佐，相與持籌而算之。其利害審矣！後雖有智巧，莫能逾之矣！且以高皇帝之聖哲，猶俯循庸眾之所為，乃以今之庸眾，而欲易聖哲之所建，豈不悖乎？車之不前也，馬不力也，不策馬而策車，何益？法之不行也，人不力也，不議人而議法，何益？下流壅則上溢，上源窒則下枯：決其壅，疏其窒，而法行矣。今之為法壅者，其病有四：愚請頌言而毋諱，可乎？夫天下之治，始乎嚴，常卒乎弛；而人之情，始乎奮，常卒乎怠。今固已怠矣，幹蠱之道，如塞漏舟，而今且洩洩然，以為毋擾耳。一令下，曰：“何煩苛也？”一事興，曰：“何操切也？”相與務為無所事事之老成，而崇尚夫坐嘯畫諾之惇大，以此求理，不亦難乎？此病在積習者一也。天下之勢，上常重而下常輕，則運之為易。今法之所行，常在於卑寡，勢之所阻，常在於眾強。下挾其眾而威乎上，上恐見議而畏乎下，陵替之風漸成，指臂之勢難使。此病在紀綱者二也。夫“多指亂視，多言亂聽”，言貴定也。今或一事未建，而論者盈庭，一利未興，而議者踵至：是以任事者多卻顧之虞，而善宦者工遁藏之術。此病在議論者三也。夫屢省考成也，所以興事也，故採其名，必稽其實，作於始，必考其終，則人無隱衷而事可底績。今一制之立，若曰“著為令矣”，曾不崇朝，而遽聞停罷。一令之施，若曰“布海內矣”，而畿輔之內，且格不行。利害不究其歸，而賞罰莫必其後。此病在名實者四也。四者之弊，熟於人之耳目，而入於人之心志，非一日矣。今不祛四者之弊以決其壅，疏其窒，而欲法之行，雖日更制而月易令，何益乎？（文集三《辛未會試程策》二）
以上所說的是制度方面。在人才方面，居正說過，“為國家愛養人才，不敢以私意用舍。”這一點見出居正底精明。高拱掌握政權的時候，異己的人一概排斥，這是高拱底偏私，以後高拱得到攬權擅政的惡名，未始不由於此。居正從這方面，得到教訓，決不重蹈覆轍，這是一。其次高拱是一個幹練的吏部尚書，他所提拔的人，沒有不是當時的人才。隆慶三年的冬天，內閣決定進攻廣西古田“叛”僮的時候，高拱用殷正茂為廣西巡撫。正茂有才，但是貪汙是免不了的。高拱說：“給他一百萬，正茂也許吞沒一半，但是隻有正茂會把事情辦好。”後來正茂果然“平定”古田。隆慶五年遼東巡撫李秋去職，高拱主張任用張學顏。旁人不以為然，高拱說：“張學顏底才具，大家沒有知道，遇到盤根，自然會認識利器。”正在說著，吏部侍郎魏學曾來了，高拱向他要遼東巡撫。學曾思索很久以後，答覆道：“張學顏去得。”高拱得到這個印證，隨即提出學顏，後來在遼東也有極好的成績。高拱賞識的人才，不用，那才胡塗，這不是居正做的。居正曾經說過：孤雖不肖，其於人之賢否，略窺一斑，內不敢任愛憎之私，外不輕信譭譽之說。自當事以來，鑑前人之失，首陳皇極之論，以開悟上心，消彌偏黨。（書牘十一《答南列卿陳我度》）
最有興趣的是張佳胤。佳胤是當時有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱關係太深，又因為在應天巡撫任內，辦事棘手，他很有些消極，居正接連去過兩次信：自公在郎署時，僕已知公，頻年引薦，實出鄙意。不知者，乃謂僕因前宰之推用為介，誤矣。天下之賢，與天下用之，何必出於己？且僕於前宰（前宰指高拱）素厚，頃者不恤百口，為之昭雪，區區用舍之間，又何足為嫌哉？“蔡人即吾人”，況前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？願努力勳名，以副素望。（書牘五《答總憲張崌崍言公用舍》）
惟公俊才厚蓄，又富於春秋，不以此時取旗常，勒鐘鼎，乃顧戀庭闈，忘“在公”之義，非所望也。茲屬休明之會，方將招遺佚於薖軸，寧肯縱鸞鶴於雲林？大疏已屬部復，而雅志必不得遂。願勉奉簡書，以徇國事。（同卷《答總憲張崌崍》）
但是居正對於高拱底爪牙，決然不能容忍。他和汪道昆說：“二、三子以言亂政，實朝廷紀綱所繫，所謂‘芝蘭當路，不得不鋤’者，知我罪我，其在斯乎！”（同卷《答汪司馬南溟》）
高拱去了，政治中樞當然重有一番佈置。要求幹練如高拱的吏部尚書，是不可能的，但是當時有一個最負重望的大臣，這是管兵部尚書事的楊博。楊博自嘉靖三十四年以來，三任兵部尚書，嘉靖四十五年，調任吏部尚書，隆慶五年復以吏部尚書起用，在資望方面沒有比楊博再高的了。因此提出楊搏仍還吏部尚書。居正說過：今上登極，首命公還秉銓衡，餘受先帝遺託，方欲與公同心戮力，共佐休明。（文集五《襄毅楊公墓誌銘》）
居正又說到楊博