了他初為將軍時的那種魄力，他被寵臣們的甜言蜜語混沌了思想，沉迷在對儒學的研究中，並且愈發迷信。為了表現對自然的仁愛，他頒佈法律，凡是那些傷害飛鳥殺死狗的人，不是被處以死刑就是被流放荒島。因不忍見野狗流落街頭，他還大肆修建野狗救助所，可能因為認為每個百姓都有救助野狗的義務，所以修建救助所的錢全部來自於百姓的賦稅。
德川綱吉對這樣的“慈善”事業樂此不疲，國家的財富大筆大筆地花在了諸如建設野狗救助所的事務之上，從來都闊綽有餘的幕府也感覺到財政緊張，只能透過增加賦稅應付日常的龐大開銷，他們甚至和不法商人勾結一起，製造偽幣牟一時之利。
天災總是在朝政混亂之時爆發，洪水、地震、饑荒紛至沓來，就連一向沉靜的富士山都噴發出滾滾岩漿。自然的、人為的災難夾雜一起，一下子傾注到下層百姓身上，忍無可忍的百姓紛紛起義。德川綱吉仍執迷不悟，直到臨終前，還反覆叮囑親信，一定要將不殺生令執行下去。而此時的日本也像德川綱吉的身體一樣，滿目瘡痍，一天不如一天。
德川綱吉的遺願沒有實現，和他的哥哥一樣，他也沒有親生兒子。德川家宣作為嗣子成為第六代徵夷大將軍。綱吉寵臣們的好時代結束了，家宣開始著手整頓弊病叢生的幕府。他毫不猶豫地將那些綱吉寵臣革職，老中和若年寄也可以像從前那樣直諫。但他終是沒有取消側用人一職，好不容易大權在握的他，像綱吉一樣，希望將自己的親信安插到幕府中，以鞏固自己的權威，間部詮房雖是能樂演員出身，卻行事幹練，很快得到家宣的重用，成為側用人，並一路升至大名。家宣的親信新井白石也很快出任侍講，為家宣出謀劃策。
雖然家宣像綱吉一樣大力提拔自己的親信，但卻並不像綱吉那樣昏聵，作為一個領導者，他的頭腦始終清醒，幕府在他的管理下也很快振作起來。他廢除了不殺生令，免除了讓百姓苦不堪言的種種稅收，還釋放了為綱吉惡法治罪的大批犯人，和商人勾結一起製造偽幣的幕府官員也遭到了嚴厲查處，國家的經濟逐漸復甦，市場秩序也慢慢恢復。在家宣的努力下，日本的狀況有了一定好轉。
家宣的兒子家繼繼任第七代徵夷大將軍時只有4歲，幕府大權自然旁落到家宣時代備受重用的間部詮房和新井白石手中，然而僅僅過了3年，家繼就夭折了。
在民間口碑頗好的德川吉宗成為了第八代將軍，當他還是福井縣的藩主時，就進行過不少成效顯著的改革。吉宗有著卓越的財政頭腦，為了恢復幕府的財政實力，他一方面開源節流，鼓勵節儉，另一方面則大力保護農民的利益，取消了遭遇天災、作物欠收時的農民的賦稅。在他的敦促下，商人們紛紛成立了同業會，一些經濟政策的頒佈也讓政府一直頭疼的米價問題有所緩解，德川吉宗也得到了“米將軍”的稱號。
在古代日本，武士和農民間有一條明顯的分界線，而實際上在武士產生之初，武士和農民並沒有明顯的分別，武士們戰時打仗，閒時務農。但到了戰國時代，出於戰爭的需要，武士便逐漸脫離了農民的身份，畢竟農兵軍隊在戰鬥中遠遠遜色於兵軍隊，織田信長也正是由於採用了農兵分離政策，才讓自己的部隊銳不可擋。再加上戰國時期各領主對兵的需求加大，百姓們只得放棄辛苦耕種的土地，全身心投入兵營，兵農分離已是大勢所趨。
到了豐臣秀吉時代，兵農分離已成為全國通行的體制。對秀吉來說，既可打仗又有田地的武士，若壯大起來無疑會成為自己統治的威脅。於是他將農民固定在土地上，禁止他們自由流動，並透過“刀授令”沒收了他們的武器。同時，又剝奪了領主們世代承襲的領地，轉而授之以恩地，這樣一來，領主們就失去了直接支配領地的權力，恩地是豐臣秀吉授給他們的，他們是豐臣秀吉的臣僕，秀吉的從屬。1583年，聲勢浩大的大阪城轟轟烈烈地動工了，武士們散落各地的小城館也隨著大阪城的修建灰飛煙滅。領主以下的武士都集中到城下町居住，沒有土地的武士對秀吉的依附性更強了。
德川幕府建立後，進一步推行、完善兵農分離制度。1590年德川家康被豐臣秀吉改封到關東，為其日後稱雄奠定了基礎，而秀吉之所以能夠輕而易舉地將家康改封，正是藉助了兵農分離的力量。而德川家康自己被改封的這一經歷，也讓他切實體會到兵農分離對鞏固權力的重要性。
在德川幕府的作用下，將軍大名的家臣都移居到城下町。日本人稱官員們的管轄地為“知行地”，德川幕府掌政不久，家臣們就沒有了自由奔赴知行所的權力，