使康熙帝不得不把注意力放到北方邊境上面去。
沙皇俄國是怎樣侵略我國東北的呢？原來在明朝末年，清朝正忙著進關，把北方邊境的防備放鬆了。沙皇俄國趁機向我國黑龍江地區進犯。他們在我國掠奪財物，殺害人民，遭到我國各族居民的反抗。清朝進關後，派兵打擊沙俄侵略軍，收復了被俄國佔領的黑龍江北岸的雅克薩（在今黑龍江呼瑪西北，漠河以東的黑龍江北岸）。
當康熙帝為了平定三藩，把大批兵力調到西南去的時候，有個俄國逃犯帶了八十四名匪徒竄到我國雅克薩，在那裡築起堡壘，四出搶掠。他們把搶來的貂皮獻給沙皇。沙皇不但赦免了逃犯的罪，還派他當了雅克薩長官，想永遠霸佔我國土地。
康熙帝剛剛平定了三藩之亂，聽到東北邊境遭到侵犯，怎麼不氣憤？為了弄清敵情，他親自到盛京，一面派將軍彭春、郎談借打獵為名到邊境偵察；一面要當地官員修造戰船，建立城堡，準備征討敵人。
康熙帝作好一切準備之後，派人送信給雅克薩的俄軍頭目，命令他趁早退出雅克薩，沙俄軍不但不肯退出，反而向雅克薩增兵，跟清朝對抗。眼看和平解決已經不可能了，康熙帝就釋出進軍的命令。
1685年，康熙帝派彭春為都統，率領陸軍水軍一萬五千人，浩浩蕩蕩開到雅克薩城下，把雅克薩圍了起來。
沙俄軍隊經過幾年的準備，把城堡修得十分牢固。彭春觀察了地形之後，在城南筑起土山，讓兵士站在土山上往城裡放弩箭。城裡的俄軍以為清兵要在城南進攻，就把兵力拉到城南。哪兒知道清軍卻在城北隱蔽地方放了火炮，乘城北敵人防守空虛，突然轟起炮來。炮彈在城頭呼嘯著飛向城裡，敵人的城樓被炮彈擊中了，熊熊燃燒起來。
天色漸漸發白，清軍又在城下堆起柴草，準備放火燒城。俄軍頭目這才嚇慌了神，在城頭上扯起白旗投降。
按照康熙帝的事前囑咐，彭春把投降的俄軍全部釋放，勒令他們撤回本土。俄軍頭目托爾布津哭喪著臉，帶著殘兵敗將走了。
俄軍撤走後，彭春命令兵士把雅克薩城堡全部拆毀，讓百姓耕種；接著，帶著軍隊回到璦琿城。但是，遭到慘敗的俄軍頭目並沒有死心，他們打聽到清軍撤出的訊息，過了不久，又帶兵溜回雅克薩，把城堡修築得更加堅固。
邊境的警報傳到了北京，康熙帝決定把侵略軍徹底消滅。第二年夏天，黑龍江將軍薩布素再一次進軍雅克薩。清軍將士想到從他們手裡放走的敵人又來了，恨不得馬上把他們消滅。這一次，清軍的炮火更加猛烈，俄兵幾次出城反撲，都被清軍打了回去。守城頭目托爾布津中彈死去；留下一批侵略軍不得不躲到處窖裡，但是沒幾天，病的病，死的死，最後只剩下了一百五十個人。
沙俄政府慌忙派使者趕到北京，要求談判。康熙帝這才下令停止攻城。
1689年，中國政府派出代表索額圖，沙俄政府也派出戈洛文做代表，在尼布楚