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據說，努爾哈赤及其許多兒子都目不識丁，只有第八子皇太極略通文墨，可見，滿族人重武輕文，到康熙這一代，仍無多少禮教觀念。然而，康熙畢竟生活在漢人地區，漢族的文化開始滲透到滿族的貴族之中，再加上滿族人從皇太極開始就十分重視漢族的文化，因此，康熙自幼年起就開始大量接觸中國的文化典籍了。
況且康熙本人也是一個愛讀書、愛思考的人，對於中國傳統文化的學習，他是發自內心，是主動的，而不是像前代的許多皇帝那樣成天被人“諄諄教誨”被動地接受的，因此，康熙的努力學習，並未對他健全的性格產生不良的影響，相反，增長了他的見識，開闊了他的視野，他是一個真正善於讀書而又能用書的人，甚至可以這樣說，康熙之所以成為一位英明的君主，其根本原因就在於他能活學活用中國的傳統文化。
在剷除鰲拜之後，康熙又面臨著一個十分棘手的問題——曆法之爭。
在順治時期，西方的傳教士就進入了中國，湯若望等一批人還受到了特殊的優待。在這一時期，湯若望用西方較為先進的演算法推算出了一部天文曆法，順治把他封為“通玄法師”，並任欽天監監正（國家天文臺臺長）。這套曆法在當時是較為準確的，但有一個叫楊光先的人投靠鰲拜，上書清廷，說湯若望在《時憲曆》的封面上印上了“依西洋新法”字樣，是要清朝屈服西方，是“陰行邪教”，如果廢了黃帝以來的中國天文曆法，那就要把堯舜以來的禮儀制度都要廢掉。楊光先的理論在今天看來十分荒唐可笑，不會有人理他，但在當時卻是一種很厲害的理論。在鰲拜的支援下，楊光先出任欽天監監正，朝廷的許多大臣也都主張廢除洋法，用中國的舊曆法。禮部、刑部還做出了決定，殺了一批主張用洋曆法的大臣。虧了太后的保護，湯若望才免於一死。但從此朝廷形成了兩個曆法派。
康熙本人對曆法了無研究，不能做出決斷，但他知道不能用祖宗的規矩來壓制西洋的先進的東西。在剷除鰲拜以後，康熙想實事求是地解決這一問題。於是，他一邊派傳教士南懷仁去推算比較兩種曆法，一邊自己刻苦學習，瞭解了曆法的大概。
經過研究和使用，楊光先的歷法屢屢出錯，因此，康熙廢了舊曆法，推行新曆法，並以實事求是的態度來同大臣們講明道理，較好地解決了新舊曆法之爭，也顯示出了康熙認真求實的態度，為他進一步贏得了威信，。
平定三藩
康熙帝親自執政後，大力整頓朝政，獎勵生產，懲辦貪汙，使新建立的清王朝漸漸強盛起來。當時，南明政權雖然已經滅亡。但是南方有三個藩王卻叫康熙帝十分擔心。
這三個藩王本來是投降清朝的明軍將領，一個是引清兵進關的吳三桂，另兩個是尚可喜和耿仲明。因為他們幫助清朝消滅南明，鎮壓農民軍，清王朝認為他們有功，封吳三桂為平西王，駐防雲南、貴州；尚可喜為平南王，駐防廣東；耿仲明為靖南王，駐防福建，合起來叫做“三藩”。
三藩佔據要地，擁兵自重，成為清初的三個地方割據勢力，其中以吳三桂實力最強，驕橫不法。從順治朝開始，軍費開支浩大，每年入不敷出。以順治十七年（1660年）為例，國家正賦收入銀875萬兩，而云南一省就要支出銀900多萬兩，竭全國之財力，尚不足一藩之需求。到了康熙初年，財政困難局面仍舊未見好轉。國家錢糧，大半耗於三藩。三藩在自己的獨立王國裡，設立稅卡，私行鑄錢，圈佔土地，掠賣人口。吳三桂還自行選派官員，稱為“西選”，根本不把清朝廷放在眼裡。
康熙帝知道要統一政令，三藩是很大的障礙。因此，他的態度極為明確，那就是堅決削藩，不能姑息養奸。不過，康熙也有自己的打算，他想，叛亂晚發生一天，就對自己有利一分，因為從年齡上講，自己會一天天地長大，而吳三桂會一天天地老下去，自己會準備得越來越充分，而吳三桂則只會越來越不得人心。
正好康熙十二年（1673年），尚可喜年老多病，把藩事交於其子尚之信代理。尚之信掌權以後，殘忍好殺而又多行不義，尚可喜受不了其子的挾持，便上書請求撤藩，要求告老還鄉，並讓其子襲爵。康熙帝批准尚可喜告老，但是不讓他兒子接替平南王爵位。
當時，吳三桂的兒子吳應熊在北京，聽到這一訊息後，立即飛馬報告了雲南的吳三桂，吳三桂又告知了福建的耿精忠（耿仲明的孫子），兩人均感驚慌，因為他們害怕撤藩。在幕僚的勸說之下，吳三桂與耿精忠均於這年的十月上書，請求撤藩，說了一