些“仰懇皇仁，撤回安藩”之類的話，其實際用意是在試探朝廷的態度，這一點，清廷大臣們一眼就看出來了。
這些奏章送到朝廷，康熙帝召集朝臣商議。許多大巨認為吳三桂他們要求撤藩是假的，如果批准他們的請求，吳三桂一定會造反。圍繞著是否撤藩這一問題，清廷展開了激烈的爭論。絕大多數大臣找出種種理由來推搪，認為不可撤藩，其實只有一個原因，就是害怕吳三桂等人造反。只有兵部尚書明珠、刑部尚書莫洛等幾個大臣主張撤藩。幾次討論，都未取得共識。這時，康熙力排眾議，十分決斷地指出：“三藩久握重兵，蓄謀已久，撤藩，他們要反；不撤，他們遲早也要反。與其晚撤，不如早撤。只是一邊撤藩，一邊準備應戰罷了。”於是，康熙派出使者，催促三藩快撤。這一年，康熙十九歲。
詔令一下，吳三桂果然暴跳如雷。他自以為是清朝開國老臣，現在年紀輕輕的皇帝居然撤他的權，就非反不可了。
1673年，吳三桂在雲南起兵，自稱“天下都招討兵馬大元帥”。為了籠絡民心，他脫下清朝王爵的穿戴，換上明朝將軍的盔甲，在永曆帝的墓前假惺惺地痛哭一番，說是要替明王朝報仇雪恨。但是，人們都記得很清楚，把清兵請進中原來的是吳三桂；最後殺死永曆帝的，還是吳三桂。現在他居然打起恢復明朝的旗號來，還能欺騙誰呢？
叛亂的形勢正如康熙當初估計的一樣，吳三桂在西南一帶勢力大，一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信和福建的耿精忠聯絡，約他們一起叛變。這兩個藩王有吳三桂撐腰，也反了。歷史上把這件事稱做“三藩之亂”。
一石激起千層浪。三藩一亂，“東南西北，在在鼎沸”，京城裡有楊起隆舉事，察哈爾有阿爾尼叛亂，四川、廣西一帶的文、武官員也附合響應，半個中國都燃起了叛亂的戰火。而且，先後發生京師大地震、太和殿火災，康熙帝愛後赫舍里氏也崩逝。朝裡與朝外，外叛與內變，雷火與地震，天災與人禍，連連擊到年輕的康熙皇帝身上。一時間人心惶惶，京師不少官員甚至把家眷送歸江南鄉里。
青年天子玄燁在危急時刻，持心堅定，氣靜不慌。原來主張不可撤藩的大學士索額圖、戶部侍郎魏象樞等，提出要處斬建議撤藩的大臣。康熙帝義正詞嚴：撤藩出自朕意，他們何罪之有？這就堅定了主張平叛的大臣的決心。他下詔削奪吳三桂的官爵，公佈其罪狀。不久又將留居京師的吳三桂之子應熊、孫世霖等逮捕處死。這樣，朝廷官員知道，朝廷再也沒有退路，只有同吳三桂等叛軍決一死戰，清廷因此統一了思想，堅定了信念。
訊息傳到吳軍，吳三桂正在吃飯，聞訊大驚。後西藏五世達賴喇嘛為吳三桂說情，請求朝廷“裂土罷兵”，遭到康熙帝的堅決駁斥。他為了安定驚恐的軍心、慌亂的民心，每天遊景山，觀騎射，以示胸有成竹。有人進行諷諫，康熙置若罔聞。事後他說：“當時我要是表現出一絲驚恐來，就會人心動搖，說不定會出現意外的情況！”他的堅定決心和平靜心態，對於穩定大局和安定人心，起了很大的作用。
吳三桂開始打了一些勝仗，但康熙帝並沒有被嚇倒，而是首先確定正確策略，認為“三藩”之亂以吳三桂為首，其餘多是脅從，若能擊敗吳三桂，其餘叛軍不難攻破或是收服。於是一面調兵遣將，集中兵力討伐吳二桂；一面停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號，把他們穩住。尚之信、耿精忠一看形勢對吳三桂不利，又投降了。因此，清兵越來越多，越打越強，吳三桂的力量漸漸削弱，被分化瓦解，困在了湖南，處境十分孤立。
1678年，康熙收復了瀏陽等湘地的許多城池，吳三桂知形勢不好，想趕快過一過皇帝癮，就馬上撕下“復明”的假面具，於三月二十三日在衡山祭天，自稱皇帝，改元昭武，改衡州為定天府。
同年八月，吳三桂連悔帶恨，生了一場大病斷氣身亡。隨後，其孫吳世�Ъ次唬�司菰頗稀�1681年，清軍分三路攻進雲南昆明，吳世�Х�咀隕保�渫仿�桓釹濾屯�┏牽�餿�鴇瘓蚍卣酃恰９⒕�搖⑸鋅尚諾熱艘蒼繅馴簧保�ㄉ碌鵲匾慘啞蕉āＵ庋��伊稅四曛�茫�厶諏聳�喔鍪》蕕摹叭��敝�抑沼詒懷溝灼蕉�恕！�
群臣請上尊號，康熙帝嚴辭拒絕。他認為，八年戰火，生民塗炭，應該務實，切戒虛名。
在平亂之中，康熙的英勇睿智表現在三個方面：一是堅決平叛，臨亂不驚；二是方針正確，先攻吳三桂，分化收服其餘；三是調兵遣將，指揮得當。平叛過後，這位少年天子已