。等到風暴過去，十九日居正上朝的時候，高拱久已離開北京，內閣中的資望，更沒有比居正深的，因此他便循序坐升，成為首輔，而且因為高儀隨即於二十三日逝世的原故，居正成為惟一的顧命大臣，他在政治上的地位，更加鞏固。這一次政變底結果，居正是最大的收穫者。對於雙方底策劃，他不是不知道；對於馮保的誣衊，他不會不明白；高拱固然沒有擁立周王的陰謀，而且從宗支親疏的關係方面講，周王也沒有入承大統的可能。從政體的立場講，司禮監一部分的職權，應當交給內閣，“宮府一體”，原是居正底口號。從友誼的立場講，居正更應當援助高拱，他們不是十幾年的同僚嗎？然而他們底友誼已經生疏了！這不能不責備高拱，但是也何嘗能放過居正？他只是坐觀成敗，希望高拱底失敗，以完成自己掌握政權的目標。他給王崇古說：“冒死為之營訴”，是一句遁辭，為什麼要請假規避呢？不在會極門營訴而只憑事後的空言，要想博得外人底同情，希望不免太奢了！話又說回來，徐階失敗以後，居正曾經自咎以為“中人內構，不能剖心以明老師之誠節”。對於曾受大恩的老師，還談不到剖心營訴；那麼對於中經生疏的同僚，更從那裡說起！“政治家”不是聖賢，而只是“政治家”；誰願意為著別人，犧牲自己底政權呢。
這一次的政變，高拱底政權推翻了，居正底政權樹立起來，一切只是人事的變動，不是政策的變動。高拱是一個強幹的“政治家”，自兼吏部尚書，上午到內閣，下午到吏部，沒有一件積案，這是他辦事的能力。居正不兼部，但是對於內閣和六部底事情，沒有一件不曾洞察，他底精明，正抵上高拱底強幹。高拱對於同僚，不免高亢，居正稍為謙抑；高拱對於政敵，照例是不能容忍，有仇必報，居正稍知容忍，甚至量材錄用。不過這個分別，只是一個大概。最初掌握政權的時候，居正還有一些籠絡人才的意味，以後便日漸高亢，到了萬曆六年以後，簡直和高拱一樣。在這方面，他們中的區別，只是年齡的區別，等到居正過了五十以後，他底行為，便和高拱沒有分別。在應付官庭和內監方面，居正比高拱高明多了，他知道敷衍和遷就，他知道走曲線，然而他永遠認清政治目標，宮庭和內監對於實際的政治，沒有過問的餘地。高拱提高內閣政權的目標，在居正手裡完成，但是居正沒有遇到高拱所遇的挫折。不過這是高拱失敗以後，居正所得的教訓：假使高拱有第三次入閣的機會，以他那樣的能力，不是辦不到的。簡單一句，高拱和居正，只是同一範疇的人物，因為環境底不同，不免有少許的差異。不明白實際政治的人，也許因為他們不能合作，發生詫異，其實整個的政權不能容許兩個“政治家”共同掌握，正和整個的家庭不能容許兩個主婦共同主持一樣。
六月十六日過去了，十九日神宗召見居正。這時是辰刻，比平常的早朝，稍微遲一點。神宗吩咐居正跪到寶座面前，他說：先生為父皇陵寢，辛苦受熱，國家事重，只在內閣調理，不必給假。
居正叩頭，承認在閣調理，神宗又說：凡事要先生盡心輔佐。
在神宗提起穆宗對於居正的言論，稱為忠臣之後，居正感激涕零，不能仰視，俯伏奏稱：臣叨受先帝厚恩，親承顧命，敢不竭才盡忠，以圖報稱。方今國家要務，惟在遵守祖宗舊制，不必紛紛更改。至於講學親賢，愛民節用，又君道所當先者，伏望聖明留意。
“先生說的是，”神宗說。
“今天氣盛暑，望皇上在宮中，慎起居，節飲食，以保養聖躬，茂膺萬福，”居正說。
“知道了。”神宗又說，“與先生酒飯吃。”（奏疏二《謝召見疏》，對話用原文。）
居正在召見以後，有《謝召見疏》，歷稱：“臣之區區，但當矢堅素履，罄竭猷為，為祖宗謹守成憲，不敢以臆見紛更；為國家愛養人才，不敢以私意用舍：此臣忠皇上之職分也。仍望皇上，思祖宗締造之艱，念皇考顧遺之重，繼今益講學勤政，親賢遠奸，使宮府一體，上下一心，以成雍熙悠久之治，臣愚幸甚，天下幸甚。”
這一次的召見，是居正為首輔以後，第一次的召見。他發表大政方針，只說“遵守成憲”。這是居正和王安石不同的地方。宋神宗的時候，安石充滿了一頭腦的理想，他要改革，要創制；但是明神宗的時候，居正只是充滿了一頭腦的“成憲”，他只要循名，要核實。安石是理想的政治家，而居正是現實的政治家。居正所稱的祖宗舊制，便是太祖底舊制，一年以前，他為會試主考的時候，曾經說過：夫高皇帝之始為法也，律令三易而後成，官制晚年而始定，一時名臣英