1966年下半年，“中央文革小組”已經透過“造反派”散佈“新文革與舊政府”的矛盾，把矛頭對準國務院和總理周恩來。1967年初，北京大街上連續出現打倒周恩來的標語。江青曾多次召集黃永勝、吳法憲、葉群、李作鵬、邱會作、張春橋、姚文元在釣魚臺誹謗周恩來。周恩來巍然不動。2月18日，他接見國防工業口“造反派”代表時，繼續指出：宣傳、財政、外交、國防、國防工業等大權屬於中央，不能奪；走資派有的地方不一定有，即使有也是少數人。3月21日，他在一個檔案上加了這樣一段：“要正確對待幹部問題。對他們要進行調查研究，階級分析。對犯錯誤的各級領導幹部要根據黨的政策，按其情節輕重分別處理，不要不分青紅皂白，一概排斥，一概打倒。”康生給外交路線扣上了“三降一滅”的帽子，有人告知周恩來，周恩來說：“不通。”在他主持中央碰頭會時，還透過了《中共中央關於禁止挑動農民進城武鬥的通知》。
另一方面，林彪、江青一夥對周恩來的攻擊和誣衊不斷升級。1967年5月，軍隊中文藝界的兩派都要為紀念《在延安文藝座談會上的講話》發表25週年而演出。周恩來和中央軍委總政治部都希望“兩派同臺演出”，以利於促進團結。但是林彪、葉群支援一派，挑起武鬥，造成了流血事件。這月，造反派貼出炮打周恩來的大字報、大標語，並稱“總理是老保”。6、7月間，“中央文革小組”一夥多次在會議上提出：中國人民解放軍的建立日期不應是“八一”南昌起義，而應是“九九”秋收起義。也在這期間，江青把解放前國民黨報紙上偽造的所謂“伍豪等脫離共產黨啟事”送林彪、周恩來、康生，說什麼“他們查到一個反共啟事，為首的是伍豪（周××）”。周恩來立即以事實加以駁斥，說明“純屬敵人偽造”。林彪和“中央文革”一夥企圖整垮周思來的跡象越來越明顯，王力、關鋒、戚本禹加緊組織和操縱著反革命陰謀集團“五一六兵團”，連續丟擲反對周恩來的大字報、標語、傳單，他們要奪“舊國務院的大權”。王力在8月7日講話，煽動群眾奪取外交部大權，矛頭直指周恩來，江青、康生、陳伯達都表示支援。隨即發生了火燒英國駐華代辦處那樣的一系列涉外事件，嚴重破壞了我國的對外關係和聲譽，林彪在8月9日鼓吹“要建立新的國家機器”；江青提出“文攻武衛”的口號煽動武鬥，全國混亂達到頂點。周恩來把王力的講話送給在外地的毛澤東閱，毛澤東看後指出是大、大、大毒草。8月底，毛澤東批准周恩來的報告，對王力、關鋒實行隔離審查，陳伯達才被迫宣佈：外交大權歸中央，由周總理負責。9月上旬，周恩來在北京市革委會擴大會議上講話，批評紅衛兵對形勢的錯誤估計和“揪軍內一小撮”、“對香港、九龍的鬥爭”等錯誤作法。他在會見廣州地區各派赴京代表時疾呼反對武鬥，制止武鬥。他對財貿口各部“造反派”要奪武器、奪金庫表示強硬態度，說：“奪就是非法的，當場就要逮捕”：“如果你們組織一些人去奪金庫，那你們算造反派，還是強盜？”“如果奪金庫就開槍”。他在接見前往哈爾濱的調查組人員時，批評了7、8月間極左思潮的煽動，指出現在的中心問題是反對武鬥，反對奪槍，抓革命，促生產，促業務。經過艱苦的工作，全國的形勢逐漸穩定下來。
林彪、“四人幫”利用“文化大革命”篡黨奪權，他們的首要一著，是打倒一切黨政機關領導人。因此，保護領導幹部還是打倒領導幹部，是當時極為尖銳的鬥爭焦點。在這暴風雨般的年代中，周恩來身處中央崗位，他殫精竭慮，努力保護一切他力所能保護的同志。
1965年11月《人民日報》被迫轉載姚文元的《評海瑞罷官》後，周恩來一而主張要說理，一面曾對吳晗說：“吳晗老，我給你換個工作怎麼樣？”這種保護措施，後來由於形勢迅速發展而未能實現。“文化大革命”之初，周恩來就指示北京衛戍區司令傅崇碧對羅瑞卿要“保護好，要保密，不要被人搶走”。他指示吳法憲把羅瑞卿安排到空軍醫院，吳法憲卻請示葉群后予以拒絕。羅瑞卿只好送到另一家醫院。當有人要羅瑞卿參加批鬥會時，周恩來指示：手術期間不能批鬥。有人要把羅瑞卿揪走，周恩來說：“絕不能讓抓人。”當一些人還是把羅瑞卿揪走後，周恩來反覆做工作，終於把人要回。“文化大革命”中周恩來對於老帥們的保護，更是人所周知的。他很少考慮自己，但對戰友們卻關懷備至。從1966年12月到次年1月底的50天中，周恩來接見外交學院造反派五次，累計20多小時，其中有一半是說服他們正確對待陳毅的。12