，拿破崙趕到耶拿，他徒步登上耶拿城西北1英里半的蘭德拉芬高地，仔細觀察了敵軍前哨所扼守的陣地。他命拉納守住這塊高地，以掩護耶拿附近薩勒河上的渡口。
13日夜間，大霧籠罩著薩勒河谷及其四周的高地，法軍藉助著這濃霧，神不知鬼不覺地整夜沿著狹窄彎曲的小路調動兵力。
正如拿破崙所料，普軍13日之前在魏瑪、耶拿一帶集結兵力達18萬人，數量對法軍處絕對優勢。此時若能積極迎戰，尚可與法軍抗衡。然而，大戰即將來臨，普軍的戰守之策仍存分歧。一種意見認為普軍應轉進北方，另一種意見則認為應趁法軍渡河之機發動進攻。
軍事會議在大本營開了9小時，久議不決。在軍情緊急之際開如此冗長的會議，喪失了寶貴的戰機和時間，法軍得以更多地集兵，形成對耶拿的包圍之勢。13日，普軍得知要地瑙姆堡被達武軍所佔，頓時震駭。布倫瑞克早無決戰之意，便同意主力轉進北方。普軍臨陣退卻，無異於怯敵逃跑，這使本來就不甚明確、統一的作戰計劃更加混亂，士氣極為低落。
法軍集兵耶拿後，即作準備攻擊。10月14日拂曉，天氣異常寒冷，晨霧越來越濃，拿破崙由一群侍衛簇擁著，騎著馬來到部隊中間，檢查戰鬥前的準備情況。他們打著火把行進，有意大聲喧譁。拿破崙不時地同士兵和軍官們交談，激勵他們的鬥志，他一再宣稱：今天氣魯士軍隊的處境，就和一年前奧地利軍隊在烏爾姆的處境一樣。拿破崙走到哪裡，哪裡就是一片歡呼聲。歡呼聲穿過濃霧，傳到了普軍兵營，普軍個個心驚膽顫，預感到厄運的來臨。
6時許，拿破崙下令攻擊，法軍乘霧而進。拿破崙萬萬沒想到此時他們面對的只是擔任後衛的霍恩洛厄軍團，普軍主力早已悄悄北退了。戰鬥一開始，法軍就佔了上風，霍恩洛厄的幾個師被打得落花流水。拉納軍繼續攻擊前進，霍恩洛厄命20000人排成密集的橫隊，向拉納軍團發起猛烈攻擊。拉納見敵眾我寡，命軍隊採取守勢。剎那間，法軍不見了，只見一顆顆子彈、一串串炮火從房屋後、從果園裡、從斷牆邊不斷朝密集的普軍飛來。於是，軍事史上最出奇最不幸的怪事出現了：一個極為壯觀的步兵陣線，在整整兩個鐘頭內，站立在開闊地帶上，任其法軍無情火力的掃射，而毫無還手之力，因為他們根本找不到還擊的目標。普軍死傷枕藉。
霍恩洛厄見情勢危急，急派人向在魏瑪的呂歇爾軍求援。呂歇爾軍距此地僅10公里，但遲遲不至。薩克森師也未能及時投入戰鬥。與此同時，法軍卻是援兵迭至：蘇爾特軍團的二個師已進至拉納軍團的右翼；內伊軍團精兵一部也已參戰；奧熱羅軍團第二師進至普軍右翼薩克森附近；騎兵軍團五個師亦將集於戰場。10時左右，濃霧消散了，和煦的陽光照耀著威武雄壯的法國部隊，顯得那樣精神抖擻，士氣高昂。普軍在法軍的打擊下，已奄奄一息。霍恩洛厄見形勢不妙，終於不顧一切，把所有預備隊都投入了戰鬥，企圖堅持到呂歇爾援軍的到來。
中午12時左右，拿破崙意識到發起最後攻擊的時刻到了，立即將預備隊、近衛軍、騎兵軍全部投入戰鬥，向已動搖的普軍猛撲過去。普軍抵擋不住，沿著山坡潰逃，法軍窮追猛打，普軍死傷者無數。與此同時，扼守魏瑪公路的三個薩克森師全被圍殲。
這時，霍恩洛厄還抱著最後一絲希望，就是援軍馬上到來，使潰散的部隊躲在援軍後面，以免全軍覆沒。不過，呂歇爾將軍可沒有他那樣焦急。他接到求援信後，不慌不忙地將15000人排列整齊，緩緩而行。直到下午2時，呂歇爾的先頭部隊才與法軍遭遇。普軍排著整齊的隊形，邁著穩健的方步，剛剛靠近法軍，還沒來得及排開戰鬥架式，就被蜂湧而至的法軍打得無法招架。15分鐘內，損失兵力一半以上，倖存的普軍紛紛掉轉頭來，朝著魏瑪方向猛逃。在法軍旗兵的追擊之下，呂歇爾身負重傷，差點喪命。
下午4時，法軍成縱隊追擊普軍的殘兵敗將。他們如秋風掃落葉一般橫掃著一切，不抓俘虜，不聽求饒，見普軍就殺，潰逃的普軍大都成為法軍的刀下之鬼。夜幕降臨時，追至魏瑪的法軍在一片勝利的歡呼聲中得意地返回了耶拿城。到此時之止，拿破崙仍然認為他所擊敗的是普軍主力。
拿破崙回到耶拿城時，第三軍一個明託布里安的上尉已在那等候多時。這位上尉向拿破崙報告說：第三軍在奧爾斯塔特擊敗了由布倫瑞克指揮的普軍主力50000人，普魯士國王和他的大本營也包括在內。拿破崙簡直不相信自己的耳朵，他大聲地對託布里安說：“