後，斯大林作了讓步。
決定邀請哪些國家出席這次會議的整個工作是很棘手的。斯大林和莫洛托夫反對邀請與蘇聯沒有外交關係、沒有對德宣戰的國家，主要是拉丁美洲國家。他們也提出，邀請土耳其和埃及到舊金山是否適當。羅斯福坦白地承認了拉丁美洲的情況，使大家不好再批評他。他解釋道，是美國在1942年告訴這些國家沒有必要宣戰，他覺得它們不應該因為聽從了美國的意見而受到處罰。最後決定，凡是在1945年3月1日以前對“共同的敵人”宣戰，並在同一日期以前簽署了1942年1月的聯合國家宣言的國家，都應被邀請參加舊金山會議。
敦巴頓橡樹園會議中沒有談到的問題之一就是，怎樣處理不能立刻實行自治的“屬地”的問題。斯退丁紐斯向艾登和莫洛托夫建議，安理會的五個常任理事國應在舊金山會議召開之前互相磋商，準備提出有關這類地區的國際託管的建議。他不打算提出哪些地區可以置於國際託管之下的這個問題，他只想在新的國際組織的憲章中規定一個國際託管的機構，以彌補敦巴頓橡樹園計劃的一個漏洞。艾登和莫洛托夫都同意了，但是當這件事提交全體會議批准時（2月9日），丘吉爾卻大發雷霆。他認為美國人是在提出一種很可能把英國殖民地都包括進去的殖民地國際管制計劃。斯退丁紐斯解釋說，這種國際託管僅僅適用於前國際聯盟委任統治下的領土、大戰期間從軸心國奪取的領土以及殖民國家自願置於國際管制下的任何地區，這時他才稍稍冷靜了一點。但是甚至在這個解釋以後，丘吉爾仍然是憤怒和懷疑的。他那口若懸河的辯才突出地表現了一番他對帝國這一概念的強烈的留戀。儘管如此，還是決定應該照斯退丁紐斯的建議舉行磋商。
斯大林接受了安全理事會的表決方式，又達成了4月25日在舊金山召開聯合國會議的協議，羅斯福完全可以覺得他已經達到他為自己定下的主要政治目標了。除非有某種意想不到的絆腳石出現，否則在戰火中誕生的聯合國就會牢固地以一個國際組織的形式永遠存在，而且如果事情處理得慎重得當，美國公眾和國會中十之八九會支援這個組織的。
唯一的絆腳石就是俄國想在大會中享有三重代表權的這項要求。出席會議的幾個羅斯福的最有經驗的政治顧問，那些對美國黨派事務異常熟悉的人，全認為如果這樣，在美國很容易煽動起輿論來反對美國和俄國之間的任何這類不平等的現象。因此，2月10日，當會議將要結束時，羅斯福寫信給斯大林和丘吉爾，詢問他們是否願意支援美國在大會中要求三個席位，如果這樣的要求竟然是必要的話。第二天，斯大林作了肯定的答覆，丘吉爾也是如此。
羅斯福甚至在得到這樣的保證後仍然感到擔心。他決定，自己同意支援俄國要求大會接納烏克蘭和白俄羅斯的這件事應該保持秘密。然而弄巧成拙。幾星期後，這種安排的訊息洩露出去，傳到了美國新聞界，逼得總統在十分尷尬的情況下，承認了全部事情。
儘管羅斯福因為蘇聯想享有多重表決權而感到憂慮，總的說來，他對聯合國組織達成的協議，還能夠感到滿意。但在解決波蘭問題上，就不能這樣說了。波蘭問題從2月6日第三次全體會議的後一階段開始談起，到雅爾塔會議結束，一直是會議的主要議題。
波蘭問題是尖銳的，在會議期間，波蘭國內的事態並沒有靜止不變。當雅爾塔會議的辯論還在進行時，紅軍把德國人完全趕出了波蘭領土。得到俄國承認和支援的波蘭臨時政府，一天天鞏固了它對波蘭事務的控制。英國人和美國人都想看到一個新的波蘭政府，一個能夠把所有民主黨派集合起來，而且至少根據推論，共產黨人只佔少數席位的波蘭政府成立起來。另一方面，斯大林願意考慮“擴大”當時的臨時政府，但是他不願意另起爐灶，或者成立一個共產黨不居於領導地位的政府。
當這件事在2月6日第一次提出時，斯大林作了一篇在他來說是熱烈而長時間的發言，他說，波蘭問題對俄國有極大的重要性，因為波蘭構成了德國得以侵略蘇聯的巨大通路。他宣稱，一個強大、獨立和民主的波蘭對俄國說來是絕對必要的，因為只有這樣一個國家才能阻擋住德國人。雖然桌子四周的人肯定都意識到有關的真正問題是什麼，但是沒有人願意追問一句，斯大林所說的民主和獨立是什麼意思。
這個問題有兩方面。關於波蘭的疆界，羅斯福和丘吉爾都願意接受某種接近於寇松線的界限作為俄國和波蘭的邊界線。當然，羅斯福還希望勸說斯大林把利沃夫和附近的油井給予波蘭人，但是當斯大林拒絕這樣