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在進行人工選擇時，我們也看到了同樣的情況：如果得出了某一個新品種，它就會把自己的先輩排擠掉。用達爾文的話來說，在英國，黑牛被長角牛所代替，而長角牛又被短角牛所代替。同時，據一個農業主說，頭兩個品種好象是被瘟疫毀滅掉了。馬的情況也完全一樣：如果追求的是速度，那麼跑得快的優良品種的馬一定排擠掉跑得不太快的品種的馬，如果追求的是力氣，那麼優良品種的重馱馬將排擠掉劣等品種的重馱馬；最後所獲得的將是越來越明顯的極端型別：跑得快的那些品種的馬將和重馱馬具有越來越大的區別。達爾文認為，自然界發生的情況也是這樣：如果一個型別內部生存鬥爭很激烈，那麼中間型別總是處在不利的情況下，於是被儲存下來的只能是在某個方面有專長的極端型別，從而使生存鬥爭中的競爭有所減弱。任何一個物種的後代越不同，這些後代彼此之間在習性和構造方面的區別越大，那麼它們在自然界中就將爭得更多的地位。
接著達爾文談到了這一理論的其他一些難點。
他用為數不多的幾個例子表明，即使是在這裡也能夠而且也需要承認，由比較簡單的器官發展為比較複雜的器官，由比較簡單的本能發展為比較複雜的本能，都是逐漸進行的。達爾文證明，即使是現在也還能找到一些生物，它們的器官是現代另一些動物身上存在著的向更完善的器官過渡型的器官。例如，飛栗鼠和具有降落傘式的膜的皮翼，這難道不就是真正的善飛鳥——蝙蝠的過渡形狀嗎？達爾文舉了三個例子來說明覆雜本能的發展情況：把蛋下在別的鳥巢裡的杜鵑的本能，螞蟻的奴隸本能和蜜蜂營造非常精美的蜂房的本能。並且達爾文善於在自然界中找到一些過渡形狀來說明所有這些複雜本能的發展情況。
要解釋各變種之間雜交時如何由通常的能育性轉變為物種彼此之間雜交時發生的不育性，那就更難了。這個障礙有很大的意義，因為達爾文反覆證明，變種是“初期的物種”，而物種則是“強化了的變種”。達爾文指出，變種的能育性也和物種的不育性一樣，絕不是經常存在的，可以發現這兩種狀態之間的過渡情況，這就緩和了這種異議。最後一個難點是當時沒有現在各種型別的祖先在古生物學方面的直接連續，在古生物學的發現方面存在著一些很大的空白點。達爾文證明，這些空白點是不可避免的，原先那些動物的殘跡隨著時間的推移總是在逐漸消失，總之，我們任何時候也不能妄想得到一份比較完整的“地質記錄”。
對自己的理論提出批評，並且是長達幾章的批評，這是這本書的一個特點。達爾文非常誠懇地不僅不隱瞞上述理論方面的難點，不僅不象許多堅持自己觀點的作者那樣，不去注意這些難點，而且還讓自己的對手找出自己在理論和結論方面的弱點，彷彿他在尋找這些難點，並預見到一切可能提出的異議。是的，他並未使這些異議懸而未決，他總是對這些異議加以分析，並竭力使那些難點與自己理論的論點一致起來，後來，達爾文認為，他這本書之所以成功，是由於多年來他遵循著一條金科玉律，他在自傳中說：“每當我在報刊上遇到同我的一般結論相反的新的視察或思想時，我都立刻如實地摘要記下來；因為我從經驗中確信，這一類事實和思想遠比那些適合心意的事實和思想會更容易被遺忘。由於這種習慣，我才很少遇到以前未曾注意到的或者不曾企圖答覆的反對我的觀點的異議”。一個科學者越是誠實，越是對自己要求嚴格，那麼別人要想反對他的思想就越困難，華萊士正確地指出，達爾文從來沒有得到過暫時性的成功，但是成功本身卻總是跟隨著他。
接著，達爾文談到透過選擇來得到足以說明進化理論的證據。不論“地質記錄”是多麼不完整，但是“各種生物在出現時間方面的連續”這一眾所周知的事實，在達爾文看來是和他的理論相符合的。而生物的地理分佈，特別是生物在難點方面的不同進化情況，而且難點起作用的時間越長，其進化情況就越不同，這些都證明他的理論是正確的。最後，生物的分類，生物的體系，以“性狀分歧”原則的觀點來解釋的“系譜表”，證明屬於同一類別的各種型別所具有的一般古代性狀、有時是不適宜的性狀（痕跡器官）的比較解剖學和胚胎學等，所有這一切都證實了他的理論。該