日，決定延長，開中央政治局生活會。江青在底下佈置要大家批判劉少奇、鄧小平。生活會一開始，打頭陣的是謝富治，幾次會上只有周恩來、陶鑄始終不發言。9月間在北京先農壇體育場召開的紅衛兵萬人大會上，周恩來正在講話時，會場的一角突然喊出了“打倒劉少奇”的口號。周恩來聽到後，立刻轉過身去，背向會場，表示反對。直到會場平靜下來他才繼續講話，說：即使是犯了路線錯誤的同志，也不能說他是不革命的，更不能說他是反革命的。10月中旬，有的學生在天安門張貼“打倒劉少奇”的大字報，周恩來派童小鵬等去佈置勸阻。這時，清華大學“造反派”要王光美去聽取批判，周恩來批示：“我準備派人去錄音，帶回給王光美同志，而不要她去參加會議。”11月中，中央政法學院群眾組織要開會批中共北京市委第一書記李雪峰，從他上追劉少奇、鄧小平。周恩來得知後通知新華社：劉、鄧問題中央已經解決，不要在群眾中搞，中央不支援他們開這樣的會，新華社、人民日報社、廣播電臺都不要派人去參加。他給鄧小平打招呼，要他儘量少出中南海。12月，清華大學的群眾組織又提出要揪王光美回清華檢查，請示“中央文革”。“中央文革”回答：凡是革命的行動都支援。周恩來知道後囑咐，如來要人時必須向他請示，他們揪王光美就與劉、鄧聯絡起來，對劉、鄧不宜採取揪鬥辦法。1967年1月，在江青慫恿下，蒯大富用謊言企圖把王光美誆出中南海，周恩來得知後迅速驅車到劉少奇家，可惜王光美已被劫持到清華園。周恩來立即打電話批評蒯大富，指令他迅速送回王光美。蒯大富無視周恩來的指示，周恩來就派秘書到清華坐催，終於接回了王光美。同月，北京“造反派”在中南海各門外叫嚷要揪鬥劉少奇、鄧小平和其他負責同志，被周恩來斷然拒絕。7月，江青、康生、陳伯達等趁毛澤東不在北京之機，策劃了100多個群眾組織共1。5萬餘人在中南海西門外安營紮寨，要把劉少奇揪出中南海，幾百個高音喇叭對準中南海日夜狂吼。在這滔滔惡浪襲擊中，周恩來獨撐危局。他親自打電話批評群眾組織頭頭說：“你們如果衝中南海，就是錯誤的，錯誤的，錯誤的。”他堅定地說：“我就是大炮轟，也不能離開中南海！中南海是黨中央所在地，你們要想衝進中南海，除非從我身上踏過去。”他對身邊的人說：“只要我住在這裡，高音喇叭只能喊，”造反派“不敢衝。我要一走，他們衝進來怎麼辦？中南海住著的老同志怎麼辦？”他拼著一身，保護了劉少奇、鄧小平和許多掩藏在中南海的領導幹部。1968年劉少奇病重，周恩來還動員了北京醫院的醫護人員去護建。他在當時環境下做了自己能夠做到的一切。
周恩來在“文革”中保護幹部，是寫不勝寫的。他以高超巧妙的鬥爭藝術，保護很多人過關：他在驚心動魄的風浪裡，使很多人得到安全。他一批又一批地接被批鬥的領導幹部住進中南海或者安置在可靠地方：他一次又一次他說服紅工兵和“造反派”要尊重宋慶齡等著名人物；他勸“造反派”不要揪鬥，要文鬥不要武鬥，他指示要保護政協機關、民主人士，並對一批上層民主人士直接採取了保護措施。他保護了班禪等宗教界領導人。他親自寫電報稿叫對少數民族代表人士賽福鼎等採取保護方針。他對不少著名的科學家如錢學森、季四光、華羅庚等也都想方設法保護過去。許多知識分子、國家幹部甚至普通黨員、一般群眾，都深深記得在那驚濤駭浪中周恩來對自己的關懷和愛護。對於被揪被鬥甚至被“罷官”的黨內外幹部，他批示工資待遇一律不變，保證了他們的生活。有時候，他根據毛澤東叫保護某人的批示，開列名單保護了一大批；有時候，他採取的保護幹部措施事後得到毛澤東的支援。例如，周恩來要傅崇碧把李井泉、王任重、江渭清等20多位大區和省、市委負責人送到安全住所保護起來，嚴格保密。江青一夥當著周恩來的面追問傅崇碧這些人的下落，追得緊了，傅說了句：“上面知道。”周恩來則堅持不允許他們批鬥。當天，傅崇碧見到毛澤東時報告了此事，毛澤東贊同說：“總理做得好。”第二天，江青一夥又拍桌子追問，傅祟碧就說，“你們去問主席吧。”江青一夥不敢再問了，後來，傅崇碧把見毛澤東的情況報告了周恩來，周恩來爽朗地大笑起來。
但是，儘管這樣，在“文化大革命”中，黨政領導幹部被林彪、江青兩個反革命集團視為異己，仍受到了很大的損失。周恩來不可能一一顧到，顧到的也不可能一一如願。到批判所謂“二月逆流”以後，中共中央政治局停止了活動，“中央文革”取代了政治局，軍委辦事組取代了軍委常