月31日。各軍事院校“造反派”把幾位老帥列為全軍資產階級反動路線代表，周恩來就向他們做工作，說：陳、葉兩副主席和劉、徐、聶三位副主席，是擁護毛主席的，“以他們做為全軍資產階級反動路線的代表，是不符合實際的”。“反擊二月逆流”後，陳伯達、戚本禹煽動群眾攻陳毅，周恩來指示北京衛戍區佈置保護陳毅安全的措施。他堅決反對“打倒陳毅”的標語和口號。“造反派”每次批鬥陳毅，周恩來都要親自參加，這是極有力的保護，但又等於陪鬥。有一次，他在連續工作18小時後又因遭到一夥人長時間圍攻，而心臟病發作。對賀龍的保護，周恩來也是作了最大的努力。1966年7月，康生誣陷賀龍等在北京“調動軍隊搞二月兵變”。8月，林彪指使吳法憲編造誣陷賀尤的材料。12月，周恩來為了賀龍能正常工作和休息，幫他移住國務院新六所。月底，江青煽動群眾造賀龍的反。
1967年1月9日。林彪親自攻擊賀龍。接著，賀龍家被抄。周恩來把賀龍移住到中南海西花廳。不久，中南海也分成了兩個群眾組織。周恩來對賀龍說：現在中南海也不安全，我另外給你找個安靜地方，休息一下，秋天再接你回來。他把賀龍移住到西山某處。對外，他不斷囑告國家體委“造反派”：總理不同意批鬥賀龍同志。2月22日，江青要周恩來表態“把賀龍揪出來”。遭到周恩來嚴辭拒絕。但後來林彪、江青偵知了賀龍藏身之處，把他作了轉移，周恩來再也找不到他了。直到林彪摔死，周恩來才得知賀龍已去世；他派人專程接回賀龍夫人薛明，失散五年的孩子們也團聚了。彭德懷是1966年12月被江青指使“造反派”從成都劫往北京的。彭德懷所在單位向中央請示，周恩來下達二條指示：（一）由成都軍區派出部隊與紅衛兵一道護送彭德懷同志到北京。沿途不許任何人截留，不得對他有任何侮辱性的言行，絕對保證他的安全。（二）不坐飛機，由成都軍區聯絡火車來京。（三）由北京衛戍區派部隊在北京站等候，並負責安排彭德懷同志的住宿和學習。紅衛兵把彭德懷劫持到北京火車站後，立即向戚本禹報告，成本禹眉飛色舞地在“文革”碰頭會上通報這個訊息，恰好周恩來在場。他立即站起來說：這事由我來處理，由我派人去接。隨後他就離開會議室，親自去安置。彭德懷暫時被“監護”期間，從年底到1967年7月由專案組管理之前，他沒有受到後來那種非人的折磨和摧殘。
對其他老帥，周恩來也倍加關注。在“文化大革命”混亂期間，他曾在夜深人靜的時候，帶著傅崇碧等，到幾位老帥的住地，視察那裡的警衛工作。1967年2月上旬，“造反派”在三座門鬧事，矛頭指向徐向前。周恩來對此極為重視，並通報給聶榮臻、葉劍英，楊成武、肖華、傅崇碧等。林彪、江青一夥反“二月逆流”，抓“軍內一小撮”，一些群眾組織要衝擊老帥們住地。周恩來專仍找衛戍區領導人研究保護措施，要他們把老帥們安排在安全地方，加強警衛，並研究了萬一老帥們受威脅時需要採取的應急措施。這年八一建軍節，林彪、江青等堅決反對徐向前、聶榮臻、葉劍英出席招待會，周恩來決定直接向毛澤東請示，得到毛澤東同意，三位老帥仍舊出席了招待會。周恩來為了避免意外，還佈置了老帥從住處到人民大會堂的行車路線。10月，老帥們都住在西山，江青指使群眾組織去搜山。周恩來知道後，馬上指示傅崇碧派兩個團前去勸阻、警衛。
1966年12月，當週恩來得知彭真、劉仁、萬里、夏衍等被揪走後，立即令傅崇碧、周榮鑫把人找回。他說：“不能開這個先例，不能隨便把人抓走”。並指示要保護好他們。後來，衛戍區找回了人，報告了周恩來，周恩來批評了抓人的組織。當一些人要揪鬥薄一波時，周恩來批示薄“休養六個月”。去了廣州。12月下旬，國家經委“造反派”赴廣州揪薄一波，中共廣東省委報中央辦公廳，周恩來指示：應由軍區派隊伍按彭德懷的三條，乘火車護送來京。後來，薄一波在被“監護”期間，備受折磨，周恩來指示把他送進醫院，進行治療和保護。當康生煽動一些人制造所謂“六十一人叛徒案件”時，周恩來親自起草電報給中共中央西北局和吉林省，指出劉瀾濤、趙林的出獄問題中央是知道的，同時寫信給毛澤東，明確提出他們的出獄確為“中央所決定，七大、八大又均已審查過，故中央必須承認知道此事”。
“文化大革命”中林彪、江青煽動群眾打倒劉少奇、鄧小平，周恩來則千方百計關懷他們，花了大量的精力。1966年8月召開的中共八屆十一中全會，原定從1日到5日開五天。到8月4