書總的結論是，物種透過自然選擇而起源的理論要比創造論者的理論優越得多。
這樣，這本書的基礎就仍然是一八四二年和一八四四年的《概要》中的那些基本思想。而且書的總的結構幾乎也是一樣的，但全部材料則進行了徹底的加工。《概要》中有幾章在這裡作了進一步的發展，並且由於增加了一些新的材料而使內容更加豐富了，從另外幾章中選取了最有意義的材料，而其餘部分則省略了（關於本能的一章）；還有幾章重新作了修改。對原來的《概要》來說，有兩處較大的增補：一處是關於鴿子的起源，另一處是關於中間型別的性狀分歧和絕滅的原理。
但是決定這本書的風格的不僅是全書的大綱和思想的邏輯發展，而且還有更詳盡的敘述方法。達爾文一時一刻也沒有忘記書的基本目的是要使讀者相信，各種型別的物種藉助於自然選擇而進化的觀點，優越於每個物種是由創造而產生的舊觀點。自然選擇理論是一種複雜的理論，它包括達爾文指出的幾個前提以及由此得出的幾個邏輯結論。每一個前提和結論，達爾文都必須極其嚴肅認真地和最有說服力地加以論證，並且一些例項來證實。還必須對理論中的困難之處加以闡述和分析，駁倒對這一理論的一切異議或使人們對這些異議產生懷疑，也必須對這一理論的那些最重要的結論加以論證。所有這一切都要求對大量複雜的材料作出長篇論述，因為不然的話，讀者很容易被這樣的材料搞糊塗，很容易忘記某個例子在總概念中放在什麼地方，某個論斷在總概念中又起著什麼作用，總之，由於大量的細節，很容易使讀者感到疲倦，為了使讀者能夠比較容易地抓住本書的基本思路，達爾文在該書緒論中扼要地敘述了這一思路，並指出他是如何將該書劃分為若干章的；每一章結束時他都對本章的內容寫出一個提要並重復其主要結論，全書結束時，他寫了個《複述和結論》，再一次闡述了人工選擇和自然選擇理論的基本原理，他還接連不斷地檢查了分散在全書各處的所有對理論的異議，並且再一次集中地審查了所有的論證，這些論證看來要比那些異議的說服力大得多，因此，讀者自然而然就能得出結論來。但這還是不夠的。
在每一提要的最後，幾乎在每一章的最後，都有一句看來是達爾文特別精心編寫的結束語，在這句話裡他再一次對有關選擇和進化的思想加以強調。為了使讀者更加註意這些結尾部分，他常常在結尾處用大寫字母寫某個要素的名稱，如“變異”，“選擇”等等。我們撇開第五章、第九章、第十一章和第十四章的結尾部分不談，而來引用其它各章的結尾。
請看《結論》的結尾：“而且，我相信‘自然選擇’是最重要的因素，但不是獨一無二的變異因素”。
第一章《在家養下的變異》的結尾是：“‘選擇’的累積作用，無論是有計劃地和迅速地進行的，或者是無意識地和緩慢地但更有效地進行的，都超出這些引起‘變化’的原因之上，它似乎是最重要的‘力量’”。
第三章《生存鬥爭》的結尾是：“當我們想到此種鬥爭的時候，我們可以用如下的信念來引以自慰，即自然界的戰爭是有間斷的，而且不會感覺到任何恐懼，死亡一般是迅速的，而強壯、健康和幸福的生物則得到生存和繁殖”。
第四章——《自然選擇》是最重要的篇章這一，它的結尾部分是一段很長的比喻。有關達爾文理論的通俗著作經常引用這個比喻：“同一綱中一切生物的親緣關係有時用一株大樹來表示。我認為這種比喻是很符合實際情況的。綠色的，發芽的小枝可以代表現存的物種；數年前生長出來的枝條相當於長期連續的絕滅物種。在每一生長的時期中，一切生長著的小枝都向各方生出嫩枝，而且試圖遮蓋並弄死鄰近的嫩枝和枝條，物種和物種群在巨大的生活鬥爭中，隨時都在戰勝其他物種。巨枝先分為大枝，再逐步分為更小的枝，當樹幼小時，它們都曾一度是生芽的嫩枝；這種舊芽和新芽由分枝來相連結的情形，很可以代表在群又分群的分類中的一切現存物種和絕種物種。當這株樹還僅僅是一株矮樹時，在許多茂盛的小枝中，也許只有兩個或三個小枝被保留下來，成長為現在的大枝，並且負荷著其他的枝條；生存在久遠的地質時代的物種也是這樣，它們之中只有少數物種遺留下現在還活著的變異了的後代。從樹開始生長的時候起，許多巨枝和大枝都已經枯萎而且脫落了；這些枯落了的、大小不等的枝條，可以代表那些沒有現存代表的、已成為化石狀態的全目、全科及全屬。正如我們在某些地方看到的，一個細少的枝條從舊樹枝的廢墟上生出來，並且由於某種偶然機會