步驟都是經過詳細討論的，麥克阿瑟在一開始就很英明地決定，在任何一段時間內，只執行有限的兒項政策，這一點在下文中將看得很清楚。而且，麥克阿瑟給各種改革以優先地位，並及時進行這些改革，從這兩方面都可以看出他在執行自己的任務方面是很有辦法的。
很自然，在開始階段，他將精力集中在軍事問題上。到1945年10月中旬，日本本島上的軍隊全部復員完畢，聯合艦隊司令部和陸、海軍參謀部都撤銷了。日本的非軍事化工作進展得十分順利，這樣，將重點從軍事方面移到非軍事方面的時機成熟了。
麥克阿瑟並沒有宣佈對日本生活的所有各方面進行普遍的改革，而是迫切要求進行那些對發展新的政治覺悟最起作用的改革。在整肅了反動分子，修改了憲法，並進行了新的大選後，麥克阿瑟開始轉向經濟問題。
最後，對日佔領有一點使歷史學家感到特別困惑的是，他們找不到充分的材料來斷定盟軍最高統帥部在許多改革中究竟起了多大作用。很明顯，盟軍最高統帥部的影響在幾乎所有的改革中都佔突出的地位，但不幸的是，盟軍最高統帥部沒有采取統一的步驟來貫徹它的意旨，於是問題就更復雜了。在佔領的最初幾個月裡，多數的政策都是透過向日本政府發出正式指令來執行的。如日本方面拖延或拒絕執行，盟軍最高統帥部的官員就直接與有關方面負責人商談，並堅持要日本方面執行。隨著時間的推移，盟軍最高統帥部認為急需制定一個更為全面的方案，並將進一步發出指令，召開大量的會議來解釋這些指令的意義。整肅計劃的執行就是用這種方法來處理問題的一個最好例子。
歷史學家想要找到任何有關起草新憲法——一項具有較大意義的改革——的正式指令，都是徒勞的。關於這個問題，與日本頭面人物的個人會談和會見是有資料可查的，但沒有指令。然而，如下面所指出的，這樣做使盟軍最高統帥部可以為獲得它所希望的那種憲法而儘量施加其必要的影響。隨著佔領的進展，政策的貫徹、改革或變化部越來越多地以口頭建議和非正式備忘錄的形式提出，而不用正式指令了。實際上，從1947年6 月以後，他們就幾乎沒有向日本政府發過任何指令。由於日本人認為只要是指示，不管是書面的或口頭的，他們都必須執行，這種在做法上的改變並沒有影響盟軍最高統帥部對日本政府的所有部門的細緻而直接的監督。
（六）盟軍最高統帥部的組織
如上面所指出的，佔領的最初兩星期主要用於解決純屬軍事的問題。不久以後，盟軍最高統帥部的組織開始有了較明確的形式。首先，麥克阿瑟決定不成立一個專司軍管事務的總參謀處。因此，成立了一些各司專職322 的參謀局來監管日本人生活中的所有非軍事方面的問題。起初，軍管工作人員都被派到第六軍和第八軍的軍級或師級崗位上，而不是派到專職參謀局。後來，這些工作人員都附屬於第八軍的四十六個都、道、府、縣一級和八個地區一級的司令部。這些人的主要職責是保證日本國民服從山東京發出來的指令。這些人是由五百名軍官、五百名非軍人的專家和二千三百名士兵組成的。
盟軍最高統帥部於1945年9 月17日遷往東京。兩個星期後，盟軍最高統帥部和屬下的九個負責非軍事事務的專職參謀局和四個負責軍事事務的總參謀處成立了。
由於新的任務和職責的產生，後來又增添了新的局。從圖表（原著第324 頁）中可以看出，到1947年8 月，透過副總參謀長向司令部彙報的有十四個非軍事局，透過總參謀長彙報的有三個。這些局、處在它們所管轄的範圍內有很大的權力。各局、處中最重要的一個是民政局。該局由考特尼·惠特尼准將領導，它的作用是就有關朝鮮軍事管制和日本政府的國際住結構（包括非軍事化和取消中央集權）的政策給盟軍最高統帥部提供建議。它同時還負責“肅清那些可能阻礙人民自己管理政治的封建的和極權主義的做法”，消除那些可能對實現佔領目的有妨礙的政府與企業之間的關係。每個局、處負責就各自管轄範圍內的事務同日本政府取得直接的聯絡。
但在1947年春季以後，所有涉及立法的問題都得透過民政局去聯絡。
與日本政府的聯絡是透過外務省建立的中央聯絡局來保持的。這個聯絡局的作用是接收來自各個參謀局的指令、命令和要求，然後轉送給日本政府中的有關部門去執行。為了將盟軍最高統帥部的指令變成日本的法律，以便使日本政府能自動負責去執行這些指令，1947年4 月以前的指令都是以帝